Preċedentement sibna li ċ-ċelluli T li jinfiltraw il-kliewi (KITs) fin-nefrite tal-lupus murina (LN) kienu jixbħuċelluli T li ma jiffunzjonawx li jinfiltraw tumuri. Din is-sejba mhux mistennija qajmet il-mistoqsija dwar kifbiex tirrikonċilja l-fenotip "eżawrit" tal-KITs mal-qerda tat-tessut li għaddejja fl-LN. Tindirizzadan, wettaqna RNA-Seq ta 'ċellula waħda u TCR-Seq ta' KITs f'mudelli ta 'lupus murina. Sibnadak is-CD8plusKITs eżistew l-ewwel fi stat tranżitorju, qabel ma jespandu b'mod klonali u jevolvu lejneżawriment. Min-naħa l-oħra, CD4plusIl-KITs ma kinux jidħlu fil-paradigma ta' differenzjazzjoni attwaliiżda inkludiet kemm sottogruppi iposiċi kif ukoll ċitotossiċi b'firma ta' eżawriment mifruxa. Għalhekk,in-nefrite awtoimmuni hija b'differenza mill-immunità tal-patoġenu akut; pjuttost, il-mikroambjent tal-kliewiirażżan iċ-ċelluli T billi tinduċi progressivament stati eżawriti. Is-sejbiet tagħna jissuġġerixxu li LN, akundizzjoni kronika, tirriżulta mill-evoluzzjoni bil-mod tal-ħsara kkawżata minn ċelluli T li ma jiffunzjonawx u tagħhomprekursuri fit-triq lejn l-eżawriment. Dawn is-sejbiet għandhom implikazzjonijiet kemm għall-awtoimmunità kif ukollimmunoloġija tat-tumur.

Skont studji rilevanti, cistanche hija ħaxixa tradizzjonali Ċiniża li ilha tintuża għal sekli sħaħ biex tikkura diversi mard. Ġie ppruvat xjentifikament li jippossjedi proprjetajiet anti-infjammatorji, anti-aging, u antiossidanti. Studji wrew li cistanche hija ta 'benefiċċju għal pazjenti li jbatu minn mard tal-kliewi. L-ingredjenti attivi ta 'cistanche huma magħrufa li jnaqqsu l-infjammazzjoni, itejbu l-funzjoni tal-kliewi u jirrestawraw ċelluli tal-kliewi indeboliti. Għalhekk, l-integrazzjoni ta' cistanche fi pjan ta' trattament ta' mard tal-kliewi tista' toffri benefiċċji kbar lill-pazjenti fil-ġestjoni tal-kundizzjoni tagħhom. Cistanche jgħin biex inaqqas il-proteinurja, inaqqas il-livelli tal-BUN u tal-krejatinina, u jnaqqas ir-riskju ta 'aktar ħsara fil-kliewi. Barra minn hekk, cistanche tgħin ukoll biex tnaqqas il-livelli tal-kolesterol u tat-trigliċeridi li jistgħu jkunu perikolużi għal pazjenti li jbatu minn mard tal-kliewi.

Ikklikkja hawn biex tara prodotti ta' Cistanche għall-mard tal-kliewi

【Għal aktar informazzjoni: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】

Introduzzjoni

L-infiltrazzjoni ta 'organi solidi minn ċelluli T preżumibbilment patoġeniċi hija karatteristika komuni f'ħafna mard awtoimmuni u rifjut ta' trapjant ta 'organi. Dawn l-avvenimenti patoġeniċi istoloġikament u kunċettwalment paralleli infiltrazzjoni taċ-ċelluli T ta 'tumuri, li jistgħu jwasslu għall-qerda taċ-ċelluli tat-tumur. Madankollu, b'kuntrast mal-limfoċiti li jinfiltraw it-tumur (TILs) studjati sew, iċ-ċelluli T li jinfiltraw it-tessuti li jimmedjaw il-mard fl-awtoimmunità rċevew ferm inqas attenzjoni. Issa huwa aċċettat sew li l-mikroambjent tat-tumur jiffunzjona biex jinibixxi r-risponsi immuni u jinduċi l-eżawriment taċ-ċelluli T (1-3), filwaqt li fl-awtoimmunità huwa ġeneralment maħsub li ċ-ċelluli T patoġeniċi jeqirdu b'mod attiv it-tessuti normali mingħajr xkiel, peress li tessuti mhux malinni ma jistgħux jevolvu reżistenza. Biex tesplora n-natura tal-infiltrati awtoimmuni, għażilna li nistudjaw il-lupus nefrite (LN), peress li l-kliewi hija mira ċentrali f'din il-marda awtoimmuni. In-nefrite interstizjali dipendenti miċ-ċelluli T hija l-indikatur pronjostiku ewlieni tal-falliment tal-organi fil-lupus (4, 5).

Ix-xogħol reċenti tagħna li juri li ċ-ċelluli T li jinfiltraw il-kliewi (KITs) huma eżawriti b'mod funzjonali u traskrizzjoni (6) - ħafna bħal TILs jew CD8 flimkien ma 'ċelluli T wara infezzjoni virali kronika - jisfida 2 paradigmi. L-ewwel, jargumenta kontra l-idea li l-qerda awtoimmuni tat-tessut parenkimali hija proċess effettur dirett, simili għal rispons għal ċelloli infettati b'mod virali. Minflok, xi tessuti jistgħu jkunu mogħnija b'mekkaniżmi naturali ta 'awtopreservazzjoni li jirregolaw jew irażżnu ċ-ċelloli T li jinfiltraw, li jistgħu jipprevjenu jew inaqqsu l-awtoimmunità. It-tieni, jissuġġerixxi li t-tumuri ma jevolvux sett de novo ta 'mogħdijiet biex jirregolaw b'mod negattiv iċ-ċelluli T. Minflok, mogħdijiet bħal dawn jistgħu jkunu indiġeni għal ċerti tessuti parenkimali, u t-tumuri jistgħu jamplifikawhom jew sempliċement jesprimuhom b'mod naturali.

L-iskoperta li l-kliewi u forsi tessuti oħra jistgħu jrażżnu ċ-ċelluli T li jinfiltraw qajmet mistoqsija importanti: Jekk il-KITs huma inerti jew eżawriti b'mod funzjonali u traskrizzjoni, allura b'liema mekkaniżmi tipproċedi l-ħsara fit-tessuti? Ipotesi waħda biex tindirizza din il-mistoqsija hija li ċ-ċelloli eżawriti huma meqjusa b'mod aktar xieraq bħala disfunzjonali - aktar milli mhux funzjonali - u li bil-mod jistgħu jikkaġunaw ħsara fit-tessuti mill-funzjoni effettur residwa, daqskemm iċ-ċelloli T eżawriti f'infezzjoni kronika jservu biex jipproteġu minn aktar aggressivi. infezzjoni (7, 8). It-tieni spjegazzjoni mhux esklussiva hija li ċ-ċelloli T awtoreattivi jżommu l-effett li jiffunzjonaw mal-wasla fil-kliewi, iżda jsiru progressivament inqas funzjonali minħabba l-influwenza tal-mikroambjent tat-tessut. F'din il-fehma, ħsara minn klonotip taċ-ċelluli T partikolari hija kkaġunata sa grad akbar inizjalment u mbagħad tittaffa minn programm ta 'eżawriment. Il-mard kroniku jista' jinżamm permezz tar-reklutaġġ kontinwu ta' kloni ġodda li inizjalment huma aktar funzjonali.

Biex jiġu investigati dawn il-mekkaniżmi, huwa meħtieġ li tiġi elucidata n-natura tar-risponsi awtoimmuni intraparenkimali aktar fil-fond. Ir-riżultat ta 'xogħol bħal dan - fehim tan-natura taċ-ċelluli T li jikkawżaw ħsara - jista' jiżvela modi kif jiġu mmirati speċifikament, pereżempju, ibbażati fuq l-istatus metaboliku tagħhom jew il-fenotip tal-wiċċ tagħhom. Barra minn hekk, informazzjoni bħal din tista 'tiżvela sewwieqa tal-mard u tipprovdi għodod biex jistratifikaw il-pazjenti - 2 kwistjonijiet importanti fil-lupus, li hija notorjament eteroġenja fil-manifestazzjoni (9, 10). Barra minn hekk, tali għarfien x'aktarx se japplika għal organi oħra fil-mira u settings tal-mard.

Madankollu, huwa eċċezzjonalment diffiċli li jiġu indirizzati dawn il-mistoqsijiet fl-LN tal-bniedem, minħabba l-iskarsezza tat-tessut disponibbli, li jista 'jinkiseb biss fuq "pass ta' riċerka" addizzjonali ta 'bijopsija bil-labra. Tabilħaqq, studju reċenti ta 'konsorzju, għalkemm erojku, irnexxielu jevalwa biss madwar 1000 ċellula waħda b'RNA-Seq fuq il-pazjenti kollha (11). Barra minn hekk, kważi dawn il-pazjenti kollha kienu taħt trattamenti li kienu ddisinjati speċifikament biex jaffettwaw dawn l-istess ċelluli, li jikkomplika ħafna l-interpretazzjoni.

Għal din ir-raġuni, hawnhekk użajna mudelli ta 'lupus murina, li jagħtuna aċċess għat-tessut mingħajr il-kumplikazzjoni ta' diversi trattamenti. Użajna RNA-Seq ta 'ċellula waħda (scRNA-Seq) biex nidentifikaw grad sorprendenti ta' eteroġeneità kemm fost CD4 plus u CD8 plus KITs, li jissuġġerixxu proċess aktar dinamiku ta 'ħsara fl-organu fil-mira milli kien issuspettat. Fi ħdan il-kompartiment CD8 b'mod partikolari, ġie identifikat raggruppament kbir ta 'ċelluli "tranżitorji", li żammew attivazzjoni parzjali u funzjoni effettur u kien imbassar li jevolvi kemm f'ċelloli eżawriti kif ukoll f'ċelloli tal-memorja residenti, li kollha ġew identifikati wkoll fost KITs. Billi ċ-ċelluli CD4 plus, b'mod intriganti, ma kinux jidħlu f'paradigmi Th eżistenti iżda pjuttost inkludew cluster ċitotossiku kif ukoll juru fenotip eżawrit mifrux. Barra minn hekk, bl-użu ta 'TCR-Seq, stajna nikkonnettjaw gruppi differenti ta' KITs, li jiddelinejaw evoluzzjoni progressiva konvinċenti ta 'klonotipi fil-kliewi. Dan ix-xogħol jiżvela l-pajsaġġ tal-interazzjonijiet bejn iċ-ċelluli T li jinfiltraw u l-parenkima f'organu fil-mira tal-lupus u jissuġġerixxi mudell dinamiku għal kif in-nefrite tevolvi bħala kundizzjoni kronika. Dawn l-għarfien jistgħu jinfurmaw strateġiji ġodda biex jinterrompu l-proċess.

Riżultati

Disinn sperimentali. Aħna iġġeneraw 3 koorti sperimentali biex nindirizzaw ir-riprogrammar taċ-ċelluli T wara l-infiltrazzjoni tat-tessuti f'LN murina bl-użu tal-pjattaforma 10x Genomics scRNA-Seq u t-teknoloġija ta 'dekonvoluzzjoni hashtag oligonucleotide (HTO) (Figura 1A). Fil-koorti inizjali (Main-Seq), qabbilna ċelluli T tal-milsa u KITs minn ġrieden MRL/lpr nephritic ta 'età suxxettibbli għal lupus, kif ukoll ċelluli T "naive" minn ġrieden B6 mhux suxxettibbli għal lupus. Fit-tieni koorti, iffukajna fuq KITs minn ġrieden MRL/lpr u barra minn hekk ivvalutajna r-repertorju KIT TCR (MRL-TCR-Seq). Fl-aħħarnett, fit-tielet koorti, lestejna analiżi KIT simili bħal fil-koorti 2 bl-użu tal-mudell Fc R2B–/–.Yaa ta 'LN (Yaa-TCR-Seq).

Raggruppament taċ-ċelloli T ibbażat fuq l-oriġini, l-istatus awtoreattiv, u l-fenotip CD4/8. Raggruppament ibbażat fuq transcriptome b'riżoluzzjoni baxxa taċ-ċelluli T kollha fil-koorti Main-Seq, bl-użu ta 'Seurat (12), identifika 14-il cluster (Figura 1B). Ċelloli demarkati ta 'dekonvoluzzjoni HTO bbażati fuq it-tip ta' ċelluli T (jiġifieri, CD4 u CD8), organu ta 'oriġini (kliewi vs milsa), u status awtoreattiv potenzjali (B6 vs ġrieden suxxettibbli għal lupus, Figura 1C). It-3 ġrieden MRL/lpr kollha kkontribwew għal kull popolazzjoni definita, bl-ebda popolazzjoni mmexxija minn donatur speċifiku (Figura 1 Supplimentari; materjal supplimentari disponibbli onlajn ma' dan l-artikolu; https://doi.org/10.1172/jci. insight.156048DS1) . Filwaqt li ċ-ċelluli CD4 plus u CD8 plus T minn ġrieden mhux awtoimmuni kienu relattivament uniformi, ċelluli CD4 plus u CD8 plus T minn ġrieden morda wrew eteroġeneità notevoli (Figuri 1, B, u C).

Eteroġeneità u funzjonijiet potenzjali ta 'ċelluli CD4 flimkien ma' T fil-lupus murina. Raggruppament b'riżoluzzjoni għolja ta 13 CD4 flimkien ma 'clusters ta' ċelluli T (Figura 2A). Id-dekonvoluzzjoni diretta mill-HTO enfasizzat is-separazzjoni bejn iċ-ċelluli T derivati ​​mill-kliewi u mill-milsa minn ġrieden MRL / lpr, filwaqt li ċelluli CD4 flimkien ma 'T minn ġrieden B6 waqgħu b'mod predominanti f'2 clusters (5 u 11) (Figura 2A, panel tal-lemin). Billi identifikajna l-aktar ġeni espressi b'mod differenzjat (DEGs) f'kull cluster (Figura 2 Supplimentari), ippruvajna nassenjaw sottotipi fenotipiċi speċifiċi għal kull cluster CD4 plus. Bl-użu ta 'dan l-approċċ, 2 biss mill-clusters taċ-ċelluli CD4 plus T kienu faċilment imqabbla ma' fenotipi konvenzjonali taċ-ċelluli T: il-cluster 6 irrappreżenta Tregs, filwaqt li l-cluster 12 wera firma IFN tat-tip I (IFNhi).

Imbagħad eżaminajna l-espressjoni TF u l-espressjoni tal-ġeni kanoniċi ta 'l-espressjoni tal-ġeni ta' l-arrikkiment tal-firma għal fenotipi taċ-ċelluli T CD4 u T deskritti sew, inklużi Treg, Th1, Th2, T follicular helper (Tfh), u Th17 (ara Tabella Supplimentari 1 għal-listi tal-ġeni) ( 13–23). Kif mistenni, il-preżunt raggruppament Treg wera firem qawwija tal-ġeni assoċjati ma 'Treg u esprima Foxp3 (Figura 2B). Il-firma Th1 kienet assoċjata ma 'clusters 1, 4, u 8, u Tbet kienet espressa f'distribuzzjoni simili (Figura 2C). Firma tal-ġene Th2 aktar b'saħħitha u espressjoni Gata3 ġew osservati wkoll fir-raggruppamenti predominanti tal-kliewi 1, 4, 8, u 10, li jissuġġerixxu xi koespressjoni tal-fenotip Th1 u Th2 bl-ebda delineazzjoni ċara bejn iż-żewġ nisa (Figura 2, C, u D). ). Diversi rapporti ssuġġerew rwol għal Th17 fl-LN; madankollu, simili għas-sejbiet fil-kampjuni tan-nefrite umana li n-netwerk Aċċelerating Medicines Partnership in SLE (konsorzju AMP) eżaminat (11), ma ġie osservat l-ebda profil Th17 sinifikanti permezz tal-firma tal-ġeni jew l-espressjoni Rorc fi kwalunkwe kompartiment (Figura Supplimentari 3, A u B ). Ftit ċelluli wrew jew il-firma tal-ġene assoċjata ma 'Tfh jew l-espressjoni Bcl6, konsistenti mar-rapporti ta' ftit ċentri ġerminali fil-milsa MRL / lpr (24) (Figura Supplimentari 3C). Fl-aħħarnett, cluster 7 probabbilment irrappreżenta kompartiment taċ-ċellula T tal-memorja ċentrali (TCM), u cluster 5 irrappreżenta ċelluli T naive (Figuri Supplimentari 3, D, u E).

Aħna identifikajna diversi TFs li l-motifi tagħhom ġew arrikkit fost DEGs ta 'clusters mogħtija bl-użu tal-algoritmu SCENIC. Għalkemm il-cluster IFN tat-tip I (cluster 12) juri evidenza ta 'regolamentazzjoni IRF1, IRF7, IRF9, u STAT2 (25) (Figura 3A), b'mod ġenerali, ma sibniex assoċjazzjonijiet TF uniċi fi ħdan clusters speċifiċi. Madankollu, analiżi ta 'cluster ġerarkika tat-TF ssuġġeriet organizzazzjoni traskrizzjoni mill-organu tal-oriġini jew il-preżenza ta' awtoimmunità. Kien hemm influwenza speċifika għall-kliewi, peress li bosta motifi li jorbtu TF (inklużi HIF1, TGIF2, CREM, JUN, u FOS) ġew arrikkit fil-maġġoranza tal-KITs, irrispettivament mill-cluster; bosta minn dawn it-TFs kienu wkoll huma stess transcriptionally upregulated, inklużi Crem u Hif1 , li qabel kienu assoċjati ma 'residenza fit-tessuti u ipoksja, rispettivament (18, 26, 27) (Figura 3B). Permezz ta 'l-espressjoni Hif1 u l-attività ta' traskrizzjoni, xogħol reċenti deskritt profil ta 'espressjoni tal-ġeni ipoksja fil-massa RNA-Seq ta' KITs iżolati minn ġrieden MRL/lpr (18). Bl-istess mod, osservajna li porzjon ta 'KITs esprimew profil ta' ipoksja, partikolarment fil-gruppi 1, 4, 8, u 10 u l-popolazzjoni KIT Treg (Figura 4A).

Minħabba s-sejbiet mix-xogħol preċedenti tagħna li jissuġġerixxu l-eżawriment tal-KIT, aħna vvalutajna l-firma tal-eżawriment (6), li deher arrikkita fost CD4 flimkien ma 'KITs b'kollox (Figura 4, A u B). Il-firem ta 'eżawriment f'raggruppamenti multipli kienu ogħla mil-linja bażi definita minn ċelluli T tal-milsa CD4 flimkien ma' B6, bi gruppi 0, 4, 8, 10, u 9 li juru l-ogħla punteġġ (Figura 4B). Dawn il-clusters kienu magħmulin prinċipalment minn KITs, ħlief cluster 9, li kien jikkonsisti kemm minn KITs kif ukoll minn ċelluli T tal-milsa minn ġrieden MRL/lpr; madankollu, anki fil-cluster 9, iċ-ċelloli l-aktar eżawriti kienu derivati ​​mill-kliewi (Figura 4B). Għalhekk, minkejja l-eteroġeneità ta 'CD4 flimkien ma' KITs, l-espressjoni tal-ġeni assoċjata ma 'l-eżawriment tidher fit-traskriptomi ta' gruppi multipli ta 'ċelluli T.

Peress li ċ-ċelluli ċitotossiċi CD4 flimkien ma 'T ġew irrappurtati fit-tixjiħ, (13) infiltrati tat-tumur (28), u sklerożi sistemika (29), aħna vvalutajna jekk firma tal-ġene ċitotossika kinitx osservata f'KITs. Tabilħaqq, porzjon ta 'ċelluli T kemm milsa kif ukoll derivati ​​mill-kliewi minn ġrieden MRL/lpr, li jinkludu raggruppamenti 0, 2, u 9, esprimew firma ta' ġene ċitotossiku (Figura 4A). Interessanti, raggruppamenti KIT ġeneralment esprimew jew profil iposiku jew firma tal-ġeni ċitotossiċi iżda mhux it-tnejn.

L-analiżi tat-traġetorja tidentifika l-progressjoni tal-iżvilupp taċ-ċelluli CD4 flimkien ma 'T. Ibbażat fuq l-analiżi tal-firem tal-ġeni tar-raggruppament, ipoteżijna li hemm progressjoni minn ċelluli T naive għal effeturi periferali / ċitotossiċi, li mbagħad jinvadu l-kliewi fejn l-ewwel jesprimu programm ċitotossiku, segwit minn rispons ta 'ipoksja akkumpanjat minn eżawriment / disfunzjoni. Biex nevalwaw dan il-mudell, ħloqna analiżi tal-progressjoni tan-nisel bl-użu ta 'Monocle3, li tintegra l-espressjoni tal-ġeni temporali (Figura 4C). HTO overlays fuq it-trajettorja tal-psewdo ħin Monocle3 (Figura 4C) indikaw li l-oriġini tan-nisel isseħħ mal-cluster naive B6; il-programm imbagħad postula fergħat bikrija tal-cluster Treg, flimkien ma 'progressjoni permezz ta' ċelluli tal-milsa attivati ​​suxxettibbli għal lupus, u finalment għal ċelluli li jinfiltraw il-kliewi. F'dan il-mudell, jidher li ċ-ċelluli T naive jidħlu fil- "fażi awtoimmuni / ċitotossika" eżatt qabel jew b'mod parallel ma 'infiltrazzjoni tal-kliewi, kif ipotetizzat, u finalment progress għal stat iposiku / disfunzjonali (Figura 4D).

KIT Tregs jesprimu markaturi residenti fit-tessuti. Biex nevalwaw l-effett indipendenti tal-ipprogrammar mill-ġdid tat-tessuti fuq il-fenotip taċ-ċelluli T, aħna evalwajna aktar mill-qrib il-popolazzjoni Treg (cluster 6), peress li dan il-grupp kien magħmul minn ċelloli mit-3 oriġini kollha. Mal-reclustering, KIT Tregs ġew immappjati separatament mit-Tregs splenic ta 'oriġini B6 jew awtoimmuni (Figura 5, A u B). Plott tal-vulkan (Figura 5C) żvela diversi DEGs bejn Tregs periferali u tal-kliewi, l-aktar regolati 'l fuq fil-kliewi, li jissuġġerixxu li r-residenza tat-tessuti indotta programm ta' traskrizzjoni addizzjonali. Dawn id-DEGs kienu jinkludu Crem u Klf6, TFs preċedentement assoċjati mal-fenotipi CD4 plus KIT fl-immappjar TF tagħna (Figura 3B). Interessanti, ġeni identifikati qabel fi Tregs residenti fit-tessuti meta mqabbla ma 'Tregs limfoid kienu b'mod simili upregulated traskrizzjoni fil KIT Tregs, inklużi Crem, Rgs1, Rgs2, Id2, Ctla4, u Areg (Figura 5C, enfasizzat fil-roża) (30).

CD8 plus KITs juru eteroġeneità wara l-infiltrazzjoni tat-tessut. Ċelloli CD8 flimkien ma 'T (minn Main-Seq) ġew analizzati kif sar għall-popolazzjoni CD4 plus, li wasslu għal 9 clusters li solvew ibbażati fuq HTO (Figura 6, A u B). Nistgħu nidentifikaw ħafna minn dawn ir-raggruppamenti mid-DEG f'kull wieħed (Figura 6C). Il-maġġoranza taċ-ċelluli T tal-milsa kienu miġbura fuq in-naħa tal-lemin tal-UMAP, bil-cluster 4 kien magħmul predominantement minn ċelluli T tal-milsa B6 u cluster 0 li jirrappreżenta l-maġġoranza taċ-ċelluli T tal-milsa MRL/lpr u jissuġġerixxi fenotip TCM.

Iċ-ċelluli T tal-milsa awtoimmuni kienu rappreżentati wkoll f'clusters 6 u 5, li jinkludu T effector memory (TEM) u ċelluli eżawriti periferali, rispettivament. CD8 flimkien ma' KITs minn ġrieden MRL/lpr instabu f'diversi gruppi uniċi. Il-grupp 2 kien fih popolazzjoni ta' ċelluli T eżawriti (TEX). Il-grupp 3 kien jikkonsisti f'popolazzjoni ta' ċelluli T tal-memorja residenti (TRM). Cluster 6 kien cluster TEM, magħmul minn madwar 50 fil-mija KITs u 50 fil-mija ċelluli T tal-milsa. Cluster 1 kien l-akbar cluster KIT. Deher li jirrappreżenta stat transitorju, peress li ċ-ċelloli f'dan il-grupp esprimew taħlita ta 'ġeni indikattivi ta' TEX, TRM u TEM. L-iżgħar 2 raggruppamenti kienu diviżorji (cluster 7), u ċelluli T IFNhi (cluster 8), b'ċelloli minn sorsi multipli.

Biex tikkonferma l-identitajiet putattivi tal-clusters, il-firem tal-ġeni ta 'referenza (Tabella Supplimentari 1) ġew sovrapposti fuq il-plots UMAP (Figura 6, D-I). Il-firma tal-memorja residenti mmappjata bl-aktar mod qawwi għar-raggruppamenti TRM u KIT TEX (Figura 6D). Reċiprokament, il-firma tal-ġene periferali kienet assoċjata ma 'ċelluli T derivati ​​mill-milsa - partikolarment il-parti naive, it-TCM, u l-milsa tal-clusters TEM (Figura 6E); madankollu, il-cluster TEX periferali ma wera la TRM u lanqas firma periferali. Kif mistenni, il-popolazzjoni CD8 plus KIT b'mod ġenerali uriet firma robusta "eżawrita" (6). Fost il-KITs, il-firma tal-eżawriment kienet l-aktar assoċjata ma 'clusters 2 u 3 u sa ċertu punt 1, li jirrappreżentaw il-KIT TEX, TRM, u popolazzjonijiet transizzjonali, rispettivament (Figura 6F). Is-superpożizzjonijiet tal-ġeni ta 'referenza UMAP għal firem traskrizzjoni TEM u TCM ikkonfermaw il-klassifikazzjonijiet inizjali tagħna ta' dawn ir-raggruppamenti (Figura 6, G, u H).

Profil TF uniku assoċjat ma 'infiltrazzjoni u eżawriment taċ-ċelluli T. Aħna wettaqna aktar arrikkiment tal-motif TF għall-clusters taċ-ċelluli CD8 flimkien ma 'T bl-użu ta' SCENIC (Figura 7A). Kif mistenni, IRF1, IRF7, IRF9, u STAT1 ġew identifikati bħala sewwieqa tat-traskrizzjoni tal-cluster IFNhi. Simili għall-kompartiment CD4 plus, diversi motifi ġew arrikkit fil-KITs CD8 plus kollha (UQCRB, CREM, u KLF6), filwaqt li TFs oħra kienu speċifiċi għall-clusters; per eżempju, fil-clusters TEX (2 u 5), motifi għal NR3C1, HTATIP2, u ELF1 ġew arrikkit.

Mhux it-TFs kollha jistgħu jiġu mmappjati minn SCENIC. Biex nipprovdu approċċ alternattiv, aħna koinċidejna l-espressjoni ta 'TFs multipli fuq il-plots UMAP (Figura 7B). L-espressjoni ta 'Crem u sa ċertu punt Klf6, kienet assoċjata ma' KITs, filwaqt li Uqcrb ma kienx, li jesponi xi diskordanza bejn l-espressjoni TF u r-regolamentazzjoni tal-ġene TF imbassar. L-espressjoni ta 'kemm Tox u Eomes, li huma regolaturi ta' l-eżawriment taċ-ċelluli T (31-33), hija korrelata mal-clusters TEX 2 u 5, u jivvalidaw aktar l-identità tagħhom. Notevolment, Tcf7, li huwa espress b'mod qawwi fiċ-ċelluli T tal-milsa, kien osservat ukoll f'ċelloli tranżizzjonali, bl-espressjoni ġeneralment mitfija f'popolazzjonijiet TEX u TRM. Mudell simili għal Tcf7 deher b'Klf2, filwaqt li Klf6 u Id2 kellhom mudelli reċiproċi.

【Għal aktar informazzjoni: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】