L-Ewwel Parti:Varjanti ta' Riskju Komuni f'NPHS1 U TNFSF15 Huma Assoċjati mas-Sindrome Nefrotiku sensittiv għall-Isterojdi tat-Tfulija

Kuntatt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Xiaoyuan Jia1,29,30, Tomohiko Yamamura2,30, Rasheed Gbadegesin3,30, Michelle T. McNulty4,5,30, Kyuyong Song6, China Nagano2, Yuki Hitomi1,31, Dongwon Lee4,5,7, Yoshihiro Aiba8, Seik-Soon Khor1,29, Kazuko Ueno1,29, Yosuke Kawai1,29, Masao Nagasaki9,32, Eisei Noiri10,29, Tomoko Horinouchi2, Hiroshi Kaito2,11, Riku Hamada12, Takayuki Okamoto13, Koichi Kamei14, Koichi Kamei14, Sampson G. ,7, Katsushi Tokunaga1,29, u Kazumoto Iijima2, Rika Fujimaru16, Ryojiro Tanaka11, Yuko Shima17, Il-Konsorzju tar-Riċerka dwar il-Ġenetika tat-Tfulija IdjopatikaNefrotikuSindromufil-Ġappun33, Jiwon Baek6, Hee Gyung Kang18, Il-Soo Ha18, Kyoung Hee Han19, Eun Mi Yang20, Korean Consortium of Hereditary Renal Diseases in Children33, Asiri Abeyagunawardena3, Brandon Lane3, Megan Chryst-Stangl3, Christopher Esezobor21

Cistanche jista 'jgħin bis-sindromu nefrotiku u huwa tajjeb għall-kliewi

1Dipartiment tal-Ġenetika tal-Bniedem, Skola tal-Gradwati tal-Mediċina, L-Università ta 'Tokjo, Tokyo, Ġappun; 2Dipartiment tal-Pedjatrija, Kobe University Graduate School of Medicine, Kobe, il-Ġappun; 3Dipartiment tal-Pedjatrija, Diviżjoni tan-Nefroloġija, Duke University Medical Center, Durham, North Carolina, USA; 4Dipartiment tal-Mediċina-Nefroloġija, Boston Children's Hospital, Boston, Massachussetts, l-Istati Uniti; 5Medical and Population Genetics, Broad Institute, Cambridge, Massachussetts, USA; 6Dipartiment tal-Bijokimika u Bijoloġija Molekulari, Università ta 'Ulsan Kulleġġ tal-Mediċina, Seoul, Korea; 7Harvard Medical School, Boston, Massachussetts, l-Istati Uniti; 8Clinical Research Center, Organizzazzjoni Nazzjonali tal-Isptar Nagasaki Medical Center, Omura, Ġappun; 9Dipartiment tal-Ġenomika Integrattiva, Tohoku Medical Megabank Organization, Tohoku University, Sendai, Ġappun; 10Dipartiment tal-Emodijalisi u l-Aferesi, L-Isptar tal-Università ta 'Tokjo, Tokyo, il-Ġappun; 11Dipartiment tan-Nefroloġija, Hyogo Prefettural Kobe Children's Hospital, Kobe, il-Ġappun; 12Dipartiment tan-Nefroloġija, iċ-Ċentru Mediku tat-Tfal Metropolitani ta' Tokyo, Tokyo, Ġappun; 13Dipartiment tal-Pedjatrija, l-Isptar tal-Università ta’ Hokkaido, Sapporo, il-Ġappun; 14Diviżjoni tan-Nefroloġija u Rewmatoloġija, Ċentru Nazzjonali għas-Saħħa u l-Iżvilupp tat-Tfal, Tokyo, il-Ġappun; 15Dipartiment tan-Nefroloġija, l-Isptar tat-Tfal ta’ Fukuoka, Fukuoka, il-Ġappun; 16Dipartiment tal-Pedjatrija, Osaka City General Hospital, Osaka, il-Ġappun; 17Dipartiment tal-Pedjatrija, Wakayama Medical University, Wakayama, il-Ġappun; 18Dipartiment tal-Pedjatrija, l-Isptar tat-Tfal tal-Università Nazzjonali ta’ Seoul, Seoul, il-Korea; 19Dipartiment tal-Pedjatrija, Skola tal-Mediċina tal-Università Nazzjonali ta’ Jeju, Jeju, Korea; 20Dipartiment tal-Pedjatrija, l-Isptar tat-Tfal tal-Università Nazzjonali ta’ Chonnam, Gwangju, il-Korea; 21Dipartiment tal-Pedjatrija, Kulleġġ tal-Mediċina, Università ta’ Lagos, Lagos, in-Niġerja; 22Dipartiment tal-Pedjatrija, Isptar tat-Tagħlim tal-Università tal-Istat ta' Lagos, Ikeja, in-Niġerja; 23Dipartiment tan-Nefroloġija Pedjatrika, Isptar ta' Assistenza Pubblika ta' Pariġi, Isptar Robert-Debré, Pariġi, Franza; 24Center of Research on Inflammation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale UMR 1149, Università Sorbonne-Pariġi, Pariġi, Franza; 25Diviżjoni tan-Nefroloġija u Dijaliżi, l-Isptar tat-Tfal u l-Istitut tar-Riċerka Bambino Gesù, Ruma, l-Italja; 26Università ta' Sorbonne, INSERM UMR_S1155, u Sptar ta' Jum in-Nefroloġija, Dipartiment tan-Nefroloġija, Hôpital Tenon, Pariġi Franza; 27Ċentru ta’ Riċerka għall-Bijoloġija tal-Lokomozzjoni, l-Università ta’ Kobe Gakuin, Kobe, il-Ġappun; u 28KNC Dipartiment tal-iskoperta tad-droga tal-aċidu nukleiku, Fakultà tar-Riabilitazzjoni, Università ta’ Kobe Gakuin, Kobe, Ġappun

Biex tifhem il-ġenetika ta 'sterojdi sensittivinefrotikusindromu(SSNS), għamilna studju ta' assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu f'987 pazjent SSNS tat-tfulija u 3,206 reġjuni b'saħħithom u TNFSF15 (rs6478109, P [2.54E-8, JEW [0.72) kisbu ġenoma -sinifikat wiesa' u kienu replikati fil-popolazzjonijiet Koreani, tal-Asja t'Isfel u Afrikani. Meta-analiżi trans-etniċi inklużi popolazzjonijiet Ġappuniżi, Koreani, Asjatiċi t'Isfel, Afrikani, Ewropej, Ispaniċi u Magrebjani kkonfermaw l-assoċjazzjonijiet sinifikanti ta' varjanti fl-NPHS1- KIRREL2 (Pmeta [6.71E{-28, JEW [1.88 ) u TNFSF15 (Pmeta [5.40E-11, JEW [1.33) loci. Analiżi tal-alleli tar-riskju NPHS1 b'espressjoni glomerulari tal-mRNA NPHS1 mill-istess persuna żvelat espressjoni speċifika tal-alleli b'espressjoni sinifikament aktar baxxa tat-traskrizzjoni derivata mill-aplotip tar-riskju (Wilcox test p [9.3E-4). Minħabba li varjanti patoġeniċi rari fl-NPHS1 jikkawżaw konġenitalisindromu nefrotikutat-tip Finlandiż (CNSF), l-istudju preżenti jipprovdi aktar evidenza li varjazzjoni tul l-ispettru tal-frekwenza alleli fl-istess ġene tista 'tikkawża jew tikkontribwixxi kemm għal marda monoġenika rari (CNSF) kif ukoll għal marda poliġenika aktar kumplessa (SSNS).

Idjopatikusindromu nefrotiku(INS) hija l-aktar marda glomerulari komuni fit-tfal. Il-prevalenza tal-INS ġiet irrappurtata li hija kważi 16-il każ għal kull 100,000.1 Hemm differenzi etniċi sostanzjali fl-inċidenza tal-INS, li joħolqu firxa ta' 2-7 każi għal kull 100,000 tifel u tifla . L-inċidenza ta' INS hija ogħla fost dawk b'antenati Ażjatiċi meta mqabbla ma' antenati Ewropej.2 Fil-Ġappun, l-inċidenza stmata ta' INS hija ta' 6.49 każ għal kull 100,000 tifel u tifla.3 Madwar 3 fil-mija tat-tfal b'sensittivi għall-isterojdi.sindromu nefrotiku(SSNS) għandhom storja familjari ta’ SSNS.4 Il-patoġenesi ta’ INS għadha mhix ċara, għalkemm aktar minn 50 ġene wieħed kawżattiv għal reżistenti għall-isterojdisindromu nefrotikuinstabu, u mutazzjonijiet kawżattivi f’dawn il-ġeni ġew identifikati f’madwar 30 fil-mija tal-pazjenti tat-tfulija u żgħażagħ adulti b’reżistenti għall-isterojdi.sindromu nefrotiku.5,6 Riċentement, 6 ġeni assoċjati ma' attività ta' enzima li tgħaqqad it-trifosfat ta' guanosina żgħira bħal Rho (GTPase) ġew identifikati bħala kawżi ta' sindromu nefrotiku li jista' jiġi ttrattat parzjalment bi sterojdi.7 Mutazzjonijiet EMP2 ġew identifikati f'SSNS permezz ta' taħlita ta' rabta. analiżi u sekwenzar tal-exome.8 Madankollu, ftit pazjenti b’SSNS għandhom mutazzjoni fil-ġeni ta’ hawn fuq, li jindika li l-arkitettura ġenetika alternattiva tista’ tmexxi l-patoġenesi għall-biċċa l-kbira tal-pazjenti b’SSNS.9 L-infezzjonijiet akuti u t-tingiż tal-insetti huma triggers magħrufa sew tal-bidu u rikaduta ta'sindromu nefrotiku.10–13 Dawn is-sejbiet jissuġġerixxu li fatturi ġenetiċi u ambjentali huma importanti fis-suxxettibilità għall-iżvilupp ta' SSNs. Biex jiġu eluċidati l-fatturi ta 'suxxettibilità ġenetika ta' SSNS fit-tfal, twettqu 4 studji ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu (GWASs) f'serje ta' kontroll ta 'każijiet karatterizzati tajjeb. Ir-reġjun HLA-DR/DQ wera l-aktar assoċjazzjoni sinifikanti mal-mard fil-popolazzjonijiet Ewropej u Ġappuniżi, 14–17 b'2 loci mhux HLA fuq 4q13.3 (PARM1) u 6q22.1 (CALHM6) li kisbu wkoll sinifikat mal-ġenoma kollu biss. Tfal Ewropej.15,17 Minħabba d-daqsijiet limitati tal-kampjuni f'dawn l-istudji, koorti akbar u studji kollaborattivi internazzjonali huma meħtieġa biex jiġu identifikati fatturi ta' suxxettibilità addizzjonali. F'popolazzjoni Ġappuniża, wettaqna GWAS ta 'skoperta bl-akbar daqs tal-kampjun sal-lum (987 pazjent SSNS tat-tfulija vs 3206 kontrolli), segwit minn replikazzjoni internazzjonali u meta-analiżi trans-etnika (Figura 1).

CISTANCHE TITTRATTA MARD TAL-KLIEI

RIŻULTATI

Suġġetti

Id-definizzjonijiet tal-INS huma murija fit-Tabella Supplimentari S1. Fl-istadju ta' skoperta, ġew reklutati 1018-il pazjent Ġappuniż b'SSNS tal-bidu tat-tfulija, u 987 każ ġew inklużi fl-analiżi tal-assoċjazzjoni wara li sar kontroll tal-kwalità. Il-karatteristiċi tad-987 pazjent huma murija fit-Tabella Supplimentari S2. Il-proporzjon maskili għal mara kien 2.6:1. L-età medjana fil-bidu kienet 4.0 snin (0.4– 17.9 snin). Bijopsija tal-kliewi saret f'501 minn 987 pazjent (51 fil-mija) (għall-marda ta' bidla minima [N ¼ 470; 93.8 fil-mija], glomerulosklerożi segmentali fokali [N ¼ 16; 3.2 fil-mija], proliferazzjoni mesanġjali diffusa [N ¼ 14; 2.8 fil-mija] , u proliferazzjoni mesanjali fokali [N ¼ 1; 0.2 fil-mija ]). B'kollox, 3331 adult Ġappuniż b'saħħtu ġew reklutati bħala kontrolli.

Analiżi ta' assoċjazzjoni bbażata fuq il-polimorfiżmu ta' nukleotidu wieħed mal-ġenoma kollu (SNP).

In the discovery stage, 1018 cases and 3331 healthy controls were genotyped by Japonica array. Whole-genome imputation was performed subsequently using the phased reference panel of 2036 healthy Japanese individuals. After data cleaning (Supplementary Figure S1A–E), 987 cases and 3206 controls with 6,834,340 autosomal single-nucleotide variants and short insertions and deletions were retained for association analyses. The power of discovery GWAS exceeded 80% to detect low-frequency variants (minor allele frequency [MAF] >0.5%) with genotypic relative risk >6.20, or common alleles (MAF $5%) with relative risk >2.05, or variants with an allele frequency ¼ 50% conferring relative risk >1.48 f'limitu ta 'valur P sinifikanti ta' 5E-08 taħt il-mudell ta 'addittiv (Figura Supplimentari S2). Il-fattur tal-inflazzjoni, l, kien 1.151 għall-varjanti kollha ttestjati. Wara l-aġġustament għas-sess u l-ewwel 4 komponenti prinċipali (PC1-4), l-l kien 1.048, li naqas għal 1.043 meta varjanti fir-reġjun HLA (Hg19: chr6: 29,691,116-33,054,976) ġew esklużi (Figura Supplimentari S3A u B).

L-aktar assoċjazzjoni sinifikanti nstabet fir-reġjun HLA-DR/DQ (rs6901541, P ¼ 2.80E-33, odds ratio [OR] ¼ 2.49, intervall ta 'kunfidenza ta' 95 fil-mija: 2.15-2.89; Figuri 2 u 3a). Sinjali fir-reġjun NPHS1-KIRREL2 fuq 19q13.12 (rs56117924; P ¼ 4.94E–20, JEW ¼ 1.90, 95 fil-mija interaval kunfidenza: 1.66-2.18; Figura 3b) u fir-reġjun TNFSF

Figura 1| Flowchart. Kontorn ewlieni tal-istudju ta' assoċjazzjoni mal-ġenoma ta' skoperta (GWAS). Replikazzjoni ta 'polimorfiżmi ta' nukleotide wieħed kandidati barra HLA b'popolazzjonijiet multipli u meta-analiżi transetnika. 3Cités, koorti ta' 3-belt Franċiża (Bordeaux, Dijon, u Montpellier); AFR, Afrikan; EUR, Ewropew; ExAC, ġenoma; GINS-J, Il-Konsorzju tar-Riċerka dwar il-Ġenetika tat-TfulijaSindromu Nefrotikufil-Ġappun; ItSpa, koorti Taljana u Spanjola; KCHRD, Konsorzju Korean tal-Mard Ereditarju tal-Kliwi fit-Tfal; MWPNC, Konsorzju tan-Nefroloġija Pedjatrika tal-Punent Nofsani; NEPHROVIR, Nefrożi u Virus tal-Koorti tat-Tfal; JEW, odds ratio; Pmeta, valur P fil-meta-analiżi; QC, kontroll tal-kwalità; SSNS, sensittivi għall-isterojdisindromu nefrotiku.

CISTANCHE TITTRATTA MARD TAL-KLIEI

9q32 (rs6478109, P ¼ 2.54E–08, JEW ¼ 0.72, intervall ta' kunfidenza 95 fil-mija: 0.64–0 .81; Figura 3c) kisbet ukoll sinifikat mal-ġenoma kollu (P < 5e-08).="" sinjal="" fir-reġjun="" tnfrsf11a="" fuq="" 18q21.33="" kiseb="" sinifikat="" marġinali="" madwar="" il-ġenoma="" (rs34213471,="" p="" ¼="" 7.68e-08,="" jew="" ¼="" 1.38,="" intervall="" ta'="" kunfidenza="" ta'="" 95="" fil-mija:="" 1.23-="" tabella="" supplimentari="" 1.53;="" s).="" twettqu="" analiżi="" kondizzjonali="" fir-reġjuni="" ġodda="" mhux="" hla.="" l-ebda="" snps="" ma="" wera="" sinifikat="" indipendenti="" wara="" li="" kkondizzjona="" fuq="" l-snp="" taċ-ċomb="" f'kull="" locus="" (figuri="" supplimentari="" s4-s6).="" intgħażlu="" disa'="" snps="" għal="" replikazzjoni="" mmirata="" u="" meta-analiżi:="" fir-reġjun="" nphs1-="" kirrel2,="" l-snp="" taċ-ċomb="" (rs56117924),="" 2="" snps="" funzjonali="" potenzjali="" f'diżequilibri="" ta'="" rabta="" mal-snp="" taċ-ċomb="" (rs2073901="" u="" rs2285450),="" u="" rs2285450s),="" u="" fi="" żbilanċ="" ta'="" rabta="" mal-snp="" ewlieni="" tagħna="" bi="" frekwenza="" suffiċjenti="" fil-popolazzjonijiet="" ewropej="" (rs412175="" u="" rs404299)="" ġew="" magħżula="" (figura="" supplimentari="" s7).="" fir-reġjun="" tnfsf15,="" minbarra="" l-snp="" taċ-ċomb="" (rs6478109),="" rs4979462="" (r2="" ¼="" 0.55="" b'rs6478109="" fis-sett="" ġappuniż="" ta="" 'skoperta)="" intgħażel="" minħabba="" li="" ġie="" assoċjat="" ma'="" mard="" awtoimmuni="" f'rapporti="" preċedenti.18,19="" fir-reġjun="" tnfrsf11a,="" tnfrsf11="" l-snp="" taċ-ċomb="" (rs34213471)="" u="" l-snp="" f'diżekwilibriju="" ta="" 'rabta="" mal-snp="" taċ-ċomb="" (rs8086340,="" r2="" ¼="" 0.42="" b'rs34213471="" fis-sett="" ġappuniż="" ta'="" skoperta)="" ġew="" magħżula.="" l-snps="" kandidati="" kollha="" kienu="" varjanti="" komuni="" (maf=""> 5 fil-mija) fil-popolazzjoni Ġappuniża (Tabella 1).

Replikazzjoni u meta-analiżi transetniċi ta 'SNPs kandidati f'reġjuni mhux HLA

Ir-replikazzjoni ta' 9 SNPs kandidati saret f'popolazzjonijiet multipli inklużi l-Korea, l-Asja t'Isfel, l-Afrika, l-Ewropea, l-Ispaniċi u l-Magrebjani (Tabella 1). Valur ta' P < 0.05/9="" ¼="" 5.55e–03="" kien="" ikkunsidrat="" sinifikanti.="" is-sinjali="" sinifikanti="" kollha="" tal-ġenoma="" fir-reġjun="" nphs1–kirrel2="" ġew="" replikati="" bil-korean="" (rs2285450,="" p="" ¼="" 1.32e-05,="" jew="" ¼="" 1.98;="" rs412175,="" p="" ¼="" 3.55e-05,="" jew="" ¼="" 1.32e-05,="" jew="" ¼="" 1.91.="" 04,="" jew="" ¼="" 2.09;="" rs56117924,="" p="" ¼="" 4.19e–04,="" jew="" ¼="" 1.70;="" u="" rs404299,="" p="" ¼="" 4.99e–04,="" jew="" ¼="" 1.88),="" asja="" tan-nofsinhar="" tal-asja="" (midwest="" pediatric="" consortium="" [midwest="" p.n.="" e–="" 12,="" jew="" ¼="" 2.95,="" rs2285450,="" p="" ¼="" 1.27e-="" 04,="" jew="" ¼="" 3.31,="" rs2073901,="" p="" ¼="" 1.49e-04,="" jew="" ¼="">

Figura 2| Plott ta 'Manhattan fl-istudju ta' assoċjazzjoni mal-ġenoma ta 'skoperta. Fl-istadju ta 'skoperta, 987 pazjent bi tfulija sensittivi għall-isterojdisindromu nefrotikuu 3206 kontroll ta 'adulti b'saħħithom b'6,834,340 varjanti awtosomali ta' nukleotide wieħed u inserzjonijiet u tħassir wara imputazzjoni tal-ġenoma kollu ġew inklużi. Il-valuri P ġew ikkalkulati bl-użu ta 'rigressjoni loġistika u aġġustament għas-sess u l-komponenti prinċipali 1-4.

rs412175, P ¼ 2.77E–04, JEW ¼ 2.39), u settijiet tad-dejta Afrikani (MWPNC) (rs56117924, P ¼ 3.20E-05, JEW ¼ 1.76). SNPs kandidati fir-reġjun TNFSF15 ġew replikati fis-settijiet tad-dejta Koreani (rs6478109, P ¼ 1.09E-05, OR ¼ 0.65) u Afrikani (MWPNC) (rs4979462, P ¼ 1.36E-03, OR 1.47¼). L-assoċjazzjoni fir-reġjun TNFRSF11A ġiet replikata fl-Asja tan-Nofsinhar (MWPNC) (rs8086340, P ¼ 4.66E-05, JEW ¼ 0.53). L-ebda wieħed mid-9 SNPs kandidati ma kiseb importanza statistika fil-koorti Ewropej, Ispaniċi (MWPNC), jew Afrikani jew Magrebjani (it-tnejn NEPHROVIR) wara korrezzjonijiet multipli. Il-qawwa limitata għall-iskoperta ta 'assoċjazzjonijiet moderati fl-istadju ta' replikazzjoni għandha titqies (Tabella Supplimentari S4).

Meta-analiżi transetniċi tad-9 SNPs, inklużi settijiet ta' kampjuni ta' skoperta u replikazzjoni, ikkonfermaw assoċjazzjonijiet sinifikanti tal-NPHS1-KIRREL2 (rs2285450, P-value in meta-analysis [Pmeta] ¼ 6.71E-28, JEW ¼ 1.888) rs2073901, Pmeta ¼ 1.03E–20, JEW ¼ 2.04) u reġjuni TNFSF15 (rs4979462, Pmeta ¼ 5.40E– 11, JEW ¼ 1.33), iżda mhux tal-locus TNFSFFT11A .

Analiżi bbażata fuq il-ġeni fl-istadju ta 'skoperta

F'test ibbażat fuq il-ġeni, 6,834,340 varjanti awtosomali ġew immappjati għal 18,644 ġene li jikkodifika l-proteini. Wieħed u sebgħin ġeni kisbu sinifikat mal-ġenoma kollu (P < 0.05/18,644="">

2.68E–06) (Figura Supplimentari S8; Supplimentari

Tabella S5). NPHS1 (P-valur fl-analiżi bbażata fuq il-ġeni [Pgene] ¼ 6.29E- 18) u KIRREL2 (Pgene ¼ 7.79E- 14) urew l-aktar assoċjazzjonijiet sinifikanti ma 'mard barra r-reġjun HLA. Fl-analiżi tas-sett tal-ġeni, il-kumpless tal-proteina tal-klassi II tal-kumpless maġġuri tal-istokompatibilità (valur P modifikat bil-metodu ta' Bonferroni [P-Bonferroni] ¼ 1.22E–03, Beta ¼ 1.5{0), istokompatibilità maġġuri attività kumplessa tar-riċetturi tal-klassi II (P-Bonferroni ¼ 6.17E–03, Beta ¼ 1.61), naħa luminali tal-membrana (P-Bonferroni ¼ 1.97E-02, Beta ¼ 0.75), u rispons immuni intrinsiku (P-Bonferroni ¼ 1. E-02, Beta ¼ 0.17) kienu assoċjati b'mod sinifikanti mal-marda (Tabelli Supplimentari S6 u S7).

CISTANCHE TITTRATTA MARD TAL-KLIEI

Analiżi ta' wara l-GWAS tal-locus NPHS1-KIRREL2

Minħabba li NPHS1 kien l-iktar quċċata sinifikanti wara r-reġjun HLA, li NPHS1 u KIRREL2 għandhom rwoli ewlenin fil-bijoloġija tal-podoċiti, u li NPHS1 huwa wieħed mill-iktar Mendeliani komuni.sindromu nefrotikuġeni, aħna ffukaw l-analiżi tagħna ta 'wara l-GWAS fuq varjanti tar-riskju f'dan il-locus (19q13.12; 36.2-36.6 Mb). Minħabba l-prossimità bijoloġika tad-DNA għall-mRNA, u d-disponibbiltà ta’ data traskriptomika tal-kliewi ġenomika u derivata minn bijopsija eżistenti minn parteċipanti fl-istudju tan-Netwerk ta’ Studju tas-Sindromu Nefrotiku (NEPTUNE),20,21 għażilna li ninvestigaw ir-relazzjoni bejn l-alleli tar-riskju f’ dan il-locus u l-espressjoni tal-mRNA lokali.

We first tested the hypothesis that these risk SNPs altered expression of nearby genes as a cis expression quantitative trait locus (eQTL). However, there was no strong evidence that there were significant eQTLs for NPHS1 or KIRREL2 in the kidney or other tissues (Supplementary Table S8). We also found it to be unlikely that the 2 synonymous variants (rs2285450, c.294 C>T; rs2073901, c.2223C>T) fl NPHS1 affettwat l-istruttura sekondarja, bl-użu RNAsnp Web Server. 22 Aħna mbagħad daru l-attenzjoni tagħna biex tistudja l-impatt tal-kromożomi 19, aplotype ta 'riskju ta' ħames SNP fuq ir-regolamentazzjoni tat-traskrizzjoni NPHS1. Biex tagħmel dan, qabbilna NPHS1 espressjoni ta' 4 parteċipanti NEPTUNE li jħaddnu l-aplotip sħiħ tar-riskju 5 NPHS1 b'183 parteċipant mingħajr l-aplotip tar-riskju sħiħ. L-4 parteċipanti bl-aplotip tar-riskju ma kellhomx differenza sinifikanti fl-espressjoni NPHS1 (Wilcoxon test P ¼ 0.39; Figura 4a). Bl-ebda evidenza li dan l-aplotip tar-riskju għandu eQTL għal NPHS1 glomerulari, aħna ipoteżijna li t-traskrizzjoni NPHS1 derivata mill-aplotip tar-riskju tkun espressa b'mod differenzjali meta mqabbla ma' dik mill-aplotip ta' referenza (espressjoni speċifika għall-allele [ASE]), peress li ASE ġie rapportati li huma assoċjati ma’ suxxettibilità għal mard, inkluż mard infjammatorju tal-musrana, disturb fl-ispettru tal-awtiżmu, u disturbi fl-użu tal-alkoħol.23–25 Aħna użajna phasing u espressjoni speċifika tal-alleli minn RNA-seq (phASER) biex tikkwantifika l-abbundanza tal-aplotip, imbagħad ikkwantifikajna l-"magnitudità". ta' ASE" bħala l-grad ta' devjazzjoni mill-proporzjon ta' espressjoni ta' 1:1 mistenni minn kull kromożoma j0.5 – (aplotip A/ għadd totali)j. F'pazjenti bl-aplotip tar-riskju, l-aplotip A jħaddan il-5 varjanti tar-riskju NPHS1 kollha; f'pazjenti mingħajr l-aplotip tar-riskju, l-aplotip A ġie magħżul b'mod każwali minn wieħed miż-2 aplotipi tagħhom. Sibna espressjoni sinifikament aktar baxxa tait-traskrizzjoni NPHS1 mill-aplotip tar-riskju (Tabella 3). Il-kobor tal-ASE fl-4 kampjuni tal-aplotip tar-riskju kienu 0.14, 0.21, 0.22, u 0.22, filwaqt li l-medjan tal-ieħor 183 pazjent kien 0.03 (firxa interkwartili: 0.01–0.05, test Wilcoxon għad-differenza fl-ASE, P ¼ 9.3E–4; Figura 4b).

Figura 3| Plottijiet reġjonali ta' loci b'sinifikat mal-ġenoma kollu (P < 5e-08)="" jew="" sinifikat="" marġinali="" mal-ġenoma="" kollu="" fl-istadju="" ta'="" skoperta.="" (a)="" ir-reġjun="" hla="" klassiku="" fuq="" il-kromożomi="" (chr)="" 6="" wera="" l-aktar="" assoċjazzjoni="" sinifikanti="" (p="" ​​¼="" 2.80e-33).="" (b)="" locus="" kandidat="" b'sinifikat="" mal-ġenoma="" kollu="" fuq="" chr="" 19="" (p="" ¼="" 4.94e–20).="">

Figura 3| (Ikompli) (c) Lokus kandidat b'sinifikat mal-ġenoma kollu fuq chr 9 (P ¼ 2.54E–08). (d) Locus kandidat b'sinifikat marġinali mal-ġenoma kollu fuq chr 18 (P ¼ 7.68E–08).

Immappjar fin HLA

L-analiżi tal-assoċjazzjoni tal-HLA fl-istudju preżenti kkonfermat is-sejbiet preċedenti tagħna b'valuri P aktar sinifikanti. HLA-DRB1*{{50}}8:{02– DQB1*03:02 kien l-aktar aplotip ta’ suxxettibilità sinifikanti (valur P ikkoreġut [Pc] ¼ 1.16E–22, JEW ¼ 3.38), b'assoċjazzjoni aktar sinifikanti u b'saħħitha minn HLA-DRB1*08:02 (Pc ¼ 2.60E–22, JEW ¼ 2.66) jew HLA-DQB1*03:02 (Pc ¼ 2.59E– 10, JEW ¼) 1. waħdu. HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 kien l-aktar haplotip protettiv sinifikanti (Pc ¼ 1.63E– 16, JEW ¼ 0.18). Individwu wieħed fil-grupp tal-każ (1 minn 870 ¼ 0.11 fil-mija) u 15-il kontroll b'saħħtu (15 minn 2903 ¼ 0.52 fil-mija) kienu eterozigoti għall-aplotip suxxettibbli (HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02) u l-protezzjoni. aplotip (HLA-DRB1 * 13: 02–DQB1 * 06: 04), li jissuġġerixxi effett dominanti tal-aplotip protettiv fuq l-aplotip suxxettibbli, għalkemm id-differenza ma kinitx statistikament sinifikanti (P ​​¼ 0.14; Tabella Supplimentari S20).

CISTANCHE TITTRATTA MARD TAL-KLIEI

Pls ikklikkja hawn għat-Tieni Parti