Astratt:UżaCistanche DesertIcolaParassitizzanti żewġ pjanti ospitanti (haloxylon ammodendron u atriplex canescens) bħala materjali tat-test, dan l-istudju ddetermina l-kontenut tal-polisakkaride f'C. Deserticola minn ospiti differenti bl-użu tal-metodu tal-aċidu fenol-sulfuriku. Sekwenzar u analiżi tat-traskrizzjoni ta 'haloxylon-cistanche uAssoċjazzjonijiet Atriplex-Cistanchetmexxew bl-użu tal-pjattaforma tas-sekwenzar Illumina Novaseq 6000. Ir-riċerka ffokat fuq l-investigazzjoni ta 'differenzi ta' traskrizzjoni f'C. Deserticola minn ospiti differenti, skrining ġeni enżimatiċi ewlenin involuti fil-metaboliżmu tal-polysaccharide, u l-validazzjoni tal-ġeni magħżula permezz ta 'verifika QRT-PCR. Dan l-istudju għandu l-għan li jipprovdi bażi teoretika għall-esplorazzjoni ta 'pjanti ospitanti ġodda u titjib ġenetiku ta' C. deserticola. Ir-riżultat wera li l-kontenut ta 'polisakkaridi misjub fl-atriplex quadriptera-c.deserticola kien superjuri għal dak preżenti f'Haloxylon Ammodendron-C. DesertIcola. Permezz ta 'analiżi komparattiva ta' traskrizzjoni, 14089 ġeni espressi b'mod differenti (DEGs) ġew skrinjati miż-zkuk imlaħħma ta 'Atriplex Quadriptera-C. Deserticola u Haloxylon Ammodendron-C. DesertIcola. Ir-riżultati tal-analiżi tal-arrikkiment ta 'KEGG żvelaw li dawn id-DEGs kienu l-iktar arrikkiti b'mod prominenti fil-mogħdijiet relatati mal-metaboliżmu tal-karboidrati, il-metaboliżmu tal-galactose, il-metaboliżmu tal-aċidu amminiku, u l-metaboliżmu tal-aċidu xaħmi. Barra minn hekk, total ta '26 DEGs ġew miksuba minn erba 'mogħdijiet relatati mal-metaboliżmu tal-polisakkaridi, li fosthom il-livelli ta' espressjoni ta 'ġene fructosidase u l-ġene -galactosidase fil-haloxylon ammodendron-C. Deserticola kienu sinifikament ogħla minn dawk fl-atriplex quadriptera-C. DesertIcola. Il-livelli ta 'espressjoni ta' ġene udp-glucose dehydrogenase u mannose -1- fosfat guanylate transferase ġene fl-atriplex quadriptera-c. Deserticola kienu sinifikament ogħla minn dawk f'Haloxylon Ammodendron-C. DesertIcola, li jista 'jkun il-ġeni ewlenin tal-enzimi għar-regolazzjoni tad-differenza tal-metaboliżmu tal-polysaccharide f'C. Deserticola.

Keywords Cistanche DesertIcola; Sekwenzar tat-traskrizzjoni; ospiti; Differenza tal-metaboliżmu tal-polisakkaridi

Cistanche DesertIcola

 

Cistanche DesertIcola YC Ma, imqassam primarjament fiGansu, Xinjiang, Ningxia, u l-Mongolja ta 'ġewwa, hija ħwawar mediċinali tradizzjonali Ċiniża inkluża fil -"Omoloġiku Mediċinali u tal-Ikel"katalgu. Għandu diversi benefiċċji għas-saħħa, bħalYang tal-kliewi tonifikanti, essenza nutrittiva u demm, u jippromwovu movimenti tal-musrana, li tagħmilha applikata b'mod wiesa 'mediċina, kura tas-saħħa, u l-industrija tal-ikel[1]. Minħabba tagħhanatura eterotrofika, Cistanche DesertIcolaparassitizza pjanti ospitanti differenti, biHaloxylon Ammodendronu l-ġdid introdottSemi-Evergreen arbuxxellAtriplex canescens(Pursh) Nutt.Li tkun l-ospiti primarji tagħha.

Il-polisakkaridi huma s-sustanzi attivi ewlenin fl-evalwazzjoniCistanche DesertIcolakwalità. Taħt kundizzjonijiet ospitanti differenti,akkumulazzjoni u kompożizzjoni metabolikata 'CistancheIl-polisakkaridi jvarjaw b'mod sinifikanti [2]. Ir-riċerka medika wriet liCistancheIl-polisakkaridi għandhomAnti-ossidanti, newroprotettivi, li jirregolaw l-immunità, u li jtejbu l-memorjaEffetti farmakoloġiċi, li jtaffu b'mod effettivIl-marda ta 'Alzheimer, il-marda ta' Parkinson u defiċjenza ta 'milsa indotta mid-depressjoni tal-fwied[3]. B'avvanzi fil-modernTekniki ta 'estrazzjoni u teknoloġiji ta' analiżi multi-spettru, ilKontenut, kompożizzjoni, u karatteristiċi strutturalita 'CistancheIl-polisakkaridi qegħdin jiġu eludati gradwalment, u jespandu l-applikazzjonijiet tagħhom.

F'termini ta 'Riċerka tal-bijoloġija molekularifuqCistancheSpeċi, studji ta 'sekwenzar ta' traskriżomi ffokaw prinċipalment fuqCistanche tubulosauHaloxylon-CistancheSistemi kumplessi.Pereżempju,Hou et al.[4] imwettaqSekwenzar ta 'traskrizzjoni ta' tul sħiħ u profil ta 'espressjoni tal-ġenita 'Cistanche tubulosaUżaPacbio u bgiSeq -500 teknoloġiji RNA-seq, identifikazzjoni237,772 Traskrizzjonijiet Uniċiu l-iskrining tal-ġeni tal-enzimi ewlenin involuti fiBijosintesi tal-glycoside tal-feniletanojdi- Bl-istess mod,Feng et al.[5] immexxijaAnaliżijiet transcriptomic u metabolomiċital - haustoria u tessuti li jmissGħeruq ta 'haloxylon uCistancheZkuk imlaħħam, żvelat ir-rwol tal-ospitanti fl - akkumulazzjoni ta 'CistancheMetaboliti. L - istudju tagħhom enfasizza liimpjant ospitanti mhux biss jaffettwa r-rendiment ta 'Cistancheimma wkoll il-kwalità tagħha- Madankollu, riċerka dwarCistancheIl-parassitizzazzjoni ta 'pjanti ospitanti differenti tibqa' limitata.

Atriplex canescens, a Pjanta b'għeruq profondi u reżistenti ħafna għall-istress, hija differenti mill-tradizzjonaliOspitanti ta 'Haloxylonu toriġina minnPlateaus semi-aridi tal-Istati Uniti Ċentrali- F'dawn l-aħħar snin, ġie introdott u promoss bħalaOspitanti ġdid għalCistanche DesertIcolakultivazzjonifiĊina tal-Majjistral. An Qing et al.[6] analizza u qabbelAkkumulazzjoni ta 'polisakkaridi ta'CistancheParassitizing Haloxylon u Atriplex CanescensFl-istess żona ta 'produzzjoni, sejbaDifferenzi sinifikanti fil-kontenut tal-polisakkaridibejn iż-żewġ kundizzjonijiet ospitanti.

Għalhekk, dan l-istudju għandu l-għan lisekwenza l-zkuk imlaħħam ta 'Cistanche DesertIcolaParassitizing Haloxylon u Atriplex Canescens, tanalizza l-Espressjoni differenzjali tal-ġeni ewlenin tal-enzimi involuti fil-bijosintesi tal-polysaccharide- Is-sejbiet jipprovduFondazzjoni teoretika għal aktar riċerka dwarCistancheMekkaniżmi ta 'bijosintesi ta' polisakkaridi, arrikkixxi studji traskriptomiċi fuq atriplex-Cistanchesistemi, u jippromwovu l-innovazzjoni f'livell għoliCistancheRiżorsi tal-Ġermoplasma.

 

Materjali u metodi

1.1 Materjali sperimentali

Cistanche DesertIcolakampjuni parassitizzantiHaloxylon AmmodendronuAtriplex canescensinġabru mill -CistancheBażi ta 'kultivazzjoni fiXiquan Town, Jingtai County, Provinċja ta 'Gansu(Latitudni36 grad 5 'n, lonġitudni103 grad 42 'e). It-tnejnHaloxylonuAtriplex canescensġew ikkultivati ​​fl-istess ambjent. Il-kampjuni ġew ikkategorizzati bħalaHaloxylon-Cistanche(Kampjun a)uAtriplex-Cistanche(Kampjun H),bi tliet repliki għal kull kategorija (ħames pjanti għal kull replika). It-teħid ta ’kampjuni sar fiApril 2024, u l-kampjuni ġew identifikati bħalaCistanche DesertIcolabozoz imlaħħma minnIl-Professur Guo Yehongmill -Kulleġġ tal-Agrikoltura, Università Agrikola Gansu.

Wara l-Linji Gwida għall-Kampjunar ta ’Shanghai Oe Biotech Co., Ltd., ilCistancheZkuk imlaħħlin ġew imlaħalħa bl-ilma ultrapure, u l-umdità żejda tneħħiet bl-użu tal-karta tal-filtru. Flieli rqaq ittieħdu mill -top, nofs, u qiegħta 'kull zokk, imħallat sewwa, u mqiegħed fi kunjetti krijoġeniċi. Il-kampjuni kienuIffriżat malajr fin-nitroġenu likwidugħal2 sigħatqabel ma jiġi trasferit għal-80 Grad Freezergħall-ħażna [7].

1.2 Metodi Esperimentali

1.2.1 Stabbiliment ta 'kurva standard u determinazzjoni tal-kontenut tal-polisakkaridi

A 10 mgKampjun ta 'Standard D-glukożjuġie miżun preċiż u maħlul fiFlask volumetriku ta '100 mlb'ilma distillat biex tipprepara a100 ug · soluzzjoni tal-istokk ml⁻¹- Soluzzjonijiet ta 'kalibrazzjoni ta'{{{0}}. 2, 0. 4, 0. 6, {{0. 7, {0. 8, u 0.9 mltas-soluzzjoni tal-istokk ġew trasferiti fi10 ml tubi tat-test, dilwit bl-ilma għal1. 0 ml, u mbagħad imħallat ma '1. 0 ml ta '6% soluzzjoni tal-fenolu5 ml ta 'aċidu sulfuriku kkonċentrat- Wara l-vortexing, is-soluzzjonijiet ġew imsaħħna f'banju tal-ilma jagħli għal20 minuta, imbagħad imkessaħ f'banju bl-ilma tas-silġ għal10 minuti. A Kontroll vojtġie ppreparat bl-użu1. 0 ml ta 'ilma distillatminflok is-soluzzjoni tal-glukosju. L-assorbenza ġiet imkejla fi482 nmUża aSpettrofotometru UV-Vis, u akurva standardġie ġġenerat bikonċentrazzjoni (x) bħala l-assi orizzontaliuassorbenza (y) bħala l-assi vertikali.

Wara approċċ modifikat minnLi Jie et al. [8], 0. 2 g ta 'niexefCistanchetrabkien jintiżen b'mod preċiż u mqiegħed ġo20 ml tubu tat-test b’taqtu. 10 ml ta '80% etanolġiet miżjuda, u t-taħlita kienet soġġetta għalihaEstrazzjoni ultrasonika fi 80 grad (100 W, 40 kHz) għal 30 minuta- L-estratt ġie ffiltrat waqt li jkun sħun u l-proċedura ġiet ripetuta darba. Wara li tnixxef il-fdal,10 ml ta 'ilma distillatġiet miżjuda, u l-estrazzjoni ultrasonika ġiet ripetuta darbtejn. Il-filtrati ġew ikkombinati u dilwiti għal20 mlb'ilma distillat.1. 0 ml ta 'din is-soluzzjoniġie dilwit aktar biex10 mlb'ilma distillat.

A 1. 0 ml aliquottal-preparatCistancheSoluzzjoni tal-kampjun ġiet analizzata bl-użu tal-istess proċedura bħall-istandard tal-glukosju. L-assorbenza fi482 nmġie mkejjel, u l-kontenut ta 'polisakkaridi ta'CistancheMinn pjanti ospitanti differenti ġie kkalkulat.

1.2.2 Estrazzjoni tal-RNA, kostruzzjoni tal-librerija cDNA, u sekwenzar

L-RNA totali ġie estratt minnCistanche DesertIcolakampjuni parassitizzantiHaloxylon AmmodendronuAtriplex canescensbilli tuża l-Tiangen DP441 RNA Kit (iċ-Ċina), wara l-Protokoll tar-Reaġent Trizol- Il-purità tal-RNA ġiet ivvalutata b'aNanodrop 2000 Spectrophotometer (Thermo Scientific, USA), filwaqt li l-konċentrazzjoni u l-integrità tal-RNA ġew evalwati bl-użu ta 'Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, USA).

Il - libreriji tat-traskrizzjoni ġew mibnija bl - użuKit tal-preparazzjoni tal-librerija V6 V6 RNA-seq V6 V6 V6- Wara kontroll tal-kwalità mal -Agilent 2100 Bioanalyzer, il - libreriji ġew sekwenzjati fuqPjattaforma Illumina Novaseq 6000, li tiġġeneraQari ta '150 bp paired-end.

1.3 Analiżi tad-Dejta

1.3.1 Assemblea tat-Traskrizzjoni u Annotazzjoni Funzjonali

Raw jaqra ġewwaFormat Fastqġew ipproċessati bl-użuTrimmomatikubiex tneħħiPloy-n jaqra u jaqra ta 'kwalità baxxa, li tirriżulta f 'Nadif jaqra- Sekwenzi ta 'adapter u reġjuni ta' kwalità baxxa tneħħew, u l-qari nadif ġew immuntatikontigs(tikketti tas-sekwenza espressi) billi tużaSoftware Trinity- L-itwal traskrizzjoni minn kull cluster intgħażlet bħalaUnigenegħal aktar analiżi.

L-annotazzjoni funzjonali ta 'l - unigenes twettqet billi tqabbelhom kontraNCBI Database tal-Proteina Mhux Redundanti (NR), Swiss-Prot, u l-ġenealoġija evoluzzjonarja tal-ġeni: Gruppi Ortoloġiċi mhux Superviżjati (EGGNOG)UżaSoftware Diamond (E-Value <1E -5). Gruppi ortologi ewkarjotiċi (KOG) Annotazzjonitwettqet biex tidentifika ġeni omologi. Barra minn hekk, l-unigenes ġew immappjatiKyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Pathwaysgħall-annotazzjoni tal-mogħdija metabolika.Klassifikazzjoni tal-Gene Ontology (GO) u annotazzjoni funzjonalitwettqu bl-użu ta 'mappings mid-database Svizzera-Prot.

1.3.2 Analiżi tal-espressjoni tal-ġene u identifikazzjoni ta 'unigenes espressi b'mod differenti (DEGs)

Il-livelli ta 'espressjoni tal-ġeni ġew ikkwantifikati bl-użu ta'Bowtie2Biex tallinja l-qari nadif ma 'Unigenes. Il-valuri tal-espressjoni ġew ikkalkulati bħalaFragmenti għal kull kilobase ta 'traskrizzjoni għal kull miljun qari mapep (FPKM)Użasoftwer espress- Analiżi tal-espressjoni differenzjali saret bl-użuSoftwer DESEQ2, biTestijiet ta 'distribuzzjoni binomjali negattiva (NB)Użat għall-ittestjar tas-sinifikat. Ġeni espressi b'mod differenti (DEGs) ġew definiti bħala dawk biQ-Value <0. 05uFold Change (FC)> 2.

1.3.3 Validazzjoni QRT-PCR ta 'ġeni espressi b'mod differenti

Ġeni ewlenin tal-enzimi involuti fiBijosintesi tal-polysaccharidema 'Espressjoni differenzjali sinifikantiintgħażlu għalValidazzjoni kwantitattiva ta 'PCR f'ħin reali (QRT-PCR)- Il-kampjuni tal-RNA ġew ikkontrollati mill-kwalità, u l-valuri OD ġew imkejla qabel it-traskrizzjoni b'lura. Is-sinteżi tas-cDNA saret bl - użuTransscript All-in-One-First-Strand CDNA Synthesis SuperMix Għal Kit QPCR- Is-cDNA sintetizzata ġiet dilwita10- darbiet, u QRT-PCR tmexxiet bl-użu ta 'Sistema QPCR fluworexxentitaħt kundizzjonijiet differenti ta 'ċikliżmu.ACTB (beta-actin) intuża bħala ġene ta 'referenza interna, u l - livelli ta 'espressjoni tal-ġene relattivi ġew ikkalkulati bl - użuMetodu 2⁻ΔΔCT.

 

Tabella 1 Sekwenzi tal-Primer

ID tal-ġene	Isem tal-ġene	Quddiem primer (5 '-3')	Reverse primer (5 '-3')
Trinity _ dn 21412_ c 0_ g 1_ i {1_2}}	GMPP	GatagtggctacaacatcCactt	CCTCCTCTTCGTCGTAGGATTC
Trinity _ dn 30174_ c 0_ g 1_ i {17_2}}	PFP	Tatgggaccatggaaccaa	Gaccataggccgtgatcgatc
Trinity _ dn 25715_ c 0_ g 2_ i {4_1}}	Ugdh	Aaagatcttccagttcgtaagc	ACCAATTCGTTGATGCTACC
Trinity _ dn 28766_ c 1_ g 1_ i {6_1}}	LACZ	GTCTCCTTGTTATTCGTGAGAT	GTCGATGGTGGTGAAGCAGAT
Trinity _ dn 24102_ c 0_ g 6_ i {1_1}}	saca	Ttacgaggatagtgaggtgta	Aatggaagatgaggttga
Trinity _ dn 21508_ c 1_ g 2_ i {4_2}}	LACZ	GGCACAGTCAAGGAGTACGATG	Cactggcatcgacgaggaaag
-	Actb	CaatggatgatAtcgccgcgt	Cactggcatcgacgaggaaag

 

 

1.4 Analiżi tad-Dejta

Analiżi ġerarkika ta 'raggruppament ta'ġeni espressi b'mod differenti (DEGs)twettqet bl-użuR (v3.2.0)biex tara xejriet ta 'espressjoni tal-ġeni bejn gruppi u kampjuni. Mur (Gene Ontology) Analiżi tal-Arrikkiment uKEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Analiżi tal-Arrikkiment tal-Pathwaytmexxew bl-użuR, ibbażat fuqDistribuzzjoni ipergeometrika- It-termini funzjonali arrikkiti b'mod sinifikanti ġew murija bl-użucharts tal-bar, biċċiet tal-bżieżaq, u biċċiet taċ-ċirku ta 'arrikkiment.

2 Riżultati u Analiżi

2.1 Riżultati tad-Determinazzjoni tal-Kontenut tal-Polisakkarid

L-ekwazzjoni ta 'rigressjoni lineari miksuba mill-kejl ta' assorbenza kienet:

y {{{0}}. 0 154x - 0.1636 (r {2=0. 9963) y {{= 0. 0154x - 0. 1636 \ Quad (R ^ 2=0. 9963) y =0. 0154x - 0.1636 (r {2=0}. 9963)

b'firxa lineari ta '20–90 ug · ml⁻¹- Il-preċiżjoni, ir-ripetibbiltà, l-istabbiltà, u r-rata ta 'rkupru tal-kampjun kienu{{0}}. 38%, 0. 86%, 0.53%, u 99.67%, rispettivament.

Il-mkejlaWerrej tal-polisakkaridifiCistanche DesertIcolaKampjuni minn pjanti ospitanti differenti kienu:

Haloxylon-Cistanche: 6.51%

Atriplex-Cistanche: 11.83%

2.2 Sekwenzar tat-Traskrizzjoni u Assemblea tad-Dejta

Sekwenzar tat-traskrizzjoni ta 'sitt kampjuniiġġenera total ta '41.77 g ta 'dejta nadifa- Id-dejta valida għal kull kampjun varja minn6.89 g sa 7.04 g, biPerċentwali bażi Q30 bejn 95.38% u 95.91%, u anKontenut medju tal-GC ta '45 .13%.

Total ta '61,423 Unigenesġew immuntati, b'tul totali ta '65,962,858 bpu antul medju ta '1,073.91 bp.

2.3 Annotazzjoni funzjonali tal-ġene

Total ta '61,423 Unigenesinkisbu mis-sekwenzar ta 'Cistanche DesertIcolaKampjuni parassitizzaw żewġ pjanti ospitanti differenti. Ir-riżultati tal-annotazzjoni huma kif ġej:

30,689 Unigenes (49.96%)ġew annotati fil -Database tal-proteina NR (mhux Redundant).

18,698 Unigenes (30.44%)ġew annotati fil -Database Swiss-Prot.

3,998 Unigenes (6.51%)ġew annotati fil -Database Kegg.

17,188 Unigenes (27.98%)ġew annotati fil -Database KOG (Gruppi Ortologi Eukarjotiċi).

25,280 Unigenes (41.16%)ġew annotati fil -eggnog (ġenealoġija evoluzzjonarja tal-ġeni: gruppi ortologi mhux sorveljati) database.

16,210 Unigenes (26.39%)ġew annotati fil -Database GO (Gene Ontology).

16,153 Unigenes (26.30%)ġew annotati fil -Database PFAM (Protein Familji).

Fost dawn,21,650 Unigeneskienu itwal minn1 kb.

Analiżi tal-omoloġija bbażata fuqDatabase NRżvela li l-aqwa tliet speċi l-iktar relatati mill-qrib kienu:

Paulownia Fortunei (30.23%)

Phtheirospermum japonicum (14.15%)

Chenopodium quinoa (7.1%)

 

 

Tabella 2 Informazzjoni dwar l-Annotazzjoni ta 'Cistanche DesertIcolaFunzjoni tal-ġeni

Database	Numru tal-ġene tal-annotazzjoni	Proporzjon (%)
Nr	30,689	49.96
Swiss-Prot	18,698	30.44
Kegg	3,998	6.51
Kog	17,188	27.98
eggnog	25,280	41.16
Mur	16,210	26.39

 

 

2.4 Mur u Kegg Annotazzjoni u Klassifikazzjoni Funzjonali

IlDatabase GO (Gene Ontology)intuża biex tkompli tinnotifika l - unigenes identifikati fil -Database NR, li tirriżulta f'total ta '16,210 Unigenes- Dawn l-unigenes ġew ikklassifikati fiTliet gruppi funzjonali ewlenin:

Proċess Bijoloġiku (BP)

Funzjoni molekulari (MF)

Komponent Ċellulari (CC)

Fil-Kategorija tal-Proċess Bijoloġiku (BP), l-aktar raggruppamenti ta 'Unigene abbundanti kienu:

"Proċess Ċellulari" (11,023 Unigenes)

"Proċess metaboliku" (9,117 Unigenes)

Għall-Kategorija ta 'Komponent Ċellulari (CC), 17 subkategorijiġew identifikati, b'kull subkategorija fiha mill-inqas30 Unigenes- L-akbar raggruppamenti kienu:

"Ċellula" (13,947 Unigenes)

"Parti taċ-Ċellula" (13,918 Unigenes)

Fil-Kategorija tal-Funzjoni Molekulari (MF), l-iktar gruppi funzjonali arrikkiti kienu:

"Vinkolanti" (10,039 Unigenes)

"Attività katalitika" (8,490 Unigenes)

Fig.2 Mur Annotazzjoni Funzjonali u Klassifikazzjoni ta 'Unigenes

 

KEGG Annotazzjoni u klassifikazzjoni funzjonali

MatulSekwenzar tat-traskrizzjoni, total ta '3,998 Unigenesġew annotati fil -KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Database- Dawn l-unigenes ġew ikklassifikati fisitt kategoriji primarji, bl-għadd u l-proporzjonijiet unigene rispettivi tagħhom kif ġej:

Proċessi ċellulari: 326 Unigenes (8.15%)

Ipproċessar ta 'informazzjoni ambjentali: 299 Unigenes (7.47%)

Ipproċessar ta 'informazzjoni ġenetika: 1,771 Unigenes (44.30%)

Mard tal-bniedem: 14 Unigenes (0.35%)

Metaboliżmu: 1,465 Unigenes (36.64%)

Sistemi organiżmali: 123 Unigenes (3.07%)

Dawn is-sitt kategoriji primarji ġew maqsuma aktar fi20 livelli ta 'klassifikazzjoni sekondarja- Fost dawn,Ipproċessar ta 'informazzjoni ġenetikakellu l-ogħla proporzjon, segwit minnMetaboliżmu- Fi ħdanMetaboliżmukategorija, l-iktar mogħdijiet abbundanti kienu:

Metaboliżmu tal-karboidrati

Metaboliżmu ta 'aċidu xaħmi

Metaboliżmu Flavonoid

Fig.3 KEGG Pathway Metabolic Annotazzjoni ta 'Unigenes

 

2.5 Espressjoni tal-ġene differenzjali u analiżi ta 'arrikkiment ta'Cistanche DesertIcolaminn ospiti differenti

Id-dejta dwar is-sekwenzar tat-traskrizzjoni ġiet iffiltrata bl-użu tal -Kriterji ta 'Għażla ta' Espressjoni Differenzjali Default, li tirriżulta fl - identifikazzjoni ta '14,089 ġeni espressi b'mod differenti (DEGs):

6,576 ġeni ġew regolati

7,513 ġeni ġew irregolati

A plott tal-vulkanġie ġġenerat biex tara d-distribuzzjoni ġenerali tad-DEGs.

Fil-Top 30 GO Klassifikazzjonijiet Funzjonali tal-ArrikkimentTa 'Degs, ġie osservat li:

Meta mqabbel ma 'Proċess Bijoloġiku (BP)uKomponent Ċellulari (CC)kategoriji,Funzjoni molekulari (MF)wera arrikkiment ta 'DEG aktar sinifikanti.

L-iktar DEGs arrikkiti l-aktar kienu assoċjati magħhomMetaboliżmu tal-aċidu nuklejiku, metaboliżmu tal-proteini, u enzimi ewlenin fil-metaboliżmu tal-galactose.

Barra minn hekk, id-DEGs kienu arrikkiti b'mod sinifikantiGO Termini relatati mal-metaboliżmu tal-polisakkaridi, inkluż:

Proċess metaboliku tal-lamtu

Proċess bijosintetiku tal-glycogen

Proċess kataboliku tas-sukrożju

Attività ta 'glukosidase

Attività UDP-L-Rhamnose synthase

Attività ta 'hydrolase tal-polysaccharide

Fig.4 Mappa vulkanika ta 'ġeni espressi b'mod differenti

 

Analiżi tal-arrikkiment tal-mogħdija KEGG tad-DEGs fiCistanche DesertIcolaminn ospiti differenti

Biex tkompli tinvestiga l-ġeni espressi b'mod differenti (DEGs)fiCistanche DesertIcolaminn pjanti ospitanti differenti,Analiżi tal-Arrikkiment tal-Pathway Keggtwettqet. L-analiżi wriet li:

DEGs ġew immappjati għal 117-il mogħdija metabolika.

IlL-aqwa 20 mogħdijietweraarrikkiment ta 'DEG sinifikanti, bl-aktar mogħdijiet arrikkiti inklużi:

Metaboliżmu ta 'aċidu xaħmi

Metaboliżmu tal-aċidu linoleniku

Metaboliżmu Galactose

Degradazzjoni tal-lisina

Analiżi ta 'arrikkiment ulterjuri tal -L-aqwa 20 kategoriji metaboliċi bl-iżgħar valuri Qindikaw li d-DEGs kienu arrikkiti b'mod sinifikanti f ':

Sistemi organiżmali

Metaboliżmu

Ipproċessar ta 'informazzjoni ġenetika

Fost dawn il-kategoriji,"Metaboliżmu"Kellha l-ogħla numru ta 'DEGs arrikkiti u wera l-aktar arrikkiment sinifikanti. Barra minn hekk, fil - mogħdijiet metaboliċi arrikkiti,Proporzjon ta 'unigenes regolati u rregolati kien kważi ugwali.

Dawn is-sejbiet jissuġġerixxu liIl-mogħdijiet metaboliċi għandhom rwol kruċjalifl-espressjoni tal-ġene differenzjali ta 'Cistanche DesertIcolaminn pjanti ospitanti differenti, partikolarmentLipidi, karboidrati, u metaboliżmu ta 'aċidu amminiku.