Parti Ⅱ Fehim Metaboliku tad-Disregolazzjoni Ġenetika fil-Mikroambjent tat-Tumur Ta' Karċinoma taċ-Ċellola Ċara Renali tal-Kliewi

Riżultat

1. Identifikazzjoni ta 'Ġeni Metaboliċi Espressi b'mod Differenzjali f'KIRC.

Biex nesploraw id-disregolazzjoni metabolika f'KIRC, esplorajna d-dejta disponibbli tat-TCGA biex niksbu għarfien profond dwar terapewtiċi mmirati lejn il-metaboliżmu fil-klinika. Għal dan il-għan, għażilna sett ta 'ġeni metaboliċi 1916 li ġew intersetati minn żewġ settijiet ta' dejta differenti [16, 17] u skrijna 1100 ġeni espressi b'mod differenzjali fit-tumur vs tessuti normali (Tabella Supplimentari 2). Dawn il-ġeni metaboliċi espressi b'mod differenzjat ġew ippjanati f'vulkani u mapep tas-sħana (Figuri 1(a) u 1(b)). Minn 1100 ġene metaboliku espressi b'mod differenzjat, 78 ġene ġew regolati 'l fuq u 163 ġene ġew regolati 'l isfel. Barra minn hekk, kien hemm 859 ġeni ma nbidlux. Il-mappa tas-sħana tirrappreżenta l-indiċi tal-espressjoni individwali ta 'dawk il-ġeni metaboliċi differenzjali fil-kampjuni tat-tumur u normali (Figura 1(b)). Sussegwentement, identifikajna l-aqwa 10 ġeni metaboliċi espressi b'mod differenzjat; fosthom, ENPP3, NNMT, CYP2J2, SCD, u HK2 kienu regolati 'l fuq u HSD11B2, HMGCS2, HPD, HS6ST2, u ALDOB kienu regolati 'l isfel. Il-box plots ta' dawn id-DEmGs huma murija fil-Figura 1(c). Fost il-ġeni regolati 'l fuq, ENPP3 huwa ~7-darbiet espress fit-tumuri. Alternattivament, il-ġene ALDOB huwa ~5-darbiet rregolat 'l isfel f'kampjuni analizzati tat-tumur.

Barra minn hekk, aħna evalwajna l-passaġġ KEGG u l-analiżi GO tad-DEmGs. L-analiżi tal-mogħdija KEGG wriet li l-ġeni regolati 'l fuq kienu arrikkit b'mod sinifikanti fil-metaboliżmu tal-karbonju, is-sinjalar HIF1, u ​​glikolisi / glukoneġenesi bi proporzjon tal-ġeni ogħla (numru 8-9 ta' ġeni f'kull mogħdija) (Figura 1 (d)). Bl-istess mod, fost DEmGs downregolati, sibna li l-metaboliżmu tal-karbonju u d-degradazzjoni tal-valine, leucine, u isoleucine kienu l-aqwa mogħdijiet affettwati minn ġeni metabolikament attivi (Figura 1(e)). Il-mogħdijiet relatati mal-organelle tal-peroxisome kienu wkoll arrikkit b'mod sinifikanti fi grupp downregolat ta 'kampjuni ta' tumuri tal-ġeni. Ta 'min jinnota, meta mqabbla ma' dawk fil-ġeni regolati 'l fuq, il-mogħdijiet involuti fil-ġeni regolati 'l isfel għandhom valuri p sinifikanti ogħla. Ta 'min isemmi li ħafna mill-mogħdijiet KEGG arrikkit f'kategoriji ta' ġeni regolati 'l isfel kienu relatati mal-metaboliżmu tal-aċidu amminiku. Biex tkompli tqassam l-involviment ta 'DEmG fit-tumuriġenesi, saru l-analiżi funzjonali GO ta' ġeni regolati 'l fuq u 'l isfel. Qassamna l-ontoloġija GO fi tliet gruppi ta’ subontoloġija funzjonali, BP (proċess bijoloġiku), CC (komponent ċellulari) u MF (funzjoni molekulari) (Figuri 1(f) u 1(g)). Barra minn hekk, l-analiżi tal-GSEA żvelat żieda sinifikanti fl-arrikkiment tal-ġeni assoċjati ma' BENPORATH_MYC_TARGETS_WITH_EBOX fit-tumuri, filwaqt li BOWN{{11} } MJELOID_ŻVILUPP{_ĊELLU_UP, KEGG_ALFA_ LINOLENI_AĊIDU_METABOLIŻMU, u KEGG{ {19}}ETHER_ LIPID_METABOLISM instabu li kienu arrikkit b'mod negattiv. Fl-istadju li jmiss, bnejna netwerk PPI ta 'interazzjoni proteina-proteina b'DEmGs up u downregulated. Numru tal-ġeni wrew interazzjoni ma 'xulxin. Permezz tal-interazzjonijiet ta 'dawn il-ġeni, iżolajna ġeni hub. Kull nodu huwa diskreti mill-ieħor ibbażat fuq il-valur tal-grad; barra minn hekk, iżolajna l-aqwa 7 ġeni hub għall-PPI. Aħna esplorajna wkoll il-korrelazzjoni bejn din l-espressjoni tal-ġeni taċ-ċentru u l-karatteristiċi klinikopatoloġiċi ta 'KIRC f'settijiet ta' dejta TCGA.

Ikklikkja hawn biex tkun tafx'inhuma l-benefiċċji ta' Cistanche.

2. L-Analiżi tan-Netwerk Tiżvela Bidliet Metaboliċi Bażiċi f'Diversi Ontoloġiji tat-Tumur.

Sussegwentement, id-dejta tal-espressjoni tad-DEmG ntgħażlet u ntużat bħala d-dejta tal-input għal WGCNA, li identifika 6 moduli ta 'koespressjoni distinti li fihom numru differenti ta' ġeni għal kull modulu (Figura 2(a)). Aħna kkorrelataw ġeni differenzjali ma 'karatteristiċi esterni u identifikajna l-moduli li kienu assoċjati b'mod sinifikanti ma' karatteristiċi kliniċi (Figura 2 (b)). Ibbażat fuq il-koeffiċjent ta 'korrelazzjoni, sibna li l-moduli MEturquoise kienu korrelatati negattivament mal-istatus ta' sopravivenza. L-analiżi tal-arrikkiment tal-mogħdijiet GO u KEGG saru bl-użu ta 'ġeni minn dawn il-moduli (Figuri 2 (c) u 2 (d)). Il-mogħdijiet KEGG l-aktar arrikkit kienu valine, leucine, u degradazzjoni isoleucine; metaboliżmu tal-karbonju; metaboliżmu tal-propanoat; metaboliżmu tal-aċidu xaħmi; degradazzjoni tal-aċidu xaħmi; metaboliżmu ta' perossisome u butanoate; metaboliżmu ta' glycoxylate u dicarboxylate; u l-metaboliżmu tat-triptofan (Figura 2(c)). Il-ġeni relatati mat-termini BP kienu arrikkit b'mod predominanti fi proċessi kataboliċi ta 'molekula żgħira, aċidu karbossiliku u aċidu organiku. Il-ġeni relatati mat-termini CC kienu prinċipalment arrikkit fil-matriċi mitokondrijali. Il-ġeni espressi b'mod differenzjat relatati ma 'MF kienu prinċipalment arrikkit fl-irbit tal-koenzima (Figura 2(d)). Barra minn hekk, għamilna analiżi tas-sopravivenza ta '8 ġeni fil-modulu tas-sopravivenza. Pazjenti b'espressjoni ogħla ta' ACADSB, PANK1, SLC25A4, PCCA, HADH, AUH, ACAT1, u ALDH6A1 kellhom rata ta' sopravivenza itwal minn dawk b'espressjoni aktar baxxa ta' dawn il-ġeni (p=0) (Figuri 2(e)–2( l)).

3. Raggruppament tal-Pazjenti KIRC.

Aħna għażilna l-aqwa DEmGs għall-analiżi tal-clusters; il-pazjenti KIRC ġew miġbura fi tliet gruppi bbażati fuq l-espressjoni differenzjali tal-ġeni metaboliċi. Figura 3(a) turi l-mapep tas-sħana tad-DEmGs fil-pazjenti KIRC. L-iskala tal-kulur tindika l-valur tal-espressjoni (blu ċar jindika valur tal-espressjoni aktar baxx; blu aktar skur jindika valuri ogħla tal-espressjoni tal-ġeni).

Il-kurvi KM ġew ippjanati biex iqabblu s-sopravivenza ġenerali tat-tliet gruppi għall-pazjenti KIRC. Ir-rati ta' sopravivenza ġenerali kienu differenti b'mod sinifikanti fit-tliet gruppi (p <{{0}}:01 Figura 3(b)). Cluster 1 wera rata ta 'sopravivenza agħar meta mqabbla ma' Cluster 2 u Cluster 3. Ir-rata ta 'sopravivenza tal-PFS kienet ukoll differenti b'mod sinifikanti fost it-3 clusters (p <0:001, Figura 3(c)), u l-cluster 1 wera rata ta' sopravivenza PFS agħar meta mqabbla bi cluster 2 u cluster 3.

Kuluri differenti fil-mudell tagħna jirrappreżentaw parametri kliniċi u stadji patoloġiċi sottostanti (Figura 3(d)). Cluster 3 għandu proporzjonijiet Mo aktar baxxi u valur M1 ogħla meta mqabbel ma 'clusters 1 u 2 li jissuġġerixxu metastasi tal-kanċer ogħla u stadju aktar avvanzat ta' tumuri fil-cluster 3 minn clusters 1 u 2. Bl-istess mod, fil-cluster 3, il-kanċer infirex aktar għal-lymph nodes. (ogħla N1) meta mqabbla ma’ dawk fil-gruppi 1 u 2. Ħafna mill-pazjenti KIRC ġew iddijanjostikati fi stadji III u IV (Figuri 3(e) u 3(f)), li jissuġġerixxu tumuri akbar jew estiżi, kif ukoll li jgħaddu id-demm jew is-sistema limfatika għal reġjun imbiegħed fil-ġisem.

4. Status immuni ta 'Tliet Clusters.

Aħna użajna l-algoritmu ESTIMATE biex nistmaw il-punteġġi stromali u immuni ta 'serje ta' tessuti KIRC ibbażati fuq il-profili tat-traskrizzjoni metaboliċi tagħhom (Figura 4(a)). Aktar tard, dawn il-punteġġi tqiesu biex tiġi żviluppata firma ta 'ġeni metaboliċi bbażata fuq punteġġ stromal-immuni għall-istratifikazzjoni tal-pronjosi f'KIRC. Kif muri fil-Figura 4(a), tliet gruppi ta 'clusters (C1, C2, u C3) ġew stratifikati fi plottijiet ta' kaxxa bbażati fuq il-punteġġ stromal-immune tagħhom. Fost it-tliet gruppi, C1 wera punteġġ sinifikanti ogħla kemm fil-klassifikazzjonijiet stromali kif ukoll immuni.

Barra minn hekk, tliet raggruppamenti ġew analizzati minn CIBERSORT b'valur p <0.1 (Figura 4(b)). Il-purità tat-tumur, il-punteġġ immuni, u l-punteġġ stromali flimkien mal-istadji patoloġiċi ta '3 gruppi huma murija fil-quċċata tal-mappa tas-sħana. F'din l-analiżi, sibna l-aktar li ċ-ċelluli T regolatorji (Tregs) kienu arrikkit fil-cluster C1 u l-pazjenti f'C1 kienu prinċipalment fi stadji patoloġiċi III u IV. Barra minn hekk, iċ-ċelluli NK attivati, CD8 flimkien ma 'ċelluli T, ċelluli T helper follikulari, u M0 makrofaġi fil-cluster C1; CD8 flimkien ma 'ċelluli T u ċelluli T helper follikulari fil-cluster C2; u ċelluli mast ta 'mistrieħ, makrofaġi M2, ċelloli T CD4 tal-memorja ta' mistrieħ, monoċiti, ċelluli B naive, u makrofaġi M1 fil-cluster C3 ġew skoperti wkoll (Figura 4(b)).

Minbarra CIBERSORT, użajna pakketti algoritmiċi oħra biex niċċekkjaw l-istatus tal-infiltrazzjoni immuni. Il-mappa tas-sħana ġerarkika tal-analiżi MCP tidher fil-Figura 4(c). Is-sejbiet ewlenin tal-analiżi MCP kienu l-infiltrazzjoni tan-newtrofili u l-infiltrazzjoni taċ-ċelluli endoteljali fil-cluster C3 li kien nieqes fil-cluster C1. Din l-analiżi żvelat ukoll ċelluli NK, nisel monoċitiku, u infiltrazzjoni taċ-ċelluli dendritiċi majelojdi fil-cluster C3. Popolazzjonijiet oħra ta 'ċelluli immuni tħalltu fi tliet gruppi analizzati (Figura 4(c)).

Biex tikkumplimenta l-analiżi CIBERSORT u MCP, applikajna ssGSEA biex tikkwantifika l-livelli ta 'infiltrazzjoni għal tipi ta' ċelluli immuni implimentati fil-pakkett R GSVA. Id-dejta ta 'tliet clusters ġew mitmugħa lill-pakkett ssGSEA u kisbet rikkezza ta' 28 ċellula u tipi relatati mal-immunità f'kampjuni KIRC. Ir-riżultati wrew li C1 u C2 kellhom aktar infiltrazzjoni immuni; xi ċelloli immuni intrinsiċi, inklużi NK, newtrofili u eosinofili, tħalltu fi 3 gruppi (Figura 4(d)).

5. Kostruzzjoni u Validazzjoni tal-Mudell ta' Tbassir Ibbażat fuq DEmGs.

Fl-aħħar nett, bnejna u vvalidajna l-mudell ta 'tbassir ibbażat fuq l-espressjoni differenzjali tal-ġeni metaboliċi. Aħna kkalkulajna l-punteġġ tar-riskju relatat mal-immunità tad-DEmGs ibbażat fuq is-sopravivenza ġenerali. Għal dan il-għan, ħsibna żewġ gruppi għall-evalwazzjoni tal-korrelazzjoni tal-punteġġ tar-riskju; wieħed huwa għall-koorti tat-taħriġ, u l-ieħor għall-koorti tal-ittestjar. Sibna li s-sopravivenza ġenerali kienet baxxa u mifruxa mal-punteġġ tar-riskju (Figuri 5(a) u 5(b)). Sussegwentement, ibbażat fuq il-punteġġ tar-riskju medjan, aħna assenjati pazjenti KIRC għal gruppi ta 'riskju għoli u baxx għal aktar evalwazzjoni. Imbagħad wettaqna analiżi tas-sopravivenza ta 'dawn iż-żewġ gruppi ta' riskju f'koorti ta 'taħriġ u ttestjar. Kif mistenni, il-gruppi ta 'riskju għoli nstabu li għandhom sopravivenza baxxa meta mqabbla mal-gruppi ta' riskju baxx (Figuri 5 (c) u 5 (d)). Barra minn hekk, saret analiżi tal-kurva ROC għal koorti ta 'taħriġ u ttestjar. Aħna osservajna punteġġ ROC ta '0.68 f'5 snin f'koorti ta' ttestjar, li jindika prestazzjoni tajba fit-tbassir tal-pronjosi ta 'KIRC (Figuri 5(e) u 5(f)). Minbarra l-analiżi tal-kurva ROC, wettaqna wkoll il-mudell ta 'rigressjoni LASSO COX biex nivvalidaw il-mudell pronjostiku tagħna kif indikat minn devjazzjoni ta' probabbiltà parzjali (Figura Supplimentari 5 (a)) u koeffiċjent ta 'rigressjoni tad-DEmGs (Figura Supplimentari 5 (b)). Fl-aħħarnett, ħames ġeni (ABCG1, CRYL1, FDX1, PANK1, u SLC44A) kienu mbassra li kienu fatturi pronjostiċi potenzjali b'HR < 1 (Figura Supplimentari 5 (c)).

6. Mekkaniżmi Sottostanti tal-Progressjoni tal-KIRC.

Biex tinvestiga aktar il-mekkaniżmu sottostanti għall-progressjoni tal-KIRC, għamilna analiżi tal-espressjoni differenzjali fost il-clusters kollha u użajna plott tal-mappa tas-sħana biex nħarsu r-riżultati (Figura 6 (a)). Biex nidentifikaw il-mogħdijiet ta 'sinjalazzjoni tad-DEmGs, wettaqna analiżi ta' arrikkiment KEGG u GO tad-DEGs fi tliet gruppi. Fil-qosor, dawn ir-riżultati wrew li DEGs ta 'tliet clusters kienu prinċipalment arrikkit fl-adeżjoni fokali, il-mogħdija ta' sinjalazzjoni Foxo, u l-mogħdija ta 'sinjalazzjoni Apelin għal cluster C3 u assorbiment minerali, formazzjoni ta' nassa extraċellulari newtrofili, u infezzjoni ta 'staphylococcus aureus għal cluster C2 (Figura 6 (b)). Barra minn hekk, l-analiżi funzjonali GO tad-DEGs kixfet ontoloġiji relatati mal-MF-, CC-, u BP murija fil-Figura 6(c). Interessanti, l-analiżi tal-espressjoni differenzjali żvelat imġieba anormali tar-regolamentazzjoni tal-ġeni fi tliet gruppi. L-aktar, NUDT1 kien espress ħafna f'C1, li kellu l-agħar sopravivenza. Investigazzjoni ulterjuri wriet li l-espressjoni NUDT1 kienet irregolata b'mod sinifikanti permezz tal-progressjoni minn C1 għal C3 (Figura 6 (d)). Barra minn hekk, instab li n-NUDT1 kien regolat 'il fuq fil-kampjuni tat-tumur KIRC (Figura 6(e)). Sussegwentement, enfasizzajna l-espressjoni NUDT1 fl-istadji ta 'kull tumur (Figura 6 (f)). L-analiżi tas-sopravivenza ġenerali saret ukoll mill-plotter Kaplan-Meier, u sibna li pazjenti b'espressjoni ogħla ta' NUDT1 kellhom sopravivenza globali agħar (HR=1:82 (1.34–2.48), log-rank p {{27} }:00012) (Figura 6(g)).

Fl-aħħar nett, wettaqna analiżi ta' arrikkiment funzjonali KEGG u GO għal ġeni li jinteraġixxu ma' NUDT1. Il-ġeni kienu maqsuma f'żewġ gruppi—korrelatati b'mod pożittiv ma 'NUDT1 u korrelati negattivament ma' NUDT1. L-analiżi tal-mogħdija KEGG wriet li l-ġeni korrelatati b'mod pożittiv kienu arrikkit prinċipalment fil-mogħdija ribosomali, il-marda ta 'Huntington, l-isklerożi laterali amiotrofika u l-marda ta' Alzheimer. Min-naħa l-oħra, il-ġeni korrelatati negattivament ġew arrikkit prinċipalment fl-epatite B u s-sinjalar Foxo (Figura 6 (h)). Barra minn hekk, l-ontoloġija GO ta 'tliet gruppi differenti MF, CC, u BP għal ġeni korrelatati kemm b'mod pożittiv kif ukoll negattiv intweriet fil-Figura 6 (i). Barra minn hekk, sibna li l-espressjoni ta 'NUDT1 kienet korrelata ħafna mal-infiltrazzjoni ta' ċelloli immuni (Figura Supplimentari 6) u karatteristiċi kliniċi differenti tal-pazjenti KIRC (Tabella 1).

Supplimenti ta' Cistanche

7. Telf ta 'NUDT1 Jinibixxi l-Proliferazzjoni u l-Migrazzjoni taċ-Ċelloli tal-Kanċer tal-Klieni.

Sussegwentement, qabbilna l-livell ta 'espressjoni ta' NUDTI fit-tessuti KIRC u t-tessuti normali assoċjati tagħhom, li żvela li NUDT1 huwa espress ħafna fit-tessuti KIRC (Figura 7(a)). Barra minn hekk, iddeterminajna l-effetti tat-telf ta 'NUDT1 fuq il-linji taċ-ċelluli tal-kanċer tal-kliewi billi nużaw inibizzjoni medjata minn siRNA. NUDT1 kien immirat għal knockdown ta 'siRNA f'żewġ linji taċ-ċelluli 786-O u ACHN u l-livelli ta' mRNA NUDT1 ġew inibiti b'suċċess kif muri mill-analiżi qPCR (Figura 7(b)). Wara l-knockdown medjat mis-siRNA ta 'NUDT1, l-assaġġ tal-vijabbiltà taċ-ċelluli wera vijabbiltà taċ-ċelluli mnaqqsa fiż-żewġ linji taċ-ċelluli (Figuri 7 (c) u 7 (d)). Wara, l-assaġġ tal-migrazzjoni taċ-ċelluli mal-waqgħa ta' NUDT1 wera migrazzjoni taċ-ċelluli mnaqqsa b'mod sinifikanti f'ċelloli NUDT1-eżawriti 786-O u ACHN (Figuri 7(e) u 7(f)). Il-kapaċità ta' migrazzjoni taċ-ċelloli 786-O tnaqqset għal madwar 50 fil-mija, u ġie osservat tnaqqis ta' 70 fil-mija fiċ-ċelloli ACHN mal-waqgħa NUDT1 (Figura 7(f)). L-invażjoni taċ-ċelluli kienet ukoll inibita fiż-żewġ linji taċ-ċelluli meta l-ġene NUDT1 ġie knocked down (Figuri 7(g) u 7(h)). Biex nikkumplimentaw il-migrazzjoni, għamilna wkoll analiżi tal-fejqan tal-feriti meta NUDT1 kien eżawrit minn 786-O u linji taċ-ċelluli ACHN u osservajna riżultati simili ta’ kapaċità mnaqqsa ta’ fejqan tal-feriti fiż-żewġ linji taċ-ċelluli nieqsa minn NUDT1 (Figuri 7(l)– 7(n)). Ibbażat fuq dawn ir-riżultati, aħna ipoteżijna li t-telf ta 'NUDT1 jista' jwassal għal apoptosi fiċ-ċelloli tal-kanċer tal-kliewi. Għalhekk, aħna kejlu l-perċentwal taċ-ċelloli apoptotiċi fuq sajlenser ta 'NUDT1. Interessanti, skoprejna li l-perċentwal ta 'ċelluli apoptotiċi żdied b'mod sinifikanti f'ċelloli eżawriti NUDT1-(Figuri 7(i)–7(k)).

Diskussjoni

Il-karċinoma taċ-ċelluli ċari tal-kliewi tal-kliewi (KIRC) hija waħda mill-aqwa kanċers li jseħħu b'mod komuni madwar id-dinja, li ġeneralment ma juru l-ebda sintomi bikrin sakemm it-tumur isir kbir biżżejjed; għalhekk, ir-rata tal-mortalità hija relattivament għolja [18-20]. Għalhekk, huwa meħtieġ li tiġi investigata l-karċinoġenesi ta 'KIRC u li jiġu identifikati bijomarkaturi utli għad-dijanjosi bikrija tiegħu. Madankollu, s'issa għarfien limitat huwa stabbilit dwar il-patoġenesi u l-karċinoġenesi ta' KIRC. Barra minn hekk, ma ġewx ivvalidati ħafna markaturi molekulari għall-prattika klinika. It-teknoloġija avvanzata ta' sekwenzar ta' produzzjoni għolja u bijoinformatika jagħmluha possibbli li jintgħażlu bijomarkaturi effettivi [21]. Id-dejta tas-sekwenzjar tal-RNA u l-annotazzjonijiet kliniċi ta’ aktar minn ħames mitt każ KIRC huma disponibbli b’mod liberu fuq id-database tat-TCGA. Filwaqt li nieħdu vantaġġ minn din id-dejta disponibbli liberament minn TCGA, analiznajna d-dejta tas-sekwenza tal-RNA għal ġeni metaboliċi espressi b'mod differenzjat f'kampjuni ta 'tumur vs tessut normali. Fost ġeni upregulated u downregulated, aħna identifikajna l-aqwa 10 ġeni metaboliċi espressi b'mod differenzjat (DEmGs). Aħna nemmnu li l-ġeni metaboliċi għandhom funzjonijiet diversi f'KIRC; xorta waħda, is-sejba ta' markaturi dijanjostiċi u terapewtiċi xierqa tista' tkun sfida mill-ġabra ta' ġeni b'funzjonijiet diversifikati.

Preċedentement, studji stmaw l-infiltrazzjoni taċ-ċelluli immuni fil-mikroambjent tat-tumur ta 'diversi kanċers. Ġiet studjata relazzjoni bejn iċ-ċelloli immuni tat-tumur u l-anġjoġenesi fid-dejta tal-kampjuni KIRC miksuba minn TCGA, u RFX2, SOX13, u THRA ġew identifikati bħala l-aqwa tliet MTFs fir-regolazzjoni tal-firma tal-anġjoġenesi f'pazjenti KIRC [4]. Barra minn hekk, żewġ mudelli ta 'modifika m6A indipendenti jikkontrollaw funzjonijiet bijoloġiċi, karatteristiċi immunoloġiċi, u pronjosi ta' KIRC [22]. Il-proteina 5 relatata mal-awtofaġija (ATG5) ġiet marbuta mal-progressjoni ta' diversi kanċers inkluż KIRC [23]. Fl-analiżi attwali, xi wħud mill-ġeni espressi b'mod differenzjali inklużi PBRM1, SET2, VHL, u BAP1 urew korrelazzjoni sinifikanti ma 'mogħdijiet metaboliċi fid-dejta KIRC. Għal aktar investigazzjoni fil-fond, aħna ġabarna l-pazjenti bbażati fuq id-DEmGs; raggruppament 1 wera rata ta' sopravivenza ġenerali agħar meta mqabbla mar-raggruppamenti l-oħra; xorta waħda, il-pazjenti KIRC fil-cluster 3 għandhom stadji avvanzati tat-tumur u għandhom lymph nodes għolja (ogħla N1) meta mqabbla ma 'dawk fil-clusters 1 u 2, li juru metastasi tal-kanċer u espansjoni ta' tumuri fil-cluster 3. Juri numru inqas ta 'ġeni metaboliċi fi gruppi assoċjati mal-metastasi tal-kanċer.

Barra minn hekk, punteġġi ta 'infiltrazzjoni immuni fi gruppi differenti juru C1 b'punteġġi għoljin fil-klassifikazzjonijiet stromali u immuni. Ta 'min jinnota, pazjenti C1 fi stadji patoloġiċi III u IV għandhom infiltrazzjoni għolja ta' ċelluli T flimkien ma 'ċelluli T CD8 flimkien ma' ċelluli T helper follikulari, u makrofaġi. Filwaqt li wkoll ikollha Tregs abbundanti. It-Tregs għandhom rwol vitali fit-tolleranza immuni u l-omeostasi [24]. F'ħafna kanċers bħall-kanċer tal-kolon, kanċer tas-sider, u kanċer tal-frixa, il-persentaġġ miżjud ta 'Tregs huwa assoċjat mal-pronjosi ħażina tal-kanċer [25, 26]. Il-m0 makrofaġi jinduċi l-invażjoni u l-proliferazzjoni taċ-ċelloli [27], u livelli elevati tal-makrofaġi huma assoċjati ma' pronjosi ħażina fl-RCC [28]. Bl-istess mod, iċ-ċelluli CD8 flimkien ma 'T huma magħrufa bħala ċ-ċelluli antitumorali ewlenin u l-aqwa għażla għal terapija ta' ċelluli immuni mmirati għall-kanċer [29]. Għalkemm C1 għandu l-ogħla infiltrazzjoni ta 'ċelluli CD8 plus T minn raggruppamenti oħra, kellu l-agħar sopravivenza ġenerali.

Herba Cistanche

Aħna użajna tliet metodi CIBERSORT, MCP, u ssGSEA biex nistudjaw l-infiltrazzjoni taċ-ċelluli immuni fil-mikroambjent tat-tumur KIRC. Il-metodu tradizzjonali biex titkejjel l-infiltrazzjoni immuni tat-tumur huwa permezz tal-istoloġija fuq sezzjonijiet tat-tessuti u sottogruppi immuni dedotti mill-immunoistokimika ta 'markaturi individwali. Madankollu, hemm diversi limitazzjonijiet fejn l-immunoistokimika ma tistax tidentifika ħafna popolazzjonijiet immuni u taħdem ħażin fil-qbid ta' fenotipi funzjonali (eż., limfoċiti attivati ​​vs. mistrieħ). Għalhekk, użajna CIBERSORT, approċċ komputazzjonali żviluppat minn [30] li jindirizza l-isfidi li jiffaċċjaw l-immunoistokimika. Minbarra CIBERSORT, użajna pakketti algoritmiċi oħra biex niċċekkjaw l-istatus tal-infiltrazzjoni immuni. Dan għaliex CIBERSORT ikejjel biss proporzjonijiet intrakampjuni ta 'popolazzjonijiet ta' ċelluli immuni li jistgħu jiġu solvuti b'pakkett ieħor bħall-MCP-counter li jista 'jistma l-popolazzjoni taċ-ċelluli f'abbundanza li jippermetti paragun bejn il-kampjuni ta' ċelluli li jinfiltraw fil-mikroambjent tat-tumur [31]. Biex nikkumplimentaw l-analiżi CIBERSORT u MCP, applikajna ssGSEA biex tikkwantifika l-livelli ta 'infiltrazzjoni għal tipi ta' ċelluli immuni implimentati fil-pakkett R GSVA [32, 33]. Il-GSA huwa metodu bbażat fuq rank li jikkalkula espressjoni żejda għal-lista ta' interess ta' ġene relattiva għall-ġeni l-oħra kollha fil-ġenoma. Is-CIBERSORT wera riżultati aħjar meta mqabbel maż-żewġ metodi l-oħra; għalhekk, saru aktar analiżi minn data miksuba minn CIBERSORT.

Barra minn hekk, iffukajna fuq il-mekkaniżmu sottostanti tal-progressjoni KIRC permezz ta 'analiżi ta' espressjoni differenzjali bbażata fuq id-dejta RNA-seq. B'mod ġenerali, immirajna espressjoni differenzjali anormali tal-ġeni komuni fost tliet gruppi. Ħafna mill-ġeni kienu regolati 'l isfel ħlief NUDT1 f'C1; madankollu, l-espressjoni tagħha kienet irregolata b'mod sinifikanti permezz tal-progressjoni minn C1 għal C3. Għalhekk, NUDT1 ġie vvalidat aktar għar-rwol tiegħu fil-progressjoni tal-KIRC. L-inibizzjoni medjata minn siRNA tal-espressjoni tal-ġeni NUDTI f'żewġ linji taċ-ċelluli KIRC (786-O u ACHN) naqqset il-vijabbiltà taċ-ċelluli u l-migrazzjoni taċ-ċelluli u żiedet l-apoptosi, li tikkonferma r-rwol tagħha fil-progressjoni tat-tumur. Preċedentement, ġie rrappurtat li l-livell ta 'espressjoni NUDT1 ikkorrelata mal-grad tat-tumur, l-istadju, id-daqs, id-divrenzjar, il-grad ta' invażjoni vaskulari, is-sopravivenza ġenerali (OS), u s-sopravivenza mingħajr mard (DFS) f'pazjenti HCC, imbassra wkoll bħala markatur pronjostiku b'potenzjali terapewtiċi f'pazjenti HCC [34]. L-espressjoni żejda ta 'NUDT1 fl-ipertensjoni arterjali pulmonari tnaqqas l-istress ossidattiv u l-ħsara fid-DNA, u għalhekk tippromwovi l-proliferazzjoni taċ-ċelluli u tnaqqas l-apoptożi [35]. Intwera li pazjenti b'karċinoma taċ-ċelluli squamous orali (OSCC) li għandhom espressjoni għolja ta 'NUDT1 urew rata ta' sopravivenza fqira [36]. Abbażi tal-fatt li m'hemmx biżżejjed letteratura disponibbli dwar ir-rwol ta' NUDTI fil-kanċer u, s'issa, l-ebda studju qatt ma rrapporta r-rwol tiegħu fil-KIRC, għalhekk, qed nirrappurtaw għall-ewwel darba r-rwol ta' NUDTI fil-progressjoni tal-KIRC. L-istudju attwali kellu xi limitazzjonijiet; għalkemm ir-riċerka tagħna sabet li l-firma tista 'tkun assoċjata ma' immunoterapija ta 'KIRC, l-effikaċja tal-firma ma setgħetx tiġi vvalidata minħabba n-nuqqas ta' dejta, il-mekkaniżmi sottostanti potenzjali, u r-rwoli funzjonali ta 'NUDT1 f'KIRC u l-prattika klinika jeħtieġu aktar esplorazzjoni.

Cistanche tubulosa

Konklużjonijiet

Aħna skrinjajna ġeni metaboliċi disregolati bejn tessuti normali u tat-tumur u esplorajna l-funzjoni tagħhom. L-analiżi WGCNA identifikat grupp ta 'ġeni korrelatati mal-istatus ta' sopravivenza ta 'KIRC. Raggruppament ta 'kunsens ibbażat fuq ġeni relatati mas-sopravivenza wera tliet gruppi b'rati ta' sopravivenza differenti u mudelli ta 'infiltrazzjoni immuni. NUDT1 ikkorrelata b'mod negattiv mas-sopravivenza, u aktar analiżi wrew li l-knockdown ta 'NUDT1 jinibixxi l-proliferazzjoni u l-migrazzjoni taċ-ċelluli tat-tumur. Ta 'min jinnota, inbena mudell ta' tbassir ibbażat fuq ġeni relatati mas-sopravivenza, li wera effiċjenza għolja fit-tbassir tas-sopravivenza ta 'KIRC. Bħala konklużjoni, għamilna analiżi eżawrjenti tal-ġeni metaboliċi f'KIRC u identifikajna NUDT1 bħala onkoġenu li jista 'jintuża bħala mira terapewtika u pronjostika.

L-Effett tal-Estratt ta 'Cistanche fuq it-trasparenza tal-kliewi

Hemm evidenza xjentifika limitata dwar l-effett ta' Cistanche fuq it-trasparenza tal-kliewi. Madankollu, xi studji jissuġġerixxu li l-estratt ta 'Cistanche jista' jkollu impatt pożittiv fuq is-saħħa tal-kliewi.

Il-kliewi huma responsabbli biex jiffiltraw l-iskart u t-tossini mill-ġisem, u s-saħħa tagħhom hija essenzjali għall-benessri ġenerali. Studji wrew li l-estratt ta 'Cistanche għandu proprjetajiet anti-ossidanti u anti-infjammatorji qawwija, li jistgħu jgħinu biex jipproteġu kontra l-istress ossidattiv u l-infjammazzjoni fil-kliewi.

Fil-mediċina tradizzjonali Ċiniża, Cistanche tintuża wkoll biex tonifika l-kliewi u ttejjeb il-funzjoni tagħhom. Xi prattikanti jemmnu li l-konsum regolari ta 'estratt ta' Cistanche jista 'jgħin biex ittejjeb it-trasparenza tal-kliewi, għalkemm din it-talba mhix sostnuta minn riċerka klinika robusta.

Għalhekk, riċerka aktar rigoruża hija meħtieġa biex jifhmu bis-sħiħ il-benefiċċji potenzjali tal-estratt ta 'Cistanche fuq it-trasparenza tal-kliewi. Madankollu, bħal kull suppliment tad-dieta jew terapija alternattiva, huwa importanti li tikkonsulta ma 'professjonist fil-kura tas-saħħa qabel ma tinkorpora żidiet ġodda fid-dieta tiegħek, partikolarment jekk għandek kundizzjonijiet mediċi pre-eżistenti.

Referenzi

[18] RL Siegel, KD Miller, u A. Jemal, "Cancer statistics, 2019," CA: A Cancer Journal for Clinicians, vol. 69, Nru. 1, pp. 7–34, 2019.

[19] RL Siegel, KD Miller, HE Fuchs, u A. Jemal, "Cancer statistics, 2021," CA: A Cancer Journal for Clinicians, vol. 71, Nru. 1, pp. 7–33, 2021.

[20] JC Angulo u O. Shapiro, "The changing therapeutic landscape of metastatic renal cancer," Cancers, vol. 11, Nru. 9, p. 1227, 2019.

[21] AK Sharma, "Emerging trends in biomarker discovery: ease of pronjosi u tbassir fil-kanċer," Seminars in Cancer Biology, vol. 52, Parti 1, pp iii–iv, 2018.

[22] H. Li, J. Hu, A. Yu et al., "Modifikazzjoni ta 'RNA ta' N6- methyladenosine tbassar fenotipi immuni u opportunitajiet terapewtiċi fil-karċinoma taċ-ċelluli ċari tal-kliewi tal-kliewi," Frontiers in Oncology, vol. 11, artikolu 642159, 2021.

[23] C. Xu, Y. Zang, Y. Zhao, et al., "Analiżi komprensiva pan-kanċer ikkonfermat li ATG5 ippromwova ż-żamma tal-metaboliżmu tat-tumur u l-okkorrenza ta 'ħarba immuni tat-tumur," Frontiers in Oncology, vol. 11, artikolu 652211, 2021.

[24] Y. Takeuchi u H. Nishikawa, "Roles of regulatory T cells in cancer immunity," Immunoloġija Internazzjonali, vol. 28, Nru. 8, pp. 401–409, 2016.

[25] C. Zhuo, Y. Xu, M. Ying, et al., "FOXP3 flimkien ma' Tregs: fenotipi eteroġeni u impatti konfliġġenti fuq ir-riżultati tas-sopravivenza f'pazjenti b'kanċer tal-kolorektum," Immunologic Research, vol. 61, Nru. 3, pp. 338–347, 2015.

[26] H. Wang, F. Franco, u PC Ho, "Regolamentazzjoni metabolika ta 'Tregs fil-kanċer: opportunitajiet għall-immunoterapija," Trends Cancer, vol. 3, Nru. 8, pp. 583–592, 2017.

[27] BZ Qian u JW Pollard, "Id-diversità tal-makrofagi ttejjeb il-progressjoni tat-tumur u l-metastasi," Cell, vol. 141, Nru. 1, pp. 39–51, 2010.

[28] A. Hajiran, N. Chakiryan, AM Aydin, et al., "Rikonoxximent ta 'eteroġeneità spazjali tal-mikroambjent immuni tat-tumur f'karċinoma metastatika taċ-ċelluli renali u korrelazzjoni mar-rispons ta' immunoterapija," Immunoloġija Klinika u Sperimentali, vol. 204, Nru. 1, pp. 96–106, 2021.

[29] B. Farhood, M. Najafi, u K. Mortezaee, "CD8( plus ) cytotoxic T lymphocytes in cancer immunotherapy: a review," Journal of Cellular Physiology, vol. 234, Nru. 6, pp. 8509–8521, 2019.

[30] AM Newman, CL Liu, MR Green, et al., "Enumerazzjoni robusta ta' sottogruppi ta' ċelluli minn profili ta' espressjoni tat-tessuti," Nature Methods, vol. 12, Nru. 5, pp. 453–457, 2015.

[31] E. Becht, NA Giraldo, L. Lacroix, et al., "Stima tal-abbundanza tal-popolazzjoni ta 'popolazzjonijiet ta' ċelluli immuni u stromali li jinfiltraw fit-tessuti bl-użu tal-espressjoni tal-ġeni," Bijoloġija tal-Ġenomi, vol. 17, Nru. 1, p. 218, 2016.

[32] DA Barbie, P. Tamayo, JS Boehm, et al., "Interferenza sistematika RNA tiżvela li l-kanċers onkoġeniċi mmexxija minn KRAS jeħtieġu TBK1," Nature, vol. 462, Nru. 7269, pp. 108–112, 2009.

[33] S. Hanzelmann, R. Castelo, u J. Guinney, "GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data," BMC Bioinformatics, vol. 14, Nru. 1, 2013.

[34] Q. Ou, N. Ma, Z. Yu et al., "Nudix hydrolase 1 huwa bijomarkatur pronjostiku fil-karċinoma epatoċellulari," Aging, vol. 12, Nru. 8, pp. 7363–7379, 2020.

[35] G. Vitry, R. Paulin, Y. Grobs, et al., "Oxidized DNA precursors cleanup by NUDT1 contributes to vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension," American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, vol. 203, Nru. 5, pp. 614–627, 2021.

[36] Y. Shen, L. Zhang, S. Piao, et al., "NUDT1: tbassir indipendenti potenzjali għall-pronjosi ta 'pazjenti b'karċinoma taċ-ċelluli squamous orali," Journal of Oral Pathology & Medicine, vol. 49, Nru. 3, pp. 210–218, 2020.

Junwei Xie,1,2,3,4,5 Lingang Cui,6 Shaokang Pan,1,2,3,4,5 Dongwei Liu,1,2,3,4,5 Fengxun Liu,1,2,3,4 ,5 u Zhangsuo Liu 1,2,3,4,5

1 Dipartiment tan-Nefroloġija, L-Ewwel Sptar Affiljat tal-Università ta 'Zhengzhou, Zhengzhou 450052, iċ-Ċina

2 Istitut tar-Riċerka tan-Nefroloġija, Università ta 'Zhengzhou, Zhengzhou 450052, iċ-Ċina

3 Ċentru ta 'Riċerka għall-Mard tal-Kliewi, Zhengzhou, 450052 Henan, iċ-Ċina

4 Laboratorju Ewlenin ta’ Dijanjosi ta’ Preċiżjoni u Trattament għal Mard Kronika tal-Kliewi fil-Provinċja ta’ Henan, Zhengzhou 450052, iċ-Ċina

5 Unità ċentrali taċ-Ċentru Nazzjonali ta' Riċerka Medika Klinika tal-Mard tal-Kliewi, Zhengzhou 450052, iċ-Ċina

6 Dipartiment tal-Uroloġija, L-Ewwel Sptar Affiljat tal-Università ta 'Zhengzhou, Zhengzhou 450052, iċ-Ċina