Ir-Riċerka Fuq Speċi Cistanche

Najibeh Ataeia,b, Gerald M. Schneeweissc,⁎, Miguel Angel Garcíad,e,1, Michael Kruger, Marcus Lehnerta, Jafar Valizadehf, Dietmar Quandta,⁎

a Istitut Nees għall-Bijodiversità tal-Pjanti, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Meckenheimer Allee 170, 53115 Bonn, il-Ġermanja

b Direttorat Ġenerali għall-Istitut tar-Riċerka Agrikola tal-Afganistan (ARIA), Ministeru tal-Agrikoltura, Irrigazzjoni u Bhejjem, Badam Bagh, Kabul, Afganistan

c Dipartiment tal-Botanika u r-Riċerka dwar il-Bijodiversità, Università ta’ Vjenna, Rennweg 14, A-1030 Vjenna, l-Awstrija

d Dipartiment tal-Bijoloġija, l-Università ta’ Toronto f’Mississauga, 3359 Mississauga, il-Kanada

e Real Jardín Botánico, CSIC, Plaza de Murillo 2, 28014 Madrid, Spanja f Dipartiment tal-Bijoloġija, Università ta' Sistan u Baluchistan, Zahedan, Iran

Kuntatt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Astratt

Ir-relazzjonijiet filoġenetiċi ta 'u fi ħdan inselijiet parassitiċi mhux fotosintetiċi huma notorjament magħrufa ħażin, li jaffettwa b'mod negattiv il-fehim tagħna tal-pjanti parassitiċi. Dan huwa wkoll il-każ għalCistanche(Orobanchaceae), ġeneru tad-Dinja l-Qadima b'madwar żewġ tużżani speċi, li r-relazzjonijiet tagħhom għadhom ma ġewx indirizzati bl-użu ta 'approċċi filoġenetiċi molekulari. Hawnhekk niddeduċu relazzjonijiet filoġenetiċi fi ħdan il-ġeneru, billi nużaw kampjuni tassonomikament u ġeografikament wiesa 'li jkopru l-gruppi infraġeneriċi kollha distinti qabel u l-biċċa l-kbira tal-ispeċijiet rikonoxxuti bħalissa. Matriċi magħquda ta’ tliet markaturi tal-plastidi (trnL-trnF, inkluż l-intron trnL u l-ispazjar interġeniku (IGS), trnS-trnfM IGS, u psbA-trnH IGS) u markatur nukleari wieħed (ITS) ġiet analizzata bl-użu ta’ parsimonija massima, probabbiltà massima , u l-inferenza Bayesjana.Cistanchejaqa 'f'erba' kladi appoġġjati tajjeb u ġeografikament differenzjati: Clade tal-Lvant tal-Asja, Clade tal-Afrika tal-Majjistral, Clade tal-Lbiċ tal-Asja, u Clade mifruxa. Minn dawn, il-Clade tal-Lvant tal-Asja biss jikkorrispondi għal sezzjoni tassonomika rikonoxxuta qabel, filwaqt li l-oħrajn jew fihom membri ta’ żewġ jew tliet sezzjonijiet (Widespread Clade u Southwest Asian Clade, rispettivament) jew ma ġewx rikonoxxuti tassonomikament s’issa (Northwest African Clade) . Billi l-Clade tal-Lbiċ tal-Asja juri struttura filoġenetika qawwija fost u parzjalment fi ħdan l-ispeċi (il-Clade tal-Asja tal-Lvant u l-Clade tal-Afrika tal-Majjistral huma monospeċifiċi), ir-riżoluzzjoni filoġenetika fi ħdan il-Clade Mifruxa ħafna drabi hija baxxa u mfixkla minn diskrepanzi bejn markaturi nukleari u plastidiċi. Kemm id-dejta molekulari kif ukoll dik morfoloġika tindika li d-diversità tal-ispeċi f'Cistanche bħalissa hija sottovalutata.

Kliem ewlieni:CistancheOspitanti, Orobanchaceae, Parassiti, Filoġenija, Sistematika, Tassonomija

Cistanche herba Estratt Trab minn Chengdu Wecistanche

1. Introduzzjoni

L-Orobanchaceae huma sistema mudell eċċellenti għall-istudju tal-evoluzzjoni tal-parassitiżmu fil-pjanti u l-modifikazzjonijiet fenotipiċi u ġenetiċi sottostanti (Westwood et al., 2010, Wickett et al., 2011). Huma wkoll eżempju ta 'kif id-dejta molekulari tejbet b'suċċess il-fehim tagħna tar-relazzjonijiet filoġenetiċi. Ibbażat fuq studji molekulari, iċ-ċirkoskrizzjoni tal-familja nbidlet b'mod konsiderevoli u r-relazzjonijiet interġeneriċi ġew modifikati (Wolfe et al., 2005; Bennett and Mathews, 2006; Park et al., 2008; McNeal et al., 2013; Fu et al., 2017; Li et al., 2019). L-aktar analiżi filoġenetika wiesgħa u komprensiva tal-Orobanchaceae sal-lum hija minn McNeal et al. (2013), li uża sett ta 'dejta magħquda ta' ħames markaturi (nukleari: ITS, PHYA, PHYB; plastid: matK u rps2) li jinkludi aktar minn 50 ġeneri tal-familja. Minkejja dan il-progress, ħafna ġeneri ma ġewx inklużi fi studji molekulari u għadhom mhux imqiegħda (Schneeweiss, 2013). Barra minn hekk, ir-relazzjonijiet filoġenetiċi fi ħdan il-ġeneri, speċjalment fi gruppi parassitiċi mhux fotosintetiċi tassonomikament diffiċli, jibqgħu esplorati ħażin.

Grupp li jeħtieġ investigazzjoni filoġenetika aktar bir-reqqa huwa l-ġeneru tal-għeruq-parassiti mhux fotosintetiċiCistanche. Huwa oġġett potenzjalment ta’ sodisfazzjon għall-istudju tal-evoluzzjoni ta’ ġenomi kbar (kromożomi ħafna akbar u daqs tal-ġenoma korrispondenti ħafna akbar milli f’nisel relatati mill-qrib: Schneeweiss et al., 2004b; Weiss-Schneeweiss et al., 2006; Wicke, 2013), evoluzzjoni riduttiva tal-ġenomi tal-plastid (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016; Liu et al., 2020), jew diversità tal-ispeċi u bijoġeografija f'reġjuni aridi, iżda kwalunkwe minn dawn il-mezzi ta' riċerka bħalissa huwa mxekkel minn foqra fehim tar-relazzjonijiet tal-ispeċi minħabba n-nuqqas ta 'dejta filoġenetika bir-reqqa. Il-ftit studji li jinkludu Cistanche jiffokaw fuq l-evoluzzjoni tal-ġenoma tal-plastid (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016) jew ir-relazzjonijiet tal-ispeċijiet użati fil-mediċina tradizzjonali Ċiniża (Tomari et al., 2002, 2003). Han et al., 2010; Sun et al., 2012; Zheng et al., 2014), u huma tassonomikament ristretti ħafna. Bl-istess mod, studji filoġenetiċi diretti fil-livell tal-familja jew li jiffokaw fuq ġeneri relatati, bħal Orobanche, jinkludu biss rappreżentant wieħed jew ftit tal-Cistanche(Young et al., 1999; Schneeweiss et al., 2004a; Wolfe et al., 2005; Park et al., 2008; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013; Li et al., 2017, 2019). Ir-riżultati tagħhom juru danCistanchehija relatata mill-qrib ma’ ġeneri parassitiċi oħra mhux fotosintetiċi, bħal Orobanche, Phelipanche, Conopholis, jew Epifagus (clade III ta’ McNeal et al., 2013; Orobanche-Phelipanche clade ta’ Schneeweiss, 2013), iżda t-tqegħid fil-filoġenetiku preċiż tiegħu ma kienx regolata bis-sħiħ (Schneeweiss, 2013).

L-aħħar monografija tal-ġeneru kollu hija ta’ Beck-Mannagetta (1930). Ibbażat fuq il-forma tal-kaliċi u n-numru tal-bracteole, huwa ddistingwi erba 'taqsimiet: (i) C. sect.Cistanchellabl-ispeċi waħda C. ridgewayana; (ii) C. sect. Sustanza bl-ispeċi waħdaCistancheSinensis; (iii) C. sect. Heterocalyx, bi tliet speċi (C. fissa, C. ambigua, u C. rosea); (iv) C. sect.Cistanche(nomenklaturali ssemmiet ħażin sect. Eucistanche minn Beck Mannagetta, 1930) fih it-12-il speċi li jifdal. Trattamenti tassonomiċi aktar tard, ġeneralment fil-kuntest tal-flori nazzjonali, iżidu ftit speċi ġodda u jimmodifikaw parzjalment ċirkonskrizzjonijiet ta’ speċi ta’ spiss morfoloġikament varjabbli u għalhekk tassonomikament kumplessi diġà rikonoxxuti minn BeckMannagetta (1930) sabiex bħalissa madwar 26 speċi huma aċċettati (The Plant List, http://www.theplantlist.org, evalwat fis-6. Diċembru 2017). Il-ġeneru huwa mqassam b'mod wiesa 'f'reġjuni niexfa tad-Dinja l-Qadima mill-gżejjer Makaroneżjani u l-Afrika tal-Punent sal-Asja ċentrali u tal-Lvant, biċ-ċentru tal-ogħla diversità tal-ispeċi fil-Lbiċ tal-Asja u l-Lvant Nofsani (Beck-Mannagetta, 1930). Bħal ġeneri oħra mhux fotosintetiċi ta’ Orobanchaceae, Cistanche hija kkaratterizzata minn tnaqqis morfoloġiku, speċjalment ta’ karattri veġetattivi (Rodrigues et al., 2011; Schneeweiss, 2013), sabiex il-biċċa l-kbira tal-karattri dijanjostiċi huma mill-fjoritura u l-fjuri (forma u indumentum ta’ fjuri bracts u bracteoles, struttura u indumentum tal-kaliċi, kulur tal-fjura, forma u indumentum tal-antera), li wħud minnhom huma ppreservati ħażin fuq kampjuni tal-erbarju. Nuqqas ta' trattament tassonomiku komprensiv li jkopri l-ispeċijiet kollha rikonoxxuti bħalissa, rappreżentazzjoni fqira f'kollezzjonijiet speċjalment minn żoni inqas esplorati, u skarsezza ta' karattri morfoloġiċi tassonomikament utli jikkontribwixxu għat-tassonomija mhux magħrufa biżżejjed u mhux konsolidata ta'Cistanchespeċi.

F'dan l-istudju, aħna nistabbilixxu relazzjonijiet filoġenetiċi fi ħdanCistanchebħala bażi għal sistema tassonomika filoġenetikament tbassir. Għal dan il-għan, aħna niġbru dejta tas-sekwenza minn markaturi tal-plastidi li jevolvu malajr u stabbiliti sew kif ukoll sekwenzi nukleari tal-ITS minn kampjunar tassonomikament u ġeografikament komprensiv u nanalizzaw dawk li jużaw il-parsimonja massima, il-probabbiltà massima u l-metodi Bayesiani. Speċifikament, irridu (i) nittestjaw ipoteżijiet ta' relazzjonijiet implikati mill-klassifikazzjoni ta' Beck-Mannagetta (1930), jiġifieri jekk it-taqsimiet tiegħu jikkostitwixxux gruppi monofiletiċi, u (ii) nittestjaw jekk speċi morfoloġikament u tassonomikament kumplessi bħal C. phelypaea u C. tubulosa jiffurmaw gruppi naturali.

2. Materjali u metodi

2.1. Materjal tal-pjanti

Ġew inklużi mija u disgħa u tmenin kampjun (miġbur ġdid, materjal tal-erbarju jew sekwenzi minn GenBank), li jikkorrispondu għal 17 identifikati qabelCistanchespeċi flimkien ma' seba' taxa ta' barra (adeżjoni waħda ta' Conopholis Americana, Phelipanche cf. Iberica, żewġ adeżjonijiet ta' Orobanche cernua, waħda kull waħda ta' O. anatolica, O. densiflora u O. Transcaucasia). Teħid ta’ kampjuni ta’Cistancheimmirat għal kopertura ġeografika wiesgħa għal kull speċi fil-ġeneru. L-identifikazzjoni tal-ispeċi kienet ibbażata fuq it-tassonomija użata fit-trattamenti monografiċi u fil-flori (Beck Mannagetta, 1930; Zhang u Tzvelev, 1998), li tiddenomina tipi morfoloġikament li jiddevjaw bħala speċi affinis ("isem aff. speċi") jew, fejn id-deskrizzjoni ta 'speċi ġdida is-sottospeċi huwa antiċipat (trattament tassonomika tal-ġeneru kollu qed jitħejja), bħala "subsp. nov."; għal kampjuni minn GenBank, li għalihom ma stajniex niċċekkjaw il-vawċers tal-erbarju, inżammet id-denominazzjoni tassonomika użata mill-awturi oriġinali. It-taxa tal-gruppi barra ntgħażlu skont l-għarfien attwali tagħna dwar ir-relazzjonijiet fi ħdan Orobanchaceae (Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013). Informazzjoni dwar il-lokalità u l-vawċers inklużi n-numri ta' adeżjoni tal-GenBank huma mogħtija fit-Tabella Supplimentari S1.

2.2. Iżolament u sekwenzar tad-DNA

L-estrazzjoni tad-DNA ġenomika minn tessut corolla imnixxef bil-ġel tas-silika miġbura segwiet il-protokoll CTAB (Doyle u Doyle, 1987). Il-maġġoranza tal-materjal tal-erbarju ġie iżolat jew bl-użu tal-Mini Kit tal-Pjanti DNeasy (Qiagen, Hilden, il-Ġermanja) jew in-NucleoSpin Plant II (Macherey-Nagel, Düren, il-Ġermanja). Madwar 50 mg ta 'materjal imnixxef ġew omoġenizzati bl-użu ta' mitħna mixer (Retsch MM200, Haan, il-Ġermanja) f'30 Hz għal 3 min segwiti minn inkubazzjoni f'buffer ta 'estrazzjoni 700 ul għal mill-inqas siegħa f'65 grad. Minn hemm 'il quddiem, intużaw il-protokoll CTAB jew il-protokolli fornuti mill-manifatturi tal-kit.

Id-DNA ġenomika nħażen f'-80 grad u ntużaw dilwizzjonijiet għal amplifikazzjoni aktar tard. Tliet markaturi tal-plastid (trnL-F, inklużi t-trnL intron u l-intergenic spacer (IGS), trnS-FM IGS u psbA-trnH IGS), li jinsabu fir-reġjun kbir ta’ kopja waħda (LSC) tal-ġenoma tal-plastid, u n-nukleari spacers traskritti interni (ITS1 u ITS2 flimkien mal-ġene 5.8S rDNA li jintervjeni) ġew magħżula għal inferenzi filoġenetiċi. Il-markaturi tal-plastid intwerew ripetutament li huma adattati tajjeb għal studji filoġenetiċi fil-livell tal-ispeċi (Borsch u Quandt, 2009). Barra minn hekk, psbA-trnH diġà ntuża għall-barcode tad-DNA taċ-ĊiniżCistanchetaxa (Han et al., 2010; Sun et al., 2012; Zheng et al., 2014). Ir-reġjun nukleari tal-ITS intgħażel bħala markatur nukleari teknikament faċli li minkejja diversi problemi potenzjali (Álvarez u Wendel, 2003) ġie applikat b'suċċess f'bosta studji filoġenetiċi b'fokus fuq ir-relazzjonijiet tal-ispeċi (Baldwin et al., 1995; Álvarez u Wendel). , 2003; Bailey et al., 2003) inklużi Orobanche u ġeneri relatati (eż., Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013). Barra minn hekk, l-ITS2 intuża wkoll għall-barcode tad-DNACistanche(Han et al., 201{0; Sun et al., 2{012; Zheng et al., 2{014; Wang et al., 2018). Ir-reġjun trnL-F ġie amplifikat bl-użu tal-primers C u F (Taberlet et al. 1991). F'xi każijiet, bħal għal materjal antik u allegatament degradat, ir-reġjun ġie amplifikat f'żewġ frammenti separati, jiġifieri bl-użu tal-par primer C u D (Taberlet et al., 1991) u primer par trnL460F (Worberg et al., 2007) u F (Taberlet et al., 1991), rispettivament. It-trnS-trnfM IGS ġie amplifikat bl-użu ta' trnS(UAG)-pF1 (5′- ACTATACCGGTTTTCAAGGCCG-3′) u trnfM(CAU)-pR1 (5′-TAG AGC AGTTTGGTAGCTCGCA-3′; S. Wicke , Münster, pers. comm.), il-psbAtrnH IGS bl-użu tal-primers ta 'Kress et al. (2005). Il-profil tal-PCR għall-markers tal-plastid inkluda pass inizjali ta' denaturazzjoni ta' 5 min f'94 grad, segwit minn 30 ċiklu kull wieħed b'1 min f'94 grad, 1 min f'55 grad, 90 s f'72 grad, u pass finali ta' elongazzjoni ta' 7 min fi 72 grad. Ir-reġjun ITS ġie amplifikat bl-użu tal-primers ITS4 u ITS5 (White et al., 1990) bi profil ta 'amplifikazzjoni ta' 5 min f'94 grad segwit minn 40 ċiklu kull wieħed b'1 min f'94 grad, 1 min fi 48 grad b'ħin- inkrement ta 'plus 4 s għal kull ċiklu, 45 s fi 68 grad, u pass ta' estensjoni finali ta '7 min fi 68 grad. PCRs li ma rnexxewx ġew ripetuti bl-użu ta' primers interni 5.8S106-R (5′- AGGCGCA ACTTGCGTTCAAA -3′) u 5.8S32-F (5′-GCATCGATGAAGAACGT AGC-3′); D. l. Nickrent, Southern Illinois University, USA, pers. comm.) flimkien mal-primers esterni rispettivi ITS5 u ITS4. Ir-reazzjonijiet tal-PCR saru f'volum ta' 25 ul u kienu jinkludu 1.5 UGoTaq Flexi DNA polymerase (Promega, Madison, USA), 0-0.2 M betaine monohydrate, 0.4 µM ta' kull primer forward u reverse, 0.15 mM dNTPs (Carl Roth, Karlsruhe, Ġermanja), 1 mM MgCl2 f'1xGoTaq Flexi buffer, 1 ul DNA ġenomika ta 'konċentrazzjoni mhux magħrufa, u ilma. Għal xi materjal erbarju degradat ħafna Ready-To-Go PCRBeads (Amersham-Pharmacia Biotech, Amersham, UK) intużaw wara l-istruzzjonijiet tal-manifattur. Kif komunement meħtieġ għal iżolati tad-DNA ta 'materjal erbarju, addittivi PCR bħal 1 ul PVP-40(10–40 fil-mija) u/jew 5 ul soluzzjoni ta' tisħiħ P (5×; PeqLab, Erlangen, il-Ġermanja) ġew miżjuda ma ' ir-reazzjonijiet għad-detriment tal-ilma. Il-prodotti ta 'amplifikazzjoni ġew ippurifikati bil-ġel fuq ġel agarose ta' 1 fil-mija bl-użu tal-kit ta 'purifikazzjoni tal-PCR PeqLab (Peqlab) jew il-kit ta' purifikazzjoni tal-PCR ta 'malajr (Qiagen). Għal prodotti tal-ITS-PCR nested ta '< 300="" bp="" (amplifikazzjoni="" minn="" materjal="" ta'="" erbarju,="" li="" ħafna="" drabi="" huwa="" kkontaminat="" b'fungi),="" intgħażlu="" konċentrazzjoni="" ogħla="" ta="" 'ġel="" (1.4="" fil-mija)="" u="" ħinijiet="" ta'="" tħaddim="" itwal.="" prodotti="" tal-pcr="" imnaddfa="" ġew="" sekwenzati="" minn="" macrogen="" (seoul,="" korea)="" bil-primers="" tal-amplifikazzjoni="" u="" l-primers="" interni="" addizzjonali="" msemmija="" hawn="" fuq,="" fejn="">

cistanche wirkung

2.3. Allinjament tas-sekwenza, kodifikazzjoni indel, u analiżi filoġenetika....

Is-sekwenzi tad-DNA ġew assemblati u allinjati bl-użu ta' PhyDE 0.97 (Müller et al., 2006). Wara Olsson et al. (2009), reġjuni ta 'omoloġija inċerta (hotspots mutazzjonali) ġew annotati fil PhyDE u mneħħija mill-analiżi. L-inverżjonijiet kienu iżolati pożizzjonament fl-allinjament u inklużi bħala reverse-complement kif issuġġerit qabel (Quandt et al., 2003; Borsch and Quandt; 2009). Indels ġew kodifikati bl-użu ta 'kodifikazzjoni indel sempliċi (SIC; Simmons u Ochoterena, 2000) kif implimentati f'SeqState 1.25 (Müller, 2005) u miżjuda bħala partizzjoni tad-dejta addizzjonali. Fil-matriċi tad-dejta kollha, lakuni fis-sekwenza ġew ittrattati bħala dejta nieqsa u l-pożizzjonijiet allinjati ġew ittrattati bħala peżati ugwalment.

Twettqu analiżijiet fuq tliet settijiet ta 'dejta ta' sekwenza li jikkorrispondu għal markaturi ta 'plastid konkatenati, ITS, u dejta magħquda (markaturi ta' plastid u nukleari magħquda), kull wieħed bi jew mingħajr indels, li rriżulta f'total ta 'sitt settijiet ta' dejta jiġu analizzati. Qabel l-analiżi magħquda, settijiet ta 'dejta ta' markatur wieħed ġew skrinjati għal ingruwenzi fost markaturi permezz ta 'analiżi separata ta' kull locus wieħed f'MrBayes bl-użu tas-settings default (dejta mhux murija). Analiżi massima tal-parsimony (MP) tal-matriċi nukleotide konkatenata bil-matriċi indel mehmuża u mingħajrha twettqu f'PAUP* 4. 0b10 (Swofford, 1999) bl-użu tal-parsimony ratchet (Nixon, 1999) permezz tal-fajls tal-kmand ġġenerati minn PRAP2 (Müller, 2004). Intużaw is-settings tar-ratchet li ġejjin: 200 iterazzjoni b'25 fil-mija tal-pożizzjonijiet ponderati b'mod każwali (piż=2) f'kull replika u 10 ċikli ta 'żieda każwali. Analiżi ta' probabbiltà massima (ML) tal-matriċi nukleotide konkatenata

bi u mingħajr il-matriċi indel mehmuża, twettqu bl-użu ta 'RAxML 8 (Stamatakis, 2014) bl-użu tal-mudell GTRCAT. Kemm għall-analiżi MP kif ukoll għall-ML l-appoġġ kien stmat permezz tal-bootstrapping (Felsenstein, 1985) bl-użu ta' 10,000 repliki. Inferenzi Bayesjani (BI), imwettqa fuq is-sitt settijiet tad-dejta kollha (markaturi singoli u konkatenati, bi u mingħajr indels ikkodifikati) saru b'MrBayes 3.2.2 (Huelsenbeck u Ronquist, 2001; Ronquist u Huelsenbeck, 2003) bl-użu tal-GTR plus Γ plus I modella għall-partizzjoni tan-nukleotide (żewġ mudelli mhux marbuta fil-każ tas-sett tad-dejta magħquda) u l-mudell tas-sit ta' restrizzjoni (F81-like; Felsenstein, 1981) għall-partizzjoni indel bi priors default. Sitt ġirjiet b'10 miljun ġenerazzjoni kull wieħed u erba 'ktajjen kull wieħed (ktajjen waħda kiesħa u tliet imsaħħna bl-użu tat-tisħin default) twettqu b'mod parallel, teħid ta' kampjuni kull 1000 ġenerazzjoni. L-ewwel 25 fil-mija ġew mormija bħala burn-in, li kien sew wara li l-ktajjen kienu laħqu stazzjonarità, kif identifikat fi Tracer v.1.7.1 (Rambaut et al., 2018). Is-siġar ġew editjati bl-użu ta’ TreeGraph2 (Stöver u Müller, 2010).

3. Riżultati

Il-karatteristiċi tas-sett sħiħ tad-dejta, fejn ma tneħħew l-ebda pożizzjonijiet, u tas-sett tad-dejta, fejn il-hotspots (għal dettalji dwar dawk ara Tabella Supplimentari S2) tneħħew (repetizzjonijiet ta’ mononukleotidi) jew ireġġgħu lura (inverżjoni assoċjati mal-hairpin), huma mogħtija fit-Tabella 1. Il-biċċa l-kbira tal-indels fis-sett tad-dejta kienu ripetizzjonijiet ta 'frammenti ħdejn xulxin (jiġifieri ripetizzjonijiet ta' sekwenza sempliċi [SSR]), li jvarjaw fit-tul minn 2 sa 20 nukleotide (dejta mhux murija). Barra minn hekk, fl-spacer psbA-trnH, ġiet osservata tħassir ta '1148 bp fil-matriċi allinjata f'C. aff. fissa 2, li tikkorrispondi għal tnaqqis fit-tul tas-sekwenza għal 20 fil-mija tat-tul medju.

Aħna osservajna l-ebda ingruwenzi sinifikanti fost relazzjonijiet filoġenetiċi dedotti minn markaturi ta 'plastid wieħed (dejta mhux murija), iżda bejn markaturi ta' plastid konkatenati u l-markatur nukleari (Figuri Supplimentari S1-S2). Dawn kienu l-aktar misjuba fil-clade inklużi, fost oħrajn, C. phelypaea uCistanchetubulosa (jiġifieri, il-Clade Mifruxa: ara l-paragrafu li jmiss), li kien ikkaratterizzat minn livell baxx ġenerali ta 'diverġenza (ara l-filogramma f'Fig. 1). Ma kien hemm l-ebda diskrepanzi sinifikanti bejn is-siġar dedotti minn settijiet ta' dejta bi jew mingħajr indels ta' kodifikazzjoni; madankollu, l-użu ta 'informazzjoni indel żied ir-riżoluzzjoni topoloġika ġenerali, filwaqt li l-impatt tagħha fuq il-valuri ta' appoġġ kien ambigwu (Fig. 1, Figuri Supplimentari S1-S3).

Is-siġar filoġenetiċi miksuba minn ML u BI bbażati fuq markaturi ta' plastid u nukleari kkombinati, it-tnejn b'indels (punteġġ ta' probabbiltà log ML ta' -21272.719; medja armonika ta' punteġġi ta' probabbiltà log minn BI ta' -21432.751) u mingħajr indels (probabbiltà log ML ta' -21432.751) punteġġ ta '-17135.239;medja armonika ta' punteġġi ta 'probabbiltà log minn BI ta' -17654.075), kienu kongruwenti ħafna u taw siġra solvuta tajjeb (Fig. 1). F'dan li ġej, se niffukaw fuq riżultati mill-analiżi magħquda, billi nirreferu għal analiżi ta 'markatur wieħed (plastid konkatenat versus nukleari) biss f'każ ta' diskrepanzi sinifikanti. L-analiżi magħquda identifikatiCistanchebħala grupp monofiletiku, għalkemm appoġġjat b'mod dgħajjef biss (ML 61/ < 50;="" bi="" 0.77/0.91;="" valuri="" ta'="" appoġġ="" minn="" analiżi="" b'indels="" kodifikati/mingħajr="" indels="" kodifikati).="" fl-analiżi="" mp,="" il-pożizzjoni="" ta="" 'c.="" sinensis="" fir-rigward="" ta'="">Cistanchespeċi u l-outgroup taxa ma ġietx solvuta (Figura Supplimentari S3).Cistanchewaqa 'f'erba' klades ewlenin appoġġjati tajjeb (Fig. 1, Fig. S3 Supplimentari), minn issa 'l quddiem imsejħa Clade tal-Lvant tal-Asja, Clade tal-Lbiċ tal-Asja, Clade tal-Afrika tal-Majjistral u Clade Mifruxa, rispettivament. Il-Clade tal-Asja tal-Lvant, li fih biss C. Sinensis (MP 100/100; ML 100/100; BI1.00/1.00) miċ-Ċina u l-Mongolja, ġie dedott bħala oħt mal-bqija taCistanche(MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00). Il-Lbiċ tal-Asja Clade (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00), li kien jinkludi diversi speċi mil-Lbiċ saċ-ċentru tal-Asja, kien oħt il-clade (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00) inkluż il-Clade Afrikan tal-majjistral u l-Clade Mifruxa. Billi l-Clade tal-Afrika tal-Majjistral (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00) kien fih speċi waħda biss ristretta għall-majjistral tal-Afrika, il-Clade mifrux (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00) inkluża madwar għaxar speċi flimkien li għandhom distribuzzjoni wiesgħa mill-kosti Atlantiku tal-Ewropa u l-Afrika sal-Asja ċentrali.

Fil-Clade tal-Lbiċ tal-Asja, l-istruttura filoġenetika kienet ippronunzjata (Fig. 1, Fig. Supplimentari S3). Klade A (MP 98/100; ML 100/ 100; BI 1.00/1.00) inkluda biss C. ambigua, li waqa' f'żewġ subclades ġeografikament separati, wieħed (MP 79/1{{30}}; ML 75/ < 50;="" bi="" 1.00="">< 50)="" li="" fihom="" esklussivament="" adeżjonijiet="" mill-grigal="" tal-iran,="" it-tieni="" (mp="" 75/51;="" ml="" 82/="">< 50;="" bi="" 1.00/0.="" 51)="" b'xi="" adeżjonijiet="" mit-tramuntana="" tal-iran="" kif="" ukoll="" żewġ="" adeżjonijiet="" mil-lbiċ="" tal-afganistan.="" clade="" a="" kien="" oħt="" (mp="" 70/52;="" ml="" 69/="">< 50;="" bi="" 1.00/0.93)="" għal="" c.="" ridgewayana="" mill-afganistan.="" il-grupp="" oħt="" sussegwenti="" (mp="" 98/="" 99;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" kien="" clade="" b="" (mp="" 62/68="" ml="" 75/79;="" bi="" 0.97/1.00)="" li="" jinkludu="" l-adeżjonijiet="" ta'="" c.="" aff.="" ridgewayana.="" fi="" ħdan="" clade="" b="" struttura="" filoġenetika="" tikkorrispondi="" għall-ġeografija,="" minħabba="" adeżjonijiet="" mill-majjistral="" u="" ċentrali="" iran="" (aff.="" ridgewayana="" 2)="" iffurmaw="" subclade="" nested="" fi="" ħdan="" grad="" ta="" 'adeżjonijiet="" mill-iran="" prinċipalment="" ċentrali="" u="" tan-nofsinhar="" (aff.="" ridgewayana="" 1).="" ir-relazzjonijiet="" fost="" l-adeżjonijiet="" ta="" 'c.="" ridgewayana="" sl="" (c.="" ridgewayana="" u="" c.="" aff.="" ridgewayana)="" kienu="" differenti,="" madankollu,="" fost="" il-markaturi:="" billi="" c.="" ridgewayana="" sl="" ġie="" dedott="" bħala="" monophyletic="" mingħajr="" ebda="" struttura="" interna="" appoġġjata="" mid-dejta="" tal-its="" (fig.="" s2="" supplimentari)="" ,="" ġie="" dedott="" bħala="" paraphyletic="" minn="" data="" plastid="" bi,="" meta="" mqabbel="" ma="" 'l-analiżi="" magħquda,="" pożizzjonijiet="" maqluba="" ta'="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 1="" u="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 2.="" il-grupp="" oħt="" sussegwenti="" għall-klade="" jinkludi="" c.="" ambigua="" u="" c.="" ridgewayana="" sl="" (mp="" 74/60;="" ml="" 96/93;="" bi="" 1.00/1.00)="" kien="" clade="" c="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" li="" fih="" c.="" aff.="" fissa="" 1="" mill-afganistan.="" il-gruppi="" ta'="" aħwa="" sussegwenti="" kienu="" (i)="" l-adeżjoni="" waħda="" ta'="" c.="" aff.="" fissa="" 2="" mill-ażerbajġan="" (mp="" 57/100;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0.88/0.57),="" (ii)="" clade="" d="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" li="" jinkludi="" c.="" salsa="" mill-lbiċ="" tal-asja="" u="" miċ-ċina="" (mp="" 100/100;="" ml="" 80/90;="" bi="" 0.99/0.99),="" u="" (iii)="" clade="" e="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/="" 1.00)="" li="">Cistanchedeserticola miċ-Ċina u l-Mongolja (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00).

Fig. 2. Forom karatteristiċi ta’ fjuri u kaliċi għal membri magħżula tal-Clade tal-Asja tal-Lvant (J), il-Clade tal-Lbiċ tal-Asja (F–I), il-Clade tal-Afrika tal-Majjistral (K), u l-Clade Mifruxa (A–E, L–). M) ta' Cistanche. (A) C. senegalensis, (B) C. flava, (C) C. tubulosa subsp. tubulosa, (D) C. violacea, (E) C. phelypaea subsp. nov., (F) C. fissa,(G) C. salsa, (H) C. ridgewayana, (I) C. ambigua, (J) C. Sinensis, (K) C. spec. nov., (L) C. rosea, (M) C. laxiflora.

Fir-relazzjonijiet ta 'Clade Mifruxa kienu kultant ambigwi minħabba riżoluzzjoni baxxa tad-dejta nukleari kif ukoll diskrepanzi bejn markaturi plastid u nukleari (Figuri Supplimentari S1-S2). Dawn kienu jikkonċernaw mhux biss il-pożizzjoni ta' adeżjonijiet uniċi (eż., C. Senegalese ED1096,Cistanchetubulosa subsp. tubulosa ED891) iżda wkoll iċ-ċirkuskrizzjoni ta 'subclades akbar. Pereżempju, filwaqt li d-dejta tal-plastid iddeduċiet lil C. Rosea bħala oħt sostnut tajjeb għall-ispeċi li fadal (BI 1. 00; Fig. Supplimentari S1), id-dejta nukleari ssuġġerietha bħala membru ta’ clade (BI 1. 00) inklużi l-ispeċi kollha ħlief C. phelypaea, C. violacea, u l-biċċa l-kbira tal-adeżjonijiet ta 'C. lutea (Figura Supplimentari S2). Konsegwentement, ir-relazzjonijiet fost clades ewlenin (clades F-J) dedotti mill-analiżi magħquda ta 'spiss kienu solvuti ħażin u appoġġjati ħażin (Fig. 1). L-unika eċċezzjoni kienet clade F (MP 100/100; ML 1{00/100; BI 1.00/1.00), li fih C. rosea mill- Peniżola Għarbija (fl-analiżi tal-ITS, il-clade korrispondenti u appoġġjat b'mod dgħajjef biss inkluda addizzjonalment l-adeżjoni ED1096 ta 'C. senegalensis: Fig. S2 Supplimentari), li r-relazzjoni tal-grupp oħt tiegħu mal-clade (MP 99/94; ML 98/99; PP). 1.00 / 0.99) li jinkludi l-ispeċi li jifdal (clades G-J; Fig. 1) kien appoġġjat tajjeb.

herba cistanches

Clade G (MP 63/99; ML 84/54; BI 1.00/ < 5{0)="" kien="" fih="" c.="" laxiflormill-iran="" u="" l-afganistan="" flimkien="" ma’="" żewġ="" adeżjonijiet="" ta’="" c.="" tubuli="" miċ-ċina="" (gb1="" u="" gb2).="" fi="" ħdan="" clade="" g,="" c.="" laxiflora="" kien="" parafiletiku,="" minħabba="" li="" s-subclade="" taż-żewġ="" adeżjonijiet="" c.="" tubulosa="" (mp="" 98/65;="" ml="" 99/73;="" bi="" 1.00/0.77)="" miġbura="" fi="" gruppi="" clade="" (mp="" 54/="">< 50;="" ml="" 60/91;="" bi="" 1.00/1.00)="" b'adeżjonijiet="" ta'="" c.="" laxiflora="" mit-tramuntana="" u="" n-nofsinhar="" tal-iran="" kif="" ukoll="" l-afganistan="" (mp="" 85/="">< 50;="" ml="">< 50/50;="" bi="">< 0.50/0.74)="" bl-esklużjoni="" ta'="" adeżjonijiet="" ta'="" c.="" laxiflora="" mill-iran="" ċentrali="" li="" jiffurmaw="" clade="" separat="" (mp="" 99/95;="" ml="" 99/95;="" bi="" 1.="">

Clade H (MP mhux sostnut; ML 97/50; PP 1.00/ < 5{0)="" kien="" fih="" c.="" senegalensis="" (l-afrika="" tal-lvant)="" u,="" imniżżel="" fih,="" monofiletiku,="" iżda="" mhux="" appoġġjat,="" c.="" flava="" (lbiċ="" tal-asja)="" u="" subclade="" (mp="" 90/73;="" ml="" 86/69;="" bi="" 0.79/0.86)="" li="" jinkludi="" adeżjonijiet="" ta'="" c.="" aff.="" tubulosa="" min-nofsinhar="" tal-peniżola="" għarbija="" (oman,="" jemen).="" l-evidenza="" għal="" clade="" h="" ġiet="" essenzjalment="" minn="" dejta="" tal-plastid="" waħedha="" minħabba="" li="" fl-its="" c.="" flava="" ġiet="" dedotta="" bħala="" relatata="" mill-qrib="" ma="" 'c.="" laxiflora="" u="" relazzjonijiet="" bejn="" c.="" senegalensis="" u="" c.="" tubulosa="" baqgħu="" mhux="" solvuti="" (fig.="" s2="" supplimentari).="" fil-clade="" h,="" mhux="" biss="" ir-relazzjonijiet="" ta="" 'c.="" tubulosa="" u="" c.="" flava="" ma'="" c.="" senegalensis="" kienu="" solvuti="" ħażin="" u="" appoġġjati="" ħażin,="" iżda="" wkoll="" dawk="" fost="" inselijiet="" fi="" ħdan="" c.="" senegalensis="" u="" fi="" ħdan="" c.="" flava,="" l-unika="" eċċezzjoni="" hija="" subclade="" ta="" 'erba'="" c.="" adeżjonijiet="" flava="" (flava="" subsp.="" nov.)="" mill-iran="" tat-tramuntana="" (mp="" 100/97;="" ml="" 1{00/99;="" bi="">

Clade I (MP mhux appoġġjat; ML 62/54; PP 1.00/ < 0.50)="" kien="" fih="" esklussivament="" adeżjonijiet="" ta’="" c.="" tubulosa,="" li="" jkopri="" firxa="" ġeografika="" wiesgħa="" mill-gżejjer="" ta’="" kap="" verde="" u="" l-mali="" permezz="" il-peniżola="" għarbija="" u="" l-iran="" għall-pakistan="" u="" l-indja.="" l-evidenza="" għal="" clade="" h="" ġiet="" ukoll="" essenzjalment="" minn="" data="" tal-plastid="" waħedha,="" għaliex="" fl-its="" dan="" il-grupp="" kien="" dedott="" bħala="" parafiletiku="" u="" ħafna="" drabi="" mhux="" solvut="" fir-rigward="" ta'="" c.="" rosea="" (clade="" f),="" c.laxiflora="" (clade="" g)="" kif="" ukoll="" c.="" senegalensis="" u="" c.="" flava="" (klade="" h).="" l-istruttura="" filoġenetika="" fil-clade="" i="" kienet="" ġeneralment="" dgħajfa="" u="" ma="" wriet="" l-ebda="" mudell="" ġeografiku="">

Clade J (MP 92/53; ML 97/87; PP 1.00/{0.99) kien fih C. lutea sl (jiġifieri, inkluż C. lutea, C. aff. lutea 1 u C. aff lutea 2; Gżejjer Makaroneżjani u l-Mediterran) u, mdaħħla fihom, C. Brunner (l-Afrika tal-Punent), C. phelypaea (Gżejjer Makaroneżjani, reġjuni kostali tal-Atlantiku u tal-Mediterran tal-Afrika u l-Lbiċ tal-Ewropa), u C. violacea ( l-Afrika ta’ Fuq).Cistanchephelypaea (MP 100/98; ML 100/ 100; BI 1.00/1.{{ 31}}0) iffurmat, flimkien ma' grad ta' C. lutea sl (adeżjonijiet mill-firxa kollha tad-distribuzzjoni ta' din l-ispeċi) flimkien ma' żewġ adeżjonijiet ta' C. violaceus (ED807 u ED1{{ 41}}12 mill-Arabja Sawdija u l-Ġordan, rispettivament) u l-ibridu ta' C. aff. lutea 1 u C. violacea, clade appoġġjat dgħajjef (MP 55/-; ML 76/67; BI 0.64/ < 0.50)="" li="" kienet="" oħt="" (mp="" 90/53;="" ml="" 97/92;="" bi="" 0.96/0.89)="" għal="" clade="" (mp="" 68/58;="" ml="" 93/82;="" bi="" 0.90/0.63)="" inklużi="" kollha="" ħlief="" iż-żewġ="" adeżjonijiet="" imsemmija="" qabel="" ta'="" c.="" violacea.="" b'kuntrast="" ma'="" c.="" violacea,="" fejn="" separazzjoni="" ġeografika="" f'clade="" distribwit="" b'mod="" wiesa'="" (mp="" 53/70;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0.92/="" 0.59)="" u="" clade="" esklussivament="" tal-marokk="" (mp="" 92/93;="" ml="" 99/99;="" bi="" 1).="" .00/0.95)="" instab,="" l-istruttura="" filoġenetika="" u="" ġeografika="" f'c.="" lutea="" sl="" u="" c.="" phelypaea="" kienet="" limitata.="" il-bqija="" ta'="" l-adeżjonijiet="" ta'="" c.="" lutea="" (kollha="" mill-afrika="" tal-punent)="" flimkien="" ma'="" c.="" brunneri="" (adeżjoni="" waħda="" biss="" inkluża)="" ikkostitwixxu="" grad="" fil-bażi="" ta'="" clade="" j="" minħabba="" l-pożizzjoni="" ta'="" l-adeżjoni="" ta'="" c.="" lutea="" min-niġer="" (ed726)="" barra="" l-="" clade="" (mp="" 94/60,="" ml="" 95/69;="" bi="" 1.00/0.99)="" iffurmat="" mill-adeżjonijiet="" l-oħra.="" l-inferenza="" ta="" 'dan="" il-grad="" ta'="" c.="" lutea="" x'aktarx="" kienet="" minħabba="" diskrepanzi="" bejn="" id-dejta="" tal-plastid="" u="" l-its.="" speċifikament,="" mid-dejta="" tal-plastid,="" dawn="" l-adeżjonijiet="" ta'="" c.="" lutea="" flimkien="" ma'="" c.="" brunneri="" ġew="" dedotti="" bħala="" relatati="" mill-qrib="" ma'="" c.="" violacea="" u="" adeżjonijiet="" oħra="" ta'="" c.="" lutea="" (fig.="" supplimentari="" s1),="" jiġifieri,="" bħal="" fid-dejta="" magħquda,="" filwaqt="" li="" d-dejta="" tal-its="" poġġiet="" dawk="" ,="" f'pożizzjoni="" mhux="" solvuta,="" fi="" clade="" ma="" 'c.="" senegalensis="" u="" c.="" tubulosa="" bl-esklużjoni="" ta'="" membri="" oħra="" ta="" 'clade="" j="" (figura="" supplimentari="">

4. Diskussjoni

Fl-aħħar monografija tal-ġeneruCistanche, Beck-Mannagetta (1930) iddistingwixxa erba 'gruppi (bħala sezzjonijiet tassonomiċi) li jvarjaw fil-karatteristiċi tal-calyx u n-numru ta' bracteoles. Bl-eċċezzjoni tal-monospeċifiku C. sect. Sustanza (East Asian Clade), l-ebda waħda mit-taqsimiet ta 'Beck Mannagetta ma hija appoġġjata bħala monophyletic. Minflok, speċi ta’ C. sect.Cistancheu C. sect. Heterocalyx huwa mħallat (fil-Lbiċ tal-Asja Clade u l-Clade Mifruxa) u l-ispeċi waħda ta 'C. sect. Cistanchella hija parafiletika u mnaqqsa fil-Clade SouthwestAsian. Ir-raba’ nisel ewlieni (Clade tal-Afrika tal-Majjistral), rappreżentat hawnhekk minn speċi li għad trid tiġi deskritta li hija morfoloġikament qrib C. mauritanica, tradizzjonalment imqiegħda fis-setta C..Cistanchema ġie identifikat fl-ebda waħda mill-klassifikazzjonijiet preċedenti

L-erba’ nisel ewlenin identifikati hawnhekk jistgħu wkoll jiġu kkaratterizzati morfoloġikament. Speċifikament, l-unika speċi tal-Clade tal-Asja tal-Lvant, C. Sinensis, hija l-unikaCistanchespeċi b'kalice kwadripartita inċiża profondament, filwaqt li l-oħrajn kollha għandhom (mill-inqas) ħames lobi tal-kalice l-aktar konnati (Fig. 2). L-ispeċi tal-Clade Mifruxa għandhom zkuk glabri, bracts, u calyces, filwaqt li dawk tal-Lbiċ tal-Asja u tal-Majjistral tal-Afrika Clade huma tal-inqas parzjalment hairy (suf jew lanuginose versus arachnoid-lanuginose, rispettivament) (Fig. 2). Fl-aħħarnett, membri tal-Clade tal-Afrika tal-Majjistral għandhom indumentum densament arachnoid-lanuginose u bracts b'mod wiesa 'rhomboid li ma jinstabux fil-Clade tal-Lbiċ tal-Asja (Fig. 2). Karattri enfasizzaw qabel, jiġifieri, in-numru ta 'bracteoles (wieħed jew xejn f'C. sect.Cistanchellakontra tnejn fit-taqsimiet l-oħra kollha) u l-forma tal-lobi tal-kaliċi (lobi ftit jew wisq separati fil-fond u mhux ugwali f'C. sect. Heterocalyx versus lobi separati u ugwali baxxi f'C. sect.Cistanche), ma jirriflettux qasmiet aktar profondi u, għall-inqas fil-każ tal-forma tal-lobi tal-kaliċi, jidhru li evolvew mill-inqas darbtejn indipendentement.

Bosta mill-ispeċi rikonoxxuti bħalissa mhumiex sostnuti bħala monophyletic (Fig. 1), li mhix ristretta għal taxa magħrufa li hija tassonomikament diffiċli, bħal C. lutea jew C. tubulosa, iżda wkoll għal taxa meqjusa tassonomikament mhux problematika, bħal C. ridgewayana sl jewCistanchefissa sl (hawn rappreżentata minn C. aff. fissa 1 u 2). Id-diskrepanza bejn l-unitajiet tassonomiċi u filoġenetiċi tista’ tkun dovuta għal diversi fatturi, mhux reċiprokament esklussivi, inkluż identifikazzjoni ħażina tal-ispeċi, nuqqas ta’ rikonoxximent tassonomika ta’ entitajiet morfoloġikament u/jew ġeografikament differenzjati, ibridizzazzjoni, u diverġenza baxxa (radjazzjoni rapida). L-identifikazzjoni ħażina ta' l-ispeċi x'aktarx hija l-kawża għall-pożizzjoni ta' żewġ adeżjonijiet ta' C. tubulosa (GB1 u GB2) imniżżla f'C. laxiflora (Fig. 1). Il-vawċers ta 'dawn l-adeżjonijiet ma kinux disponibbli għalina għal reviżjoni, iżda, kif iġġudikat minn stampi tal-web, pjanti minn żoni li jmissu magħhom fid-deżerti ċentrali taċ-Ċina morfoloġikament jaqblu ma' C. laxiflora subsp. laxiflora (tubi corolla bojod b'lobi vjola ċar minflok isfar ċar għal skur f'C. tubulosa). Din l-ispeċi mhix irrappurtata miċ-Ċina, fejn pjanti li jappartjenu għal dan it-taxon huma jew elenkati taħt C. tubulosa (Zhang, 1990) jew, aktar reċentement, taħt C. mongolica (Zhang u Tzvelev, 1998). Nuqqas ta' rikonoxximent tassonomiku ta' nisel differenzjati morfoloġikament u/jew ġeografikament jidher li japplika kemm għal speċi parafiletiċi, bħal C. ridgewayana sl u C. aff. fissa, kif ukoll għal speċi monofiletiċi bi struttura filoġenetika qawwija, bħal C. Flava. F'kull wieħed minn dawn il-każijiet, gruppi filoġenetikament ċirkoskritti jvarjaw morfoloġikament u ġeografikament u, għalhekk, jistħoqqilhom rikonoxximent tassonomiku (trattament tassonomiku dettaljat se jingħata f'pubblikazzjoni sussegwenti). It-tnejn, l-identifikazzjoni ħażina tal-ispeċi u r-riżoluzzjoni tassonomika insuffiċjenti huma problemi komuni f'Orobanchaceae holoparasitic, b'mod partikolari f'Orobanche u ġeneri relatati (Manen et al., 2004; Schneeweiss et al., 2004a; Schneeweiss et al., 2009; Schneeweiss, 2013).

L-ibridazzjoni hija fenomenu komuni fil-pjanti tal-fjuri (Rieseberg and Carney, 1998; Payseur and Rieseberg, 2016) u ġiet irrappurtata wkoll għalCistanche. Speċifikament, Beck-Mannagetta (1930) iddeskriva ibridi bejn C. lutea (bħala C. tinctoria f. lutea) u C. violacea bħala nothospecies, C. hybrid. Dawn l-ibridi jistgħu jkunu morfoloġikament intermedji, kif inhu l-każ għall-adeżjoni ED686, jew jistgħu jixbħu lil wieħed mill-ġenituri, kif inhu l-każ għall-adeżjoni ED1012; din l-adeżjoni tal-aħħar ġiet oriġinarjament iddeterminata bħala C. violacea, iżda wara eżaminazzjoni mill-ġdid, ipprovokata mill-pożizzjoni filoġenetika tagħha fi ħdan C. lutea sl, irriżulta li kienet ibrida wkoll. Jekk wieħed jassumi l-wirt matern tal-ġenoma tal-plastid (kif muri għall-Orobanchaceae Rhinanthus angustifolius: Vrancken u Wesselingh, 2010) f'Cistanche, il-preżenza tar-ribotip ITS matern fl-adeżjoni ibrida ED686 (mhijiex disponibbli għall-adeżjoni ED1012) tkun konsistenti mal-formazzjoni ta 'ibridi u/jew backcrosses ta' ġenerazzjoni aktar tard, li tirriżulta fil-qbid tal-plastid. Il-qbid tal-plastid jista 'jispjega wkoll id-diskrepanzi bejn il-markaturi nukleari u tal-plastid. Per eżempju, C. aff. tubulosa mill-Peniżola Għarbija, morfoloġikament differenti f'diversi karatteristiċi minn C. tubulosa mifruxa, iffurmaw clade qrib C. senegalensis fis-sett tad-dejta tal-ITS iżda kienet separata f'żewġ kladi differenti fil-plastid u s-sett tad-dejta magħquda ma' C. senegalensis. (klade H) jew adeżjonijiet ta' C. tubulosa subsp. tubulosa (klade I; kemm C. senegalensis kif ukoll C. tubulosa subsp. tubulosa jseħħu wkoll fil-Peniżola Għarbija).

Alternattiva għall-introgressjoni għall-ispjegazzjoni tad-diskrepanzi bejn il-pożizzjonijiet filoġenetiċi dedotti minn data nukleari versus plastid hija l-għażla inkompleta tan-nisel, li se taffettwa l-ġenomi nukleari u tal-plastid b'mod differenti minħabba differenzi fid-daqsijiet effettivi tal-popolazzjoni tagħhom (fil-ġenomi tal-plastid biss nofshom daqs fil-ġenomi nukleari f' grupp monoecious bħalCistanche). L-għażla ta’ nisel mhux kompluta hija mistennija li tkun partikolarment rilevanti fil-każ ta’ diverġenza baxxa u radjazzjoni rapida (Maddison and Knowles, 2006), li jidher li huwa l-każ fil-Widedespread Clade, fejn il-clade li jinkludi Clades G sa J huwa kkaratterizzat minn tulijiet qosra ta’ fergħat. (Fig. 1). L-għażla ta' nisel mhux kompluta tista' tkun responsabbli għan-nuqqas ta' differenzjazzjoni molekulari u/jew koerenza ta' nisel morfoloġikament differenzjati fi ħdan C. lutea sl (jiġifieri, C. aff. lutea 1 u C. aff. lutea 2). Id-diżattivazzjoni ta' għażla ta' nisel mhux kompluta mill-introgressjoni se teħtieġ metodi bbażati fuq il-koalescent (Blanco-Pastor et al., 2012) li idealment jinvolvu data filoġenomika nukleari (Bravo et al., 2019), li fin-nuqqas ta' qafas tassonomiku solidu u dejta estensiva biżżejjed mhumiex. s'issa possibbli.

L-ispeċjalizzazzjoni tal-ospiti hija forza evoluzzjonarja importanti fl-Orobanchaceae holoparasitic (Schneider et al., 2016).Cistanche, madankollu, jidher li huwa eċċezzjoni, peress li ħafna speċi nstabu f'membri ta 'diversi familji ta' pjanti, l-aktar frekwenti Amaranthaceae (inkl. Chenopodiaceae) u Polygonaceae, iżda wkoll Fabaceae, Zygophyllaceae, Tamaricaceae, Rosaceae, Nitrariaceae u Salvadoraceae. Bħal f’Orobanche (Manen et al., 2004), l-istess ospitanti jista’ jkun kondiviż minn diversi mhux relatatiCistanchespeċi (eż., Haloxylon ammodendron huwa l-ospitanti għal C. deserticola mill-Clade tal-Lbiċ tal-Asja u għal C. phelypaea mill-Clade Mifruxa). Każijiet ta' speċjalizzazzjoni ta' ospitanti putattivi (eż., C. senegalensis l-aktar fuq Acacia/Fabaceae; prinċipalment Fabaceae bħala ospiti għal C. Flava subsp. nov. versus prinċipalment Calligonum bungei/Polygonaceae għal C. Flava subsp. Flava) jistgħu jirriflettu l-abbundanza ta' ospitanti adattati speċi aktar milli speċjalizzazzjoni ospitanti ġenwina. L-ittestjar ta' kwalunkwe rwol ta' speċjalizzazzjoni tal-ospitanti għad-diversifikazzjoni ta' Cistanche se jeħtieġ filoġenija tal-ispeċi solvuta sew u data tal-ospitanti dettaljata biżżejjed.5. Konklużjonijiet

Din hija l-ewwel analiżi filoġenetika molekulari komprensiva tal-ġeneru tal-pjanti holoparasiticCistanche, imqassma b'mod wiesa 'f'reġjuni aridi tad-Dinja l-Qadima. Erba 'kladi ewlenin ġewwaCistancheġew identifikati li jikkorrispondu biss parzjalment għal sezzjonijiet tradizzjonalment rikonoxxuti (Beck Mannagetta, 1930) u ġeneralment juru komponent ġeografiku qawwi. Billi l-Clade tal-Lbiċ tal-Asja juri struttura filoġenetika qawwija fost u parzjalment fi ħdan l-ispeċi (il-Clade tal-Asja tal-Lvant u l-Majjistral tal-Afrika huma monospeċifiċi), ir-riżoluzzjoni filoġenetika fi ħdan il-Clade Mifruxa ħafna drabi hija baxxa u mfixkla minn diskrepanzi bejn il-markaturi nukleari u tal-plastid, li tal-inqas parzjalment hija dovuta għall-ibridizzazzjoni/introgressjoni u/jew issortjar in-nisel mhux komplut. Evidenza filoġenetika molekulari u riżultati ta 'rivalutazzjoni morfoloġika ta'Cistanchespeċi jindikaw li d-diversità tal-ispeċi fiCistanchebħalissa hija sottovalutata (ara taxa indikata bħala sp. nov. jew subsp. nov. fit-test). Għalkemm xi speċi għad iridu jiġu inklużi fi kwalunkwe studju filoġenetiku molekulari (eż., C. mauritanica) u se jkunu meħtieġa markaturi addizzjonali biex isolvu r-relazzjonijiet kollha tal-ispeċi, l-ipoteżijiet filoġenetiċi sodi ppreżentati hawn jipprovdu bażi siewja għal ċitoġenetika, tassonomika u bijoġeografika kontinwa. riċerka f’dan il-ġeneru.

cistanche bienfaits

Finanzjament

Dan ix-xogħol ġie parzjalment appoġġjat minn SYNTHESYS iffinanzjat mill-Azzjoni għall-Infrastruttura tar-Riċerka tal-Komunità Ewropea taħt il-Programm "Kapaċitajiet" tal-FP7 fir-Real Jardín Botánico (ES-TAF-1663). Nixtiequ nirringrazzjaw lill-Università ta’ Bonn, lill-OeAD (Österreichische Austauschdienst) u lid-DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) għall-appoġġ finanzjarju.

Dikjarazzjoni tal-kontribuzzjoni tal-awtur CRedit

Najibeh Ataei: Kunċettwalizzazzjoni, Kurazzjoni tad-Data, Analiżi formali, Akkwist ta' finanzjament, Investigazzjoni, Amministrazzjoni tal-proġett, Viżwalizzazzjoni, Kitba - abbozz oriġinali, Kitba - reviżjoni u editjar.Gerald M. Schneeweiss: Kunċettwalizzazzjoni, Superviżjoni, Kitba -reviżjoni u editjar. Miguel Angel García: Riżorsi. Michael Krug: Analiżi formali. Marcus Lehnert: Kitba - abbozz oriġinali. JafarValizadeh: Riżorsi. Dietmar Quandt: Kunċettwalizzazzjoni, Analiżi formali, Amministrazzjoni tal-proġett, Riżorsi, Superviżjoni, Kitba - reviżjoni u editjar

Rikonoxximenti

Grazzi tmur lil Edit Korpinos, li ta għajnuna fil-laboratorju Jodrell f'Kew u lill-kuraturi tal-erbarju (TARI, BM, IRAN, BONN, USB, P, TUH, E, W, KAS, MSB, K, B, G, PEY , M, UG, BR, GUH, MA, WU) biex jintbagħtu self u ritratti. Nirringrazzjaw lil Susann Wicke għad-disinn tal-primer u l-appoġġ tal-laboratorju. Napprezzaw lil Dr Hossein Akhani f'TehranUniversity u lis-Sinjura Robabeh Shahi Shavvon fl-Università ta' Gilan talli pprovdew xi materjal tad-DNA mill-Iran. Aħna grati lejn Dr FedericoLuebert u Juliana Chacon fil-Nees Institute għall-kummenti utli tagħhom.

Referenzi:

Álvarez, I., Wendel, JF, 2003. Sekwenzi ITS ribosomali u inferenza filoġenetika tal-pjanti. Mol. Filoġenet. Evol. 29, 417–434. https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00208-2.
Bailey, CD, Carr, TG, Harris, SA, Hughes, CE, 2003. Karatterizzazzjoni ta 'angiosperm nrDNA polymorphism, paralogy, u pseudogenes. Mol. Filoġenet. Evol. 29, 435–455.
Baldwin, BG, Sanderson, MJ, Porter, JM, Wojciechowski, MF, Campbell, CS, Donoghue, MJ, 1995. Ir-reġjun ITS tad-DNA ribosomali nukleari: sors prezzjuż ta 'evidenza dwar il-filoġenija tal-angiosperm. Ann. Missouri Bot. Gard. 82, 247–277.
Beck-Mannagetta, G., 1930. Orobanchaceae, fi: Engler, A. (Ed.), Das Pflanzenreich IV. 261. Wilhelm Engelmann, Leipzig, pp. 1–348.
Bennett, JR, Mathews, S., 2006. Filoġenija tal-familja tal-pjanti parassiti Orobanchaceae dedotta minn phytochrome A. Am. J. Bot. 93, 1039–1051.
Blanco-Pastor, JL, Vargas, P., Pfeil, BE, 2012. Simulazzjonijiet koalesċenti jiżvelaw ibridizzazzjoni u għażla ta 'nisel mhux kompluta fil-Mediterran Linaria. PLoS ONE 7 (6), e39089.
Borsch, T., Quandt, D., 2009. Dinamika mutazzjonali u utilità filoġenetika ta 'noncoding chloroplast DNA. Pjanti Syst. Evol. 282, 169–199.

Bravo, GA, Antonelli, A., Bacon, CD, Bartoszek, K., Blom, MPK, Huynh, S., Jones, G., Knowles, LL, Lamichhaney, S., Marcussen, T., Morlon, H. , Nakhleh, LK, Oxelman,

B., Pfeil, B., Schliep, A., Wahlberg, N., Werneck, FP, Wiedenhoeft, J., WillowsMunro, S., Edwards, SV, 2019. Tħaddan l-eteroġeneità: tingħaqad is-Siġra tal-Ħajja u l-futur tal- filoġenomika. PeerJ 7, e6399.

Doyle, JJ, Doyle, J., 1987. Proċedura rapida ta 'iżolament tad-DNA għal kwantitajiet żgħar ta' tessut tal-weraq frisk. Phytochem. Bull. 19, 11–15.
N. Ataei, et al. Filoġenetika Molekulari u Evoluzzjoni 151 (2020) 106898 8
Felsenstein, J., 1981. Siġar evoluzzjonarji minn sekwenzi tad-DNA: approċċ ta 'probabbiltà massima. J. Mol. Evol. 17, 368–376.
Felsenstein, J., 1985. Limiti ta 'kunfidenza fuq phylogenies: approċċ li juża l-bootstrap. Evoluzzjoni 39, 783–791.
Fu, W., Liu, X., Zhang, N., Song, Z., Zhang, W., Yang, J., Wang, Y., 2017. Ittestjar tal-ipoteżi ta 'oriġini multipli ta' holoparasitic f'Orobanchaceae: evidenza filoġenetika mill-aħħar żewġ ġeneri holoparasitic mhux imqiegħda, Gleadovia u
Phacellanthus. Quddiem. Pjanti Sci. 8, 1380.
Han, J.-P., Song, J.-Y., Liu, C., Chen, J., Qian, J., Zhu, Y.-J., Shi, L.-C., Yao, H ., Chen, S.-L., 2010. Identifikazzjoni taCistanchespeċi (Orobanchaceae) ibbażata fuq sekwenzi tar-reġjun interġeniku plastid psbA-trnH. Acta Pharmaceut. Sin. 45, 126–130.
Huelsenbeck, JP, Ronquist, F., 2001. MRBAYES: Inferenza Bayesjana ta 'siġar filoġenetiċi. Bijoinformatika 17, 754–755.
Kress, WJ, Wurdack, KJ, Zimmer, EA, Weigt, LA, Janzen, DH, 2005. Użu ta 'barcodes tad-DNA biex jidentifikaw pjanti tal-fjuri. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 8369–8374.

Li, X., Feng, T., Randle, C., Schneeweiss, GM, 2019. Relazzjonijiet filoġenetiċi f'Orobanchaceae dedotti minn ġeni nukleari b'kopja baxxa: konsolidazzjoni ta 'kladi ewlenin u identifikazzjoni ta' pożizzjoni ġdida tal-clade Orobanche mhux fotosintetiku oħt il-parassiti l-oħra kollha Orobanchaceae. Quddiem. Pjanti Sci. 10, 902.

Li, X., Jang, T.-S., Temsch, EM, Kato, H., Takayama, K., Schneeweiss, GM, 2017. Dejta molekulari u karioloġika tikkonferma li l-ġeneru enigmatiku Platypholis minn Bonin-Gżejjer (SE Ġappun) ) hija mnaqqsa fil-filoġenetikament fi ħdan Orobanche
(Orobanchaceae). J. Pjanta. Riż. 130, 273–280.
Li, X., Zhang, T.-C., Qiao, Q., Ren, Z., Zhao, J., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Crabbe, MJC, Li, J., Zhong, Y ., 2013. Sekwenza kompluta tal-ġenoma tal-kloroplast ta 'holoparasiteCistanchedeserticola (Orobanchaceae) tiżvela telf ta 'ġene u ġene orizzontali
trasferiment mill-ospitanti tiegħu Haloxylon ammodendron (Chenopodiaceae). PLoS ONE 8, e58747.
Liu, X., Fu, W., Tang, Y., Zhang, W., Kanzunetta, Z., Li, L., Yang, J., Ma, H., Yang, J., Zhou, C.,
Davis, CC, Wang, Y., 2020. Trajettorji diversi tad-degradazzjoni tal-plastome fl-holoparasiticCistancheu l-lokazzjoni ġenomika tal-ġeni plastid mitlufa. J. Exp. Bot. 71, 877–892.
Maddison, W., Knowles, LL, 2006. Filoġenija li tiddeduċi minkejja għażla ta' nisel mhux kompluta. Syst. Biol. 55, 21–30.
Manen, J.-F., Habashi, C., Jeanmonod, D., Park, J.-M., Schneeweiss, GM, 2004. Filoġenija u varjabilità intraspeċifika ta 'Orobanche holoparasitic (Orobanchaceae) dedotta minn sekwenzi rbcL plastid. Mol. Filoġenet. Evol. 33, 482–500.
McNeal, JR, Bennett, JR, Wolfe, AD, Mathews, S., 2013. Filoġenija u oriġini ta 'holoparasitic f'Orobanchaceae. Em. J. Bot. 100, 971–983.
Müller, J., Müller, KF, Neinhuis, C., Quandt, D., 2006. PhyDE – Editur tad-Dejta Filoġenetika. http://www.phyde.de (aċċessat 2. April 2019).
Müller, K., 2004. PRAP-komputazzjoni ta 'appoġġ Bremer għal settijiet ta' data kbar. Mol. Filoġenet. Evol. 31, 780–782.
Müller, K., 2005. SeqState: id-disinn tal-primer u l-istatistika tas-sekwenza għal settijiet tad-dejta tad-DNA filoġenetika. Appl. Bioinform. 4, 65–69.
Nixon, KC, 1999. Ir-ratchet parsimony huwa metodu ġdid għall-analiżi rapida tal-parsimony. Kladistika 15, 407–414.
Olsson, S., Buchbender, V., Enroth, J., Hedenäs, L., Huttunen, S., Quandt, D., 2009. Analiżi filoġenetiċi jiżvelaw livelli għoljin ta 'polifilija fost insel pleurocarpous kif ukoll kladi ġodda. Brijologu 112, 447–466.
Park, J.-M., Manen, J.-F., Colwell, AE, Schneeweiss, GM, 2008. Filoġenija tal-ġene plastid tal-Orobanche parassitiku mhux fotosintetiku (Orobanchaceae) u ġeneri relatati. J. Pjanti Res. 121, 365–376.
Payseur, BA, Rieseberg, LH, 2016. Perspettiva ġenomika dwar l-ibridizzazzjoni u l-ispeċjazzjoni. Mol. Ekol. 25, 2337–2360.
Quandt, D., Müller, K., Huttunen, S., 2003. Karatterizzazzjoni tar-reġjun psbTH tad-DNA tal-kloroplast u l-influwenza ta 'elementi simetriċi tad-djadi fuq rikostruzzjonijiet filoġenetiċi. Bijol tal-Pjanti. 5, 400–410. https://doi.org/10.1055/s-2003-42715.
Rambaut, A., Drummond, AJ, Xie, D., Baele, G., Suchard, MA, 2018. Taqsira ta 'wara fil-filoġenetika Bayesjana bl-użu ta' Tracer 1.7. Syst. Biol. 67, 901–904.

Rieseberg, LH, Carney, SE, 1998. Ibridizzazzjoni tal-pjanti. Phytol Ġdid. 140, 599–624.

Rodrigues, AG, Colwell, AEL, Stefanovic, S., 2011. Sistematika molekulari tal-ġeneru parassitiku Conopholis (Orobanchaceae) dedotta minn sekwenzi plastid u nukleari. Em. J. Bot. 98, 896–908.
Ronquist, F., Huelsenbeck, JP, 2003. MrBayes 3: Inferenza filoġenetika Bayesian taħt mudelli mħallta. Bijoinformatika 19, 1572–1574.
Schneeweiss, GM, 2013. Relazzjonijiet filoġenetiċi u xejriet evoluzzjonarji f'Orobanchaceae, f'Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (Eds.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, pp. 243–265.
Schneeweiss, GM, Colwell, A., Park, J.-M., Jang, C.-G., Stuessy, TF, 2004a. Filoġenija ta 'Orobanche holoparasitic (Orobanchaceae) dedotta minn sekwenzi nukleari tal-ITS. Mol. Filoġenet. Evol. 30, 465–478.
Schneeweiss, GM, Frajman, B., Dakskobler, I., 2009. Orobanche lycoctoni Rhiner (Orobanchaceae), speċi magħrufa ħażin tal-flora tal-Ewropa Ċentrali. Candollea 64, 91–99.
Schneeweiss, GM, Palomeque, T., Colwell, AE, Weiss-Schneeweiss, H., 2004b. In-numri tal-kromożomi u l-evoluzzjoni tal-karjotipi f'Orobanche holoparasitiku (Orobanchaceae) u ġeneri relatati. Em. J. Bot. 91, 439–448.
Schneider, AC, Colwell, AEL, Schneeweiss, GM, Baldwin, BG, 2016. Diversità speċifika għall-ospitanti kriptografiċi fost broomrapes tal-emisfera tal-Punent (Orobanche sl, Orobanchaceae). Ann. Bot. 118, 1101–1111.
Simmons, MP, Ochoterena, H., 2000. Lakuni bħala karattri f'analiżi filoġenetika bbażata fuq sekwenza.... Syst. Biol. 49, 369–381.
Stamatakis, A., 2014. RAxML Verżjoni 8: Għodda għall-analiżi filoġenetika u wara l-analiżi ta 'filoġenji kbar. Bijoinformatika 30, 1312–1313.
Stöver, BC, Müller, KF, 2010. TreeGraph 2: tgħaqqad u viżwalizzazzjoni evidenza minn analiżi filoġenetika differenti. BMC Bioinf. 11, 7.
Sun, ZY, Song, JY, Yao, H., Han, JP, 2012. Identifikazzjoni molekulari ta 'ĊistanċiHerba u l-adulteranti tagħha bbażati fuq is-sekwenza nrITS2. J. Med. Pjanti Res. 6, 1041–1045.

Swofford, DL, 1999. PAUP*4.0 Beta għall-Macintosh: Analiżi Filoġenetika Bl-użu ta' Parsimony. Sinauer Associates, Sunderland, MA.

Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G., Bouvet, J., 1991. Primers universali għall-amplifikazzjoni ta 'tliet reġjuni mhux kodifikanti tad-DNA tal-kloroplast. Mol tal-Pjanti. Biol. 17, 1105–1109.Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Coskun, M., Tu, P.,

Mizukami, H., 2003. Studji farmakognostiċi ta 'Cistanchis Herba (IV) relazzjoni filoġenetika tal-Cistanchepjanti bbażati fuq ġene plastid rps2 u rpl16-rpl14 sekwenza ta' reġjun spacer interġeniku. Natur. Med. 57, 233–237.
Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Mizukami, H., Tu, P., 2002. Studji farmakognostiċi ta 'Cistanchis Herba (III) relazzjoni filoġenetika tal-Cistanchepjanti bbażati fuq ġene plastid rps2 u rpl16-rpl14 sekwenzi interġeniċi spacer. Biol. Pharm. Bull. 25, 218–222.
Vrancken, J., Wesselingh, RA, 2010. Wirt tal-ġenoma tal-kloroplast f'Rhinanthus angustifolius (Orobanchaceae). Ecol tal-Pjanti. Evol. 143, 239–242.
Wang, X.-Y., Xu, R., Chen, J., Song, J.-Y., Newmaster, SG, Han, J.-P., Zhang, Z., Chen, S.-L. , 2018. Sejbien taĊistanċiProdotti mediċinali Herba (Rou Cong Rong) li jużaw firem tan-nukleotidi speċifiċi għall-ispeċi. Quddiem. Pjanti Sci. 9, 1643.

Weiss-Schneeweiss, H., Greilhuber, J., Schneeweiss, GM, 2006. Evoluzzjoni tad-daqs tal-ġenoma f'Orobanche holoparasitic (Orobanchaceae) u ġeneri relatati. Em. J. Bot. 93, 148–156.

Westwood, JH, Yoder, JI, Timko, MP, dePamphilis, CW, 2010. L-evoluzzjoni tal-parassitiżmu fil-pjanti. Xejriet Pjanti Sci. 15, 227–235.

White, T., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J., 1990. Amplifikazzjoni u sekwenzar dirett ta 'ġeni RNA ribosomiali fungali għall-filoġenetika. Fi: Innis, M., Gelfand, D., Shinsky, J., White, T. (Eds.), Protokolli PCR: Gwida għal Metodi u Applikazzjonijiet. Akkademiku

Press, Londra, pp. 315–322.
Wicke, S., 2013. Evoluzzjoni ġenomika f'Orobanchaceae. Fi: Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (Eds.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, pp. 267–286.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Wickett, NJ, Zhang, Y., Renner,
SS, Schneeweiss, GM, 2013. Mekkaniżmi ta 'tnaqqis tal-ġenoma funzjonali u fiżiku f'pjanti parassitiċi fotosintetiċi u mhux fotosintetiċi tal-familja broomrape. Ċellula tal-Pjanti 25, 3711–3725.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Bellot, S., Schneeweiss, GM, 2016. Mudell mekkanistiku ta 'varjazzjoni tar-rata evoluzzjonarja fit-triq għal stil ta' ħajja mhux fotosintetiku fil-pjanti. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 113, 9045–9050.

Wickett, NJ, Honaas, LA, Wafula, EK, Das, M., Huang, K., Wu, B., Landherr, L., Timko, MP, Yoder, J., Westwood, JH, dePamphilis, CW, 2011 Traskritomi tal-familja tal-pjanti parassiti Orobanchaceae jiżvelaw konservazzjoni sorprendenti tal-klorofilla

sintesi. Curr. Biol. 21, 2098–2104.
Wolfe, AD, Randle, CP, Liu, L., Steiner, KE, 2005. Filoġenija u bijoġeografija ta 'Orobanchaceae. Folia Geobot. 40, 115–134.
Worberg, A., Quandt, D., Barniske, A.-M., Löhne, C., Hilu, KW, Borsch, T., 2007. Filoġenija ta 'eudicots bażali: Intuwizzjonijiet minn DNA mhux kodifikat u li qed jevolvi malajr. Organ. Għaddasa. Evol. 7, 55–77.
Young, ND, Steiner, KE, dePamphilis, CW, 1999. L-evoluzzjoni tal-parassitiżmu fi Scrophulariaceae/Orobanchaceae: is-sekwenzi tal-ġeni tal-plastid jirrifjutaw serje ta 'transizzjoni evoluzzjonarja. Ann. Missouri Bot. Gard. 86, 876–893.
Zhang, ZY, 1990. Orobanchaceae, fi: Wang, W. (ed.), Flora Reipublicae Popularis Sinica, vol. 69. Beijing, Science Press, pp. 69–124.
Zhang, ZY, Tzvelev, NN, 1998. Orobanchaceae, fi: Wu, ZY, Raven, PH (Eds.), Flora of China, vol. 18 (Scrophulariaceae permezz Gesneriaceae). Science Press, Beijing, u Missouri Botanical Garden Press, St. Louis, MI, pp. 229–243.
Zheng, S., Jiang, X., Wu, L., Wang, Z., Huang, L., 2014. Diskriminazzjoni kimika u ġenetika ta'ĊistanċiHerba ibbażat fuq UPLC-QTOF/MS u barcoding tad-DNA. PLoS ONE 9 (5), e98061.