Mekkaniżmi ta 'effetti simili ta' estroġenu ta 'cistanche desertIcola glycosides: għarfien minn farmakoloġija tan-netwerk u transcriptomics

3. Riżultati sperimentali

3.1 Riżultati ta 'analiżi tal-farmakoloġija tan-netwerk

3.1.1 Analiżi tan-Netwerk ta 'Effetti simili ta' Estroġenu tal-Komponenti Attivi ta 'GCS

Total ta '40 kompost f'GCs (Tabella 1) ġew analizzati bl-użu ta 'Tcmsp, SymmAp, Eċċ, Stitch, uQSARDatabases. Wara t-tneħħija tad-duplikati, inġabru 183 miri. Mill -GenecardsuOmimDatabases, "defiċjenza ta 'estroġenu" jew "livelli baxxi ta' estroġenu" intużaw bħala kliem ewlieni biex jiġu rkuprati miri relatati mal-mard. Il-kombinazzjoni tal-miri miż-żewġ sorsi u t-tneħħija tad-duplikati rriżultat fi 1,712 miri tal-marda.

UżaCytoscape v3.9.1, ġie viżwalizzat netwerk "kompost - mira" (Figura 1). In-netwerk kien jinkludi 223 nodi: 40 nodi li jirrappreżentaw il-komponenti attivi tal-GCs u 183 nodi li jirrappreżentaw il-miri, konnessi minn 253 truf. Bl-użu tal-pjattaforma onlajn tad-dijagramma Venn, l-intersezzjoni tal-ġeni fil-mira speċifika għall-40 GCS u l-ġeni fil-mira simili għall-estroġenu taw 72 ġeni mmirati li jixbħu "GCS-estrogen (Figura 2).

 

Supplimenti Cistanche għal disfunzjoni sesswali maskili

WhatsApp us għal aktar dettalji

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Skrining tal-miri ewlenin u analiżi tan-netwerk PPI

Il-parametri topoloġiċi tan-netwerk (grad, ċentralità bejniethom u ċentralità tal-qrubija) ġew analizzati. Il-valuri medjani ta 'dawn il-parametri ntużaw bħala limiti. Il-miri li jissodisfaw it-tliet kriterji tal-limitu ġew magħżula bħala miri ewlenin għall-effetti simili għall-estroġenu tal-GCs. Total ta '24 mira ewlenin ġew identifikati. UżaCytoscape v3.9.1, ġie viżwalizzat netwerk ta '"kompost - core mira - simili għall-estroġenu" (Figura 3). Barra minn hekk, inbena netwerk IPP tal-miri ewlenin (Figura 4).

 

3.1.3 Mur Analiżi tal-Arrikkiment tal-Pathway Funzjonali u Kegg

Mill-analiżi funzjonali tal-GO, ġew identifikati 35 iskrizzjoni sinifikanti. Ibbażat fuq valuri p ikkoreġuti, ġew magħżula l-aqwa 20 mogħdijiet (Figura 6). Dawn il-funzjonijiet molekulari involuti primarjament bħalma huma t-twaħħil tar-riċetturi taċ-ċitokina, ir-riċetturi ta 'l-estroġenu li jorbtu, it-twaħħil tar-riċettur tal-fattur ta' tkabbir, u l-attività tar-riċetturi nukleari.

Analiżi tal-arrikkiment tal-mogħdija KEGG identifikat 83 mogħdijiet ta 'sinjalazzjoni sinifikanti. L-aqwa 20 mogħdijiet, ikklassifikati minn valuri p ikkoreġuti, ġew viżwalizzati (Figura 7). Mogħdijiet ewlenin relatati mal-estroġenu inklużi:

Fattur tan-nekrożi tat-tumur (TNF) mogħdija ta 'sinjalazzjoni

Interleukin -17 (il -17) mogħdija ta 'sinjalazzjoni

Fattur ta 'l-ipoksja-induttibbli -1 (hif -1) mogħdija ta' sinjalazzjoni

Pathway ta 'sinjalazzjoni ta' estroġenu

Dawn il-mogħdijiet għandhom rwoli kritiċi fl-effetti simili għall-estroġenu tal-GCs.

3.2 Integrazzjoni ma 'dejta transcriptomic

3.2.1 Analiżi tal-korrelazzjoni bejn miri previsti u dejta transcriptomic

Billi tuża l-HGNCDejtabejż, l-24 ġene fil-mira tal-qalba mbassra mill-farmakoloġija tan-netwerk ġew konvertiti f'ġeni omologi tal-far, li jirriżulta f'31 ġene. Wara li tneħħew id-duplikati, 29 ġene baqgħu. Billi tqabbel ma 'dejta transcriptomic, id-29 miri ewlenin kollha (minbarraMCL1uGCG) wera bidliet fl-espressjoni tal-ġeni. Ir-riżultati huma murija fit-Tabella 2.

3.2.2 Analiżi tal-Korrelazzjoni bejn il-Pathways KEGG mill-Farmakoloġija tan-Netwerk u t-Traskrizzjoni

Wara l-konverżjoni tal-ġeni tal-mira ewlenin f'ġeni tal-far omologi, saret analiżi ta 'arrikkiment ta' KEGG Pathway. Total ta '1 0 8 mogħdijiet (ma' padjust <0. 05) ġew identifikati għall-ġeni fil-mira tal-qalba. Analiżi ta 'arrikkiment ta' KEGG ta 'data ta' sekwenzar transcriptomic identifikat 107 mogħdijiet (b'PADJust <0.05). Ir-riżultati tal-analiżi tal-korrelazzjoni bejn il-farmakoloġija tan-netwerk u t-transcriptomics huma murija fil-Figura 8.

Kien hemm 68 mogħdijiet li jikkoinċidu, inklużi:

Pathway ta 'sinjalazzjoni ta' estroġenu

Pathway ta 'sinjalazzjoni tal-kamp

Pathway ta 'sinjalazzjoni TNF

Il-mogħdijiet li jikkoinċidu ammontaw għal aktar minn 60% tal-mogħdijiet totali.