Kompetizzjoni Ta' Varjanti ta' SARS-CoV-2 Fuq Id-Dinamika tat-Trażmissjoni Pandemika

A B S T R A C T 

SARS-CoV-2 ipproduċa diversi varjanti matul l-evoluzzjoni kontinwa tiegħu. L-imġiba kompetittiva mmexxija mill-ko-trasmissjoni ta 'dawn il-varjanti influwenzat id-dinamika tat-trażmissjoni tal-pandemija. Għalhekk, l-istudju tal-impatt tal-kompetizzjoni bejn il-varjanti ta' SARS-CoV-2 fuq id-dinamika tat-trażmissjoni tal-pandemija huwa ta' importanza prattika konsiderevoli. Sabiex nifformalizzaw il-mekkaniżmu tal-kompetizzjoni bejn il-varjanti ta' SARS-CoV-2, nipproponu mudell ta' epidemija li jqis il-ko-trasmissjoni ta' varjanti li jikkompetu. Il-mudell jiffoka fuq kif l-immunità inkroċjata tinfluwenza d-dinamika tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2 permezz ta' mekkaniżmi kompetittivi bejn ir-razez. Sibna li l-kompetizzjoni bejn ir-razza taffettwa mhux biss kemm id-daqs finali kif ukoll il-ħin ta 'sostituzzjoni tal-varjanti, iżda wkoll l-imġieba invażiva ta' varjanti ġodda fil-futur. Minħabba l-firxa limitata ta 'cross-immunity fil-popolazzjonijiet preċedenti, aħna nbassru li r-razza l-ġdida tista' tinfetta l-akbar numru ta 'individwi fiċ-Ċina mingħajr interventi ta' kontroll. Barra minn hekk, osservajna wkoll il-possibbiltà ta 'tifqigħat perjodiċi fl-istess nisel u l-possibbiltà ta' qawmien mill-ġdid ta 'nisel preċedenti. Mingħajr l-invażjoni ta 'varjant ġdid, il-varjant preċedenti (varjant Delta) huwa pproġettat li jerġa' jqajjem kmieni kemm fl-2023. Madankollu, il-qawmien tiegħu jista 'jiġi evitat b'varjant ġdid b'vantaġġ kompetittiv akbar.

cistanche tubulosa-titjib tas-sistema immuni

Ikklikkja hawn biex tara l-prodotti Cistanche Enhance Immunity

【Staqsi għal aktar】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

1. Introduzzjoni

COVID-19 infirex malajr madwar id-dinja minn meta ġie identifikat għall-ewwel darba f'Wuhan, iċ-Ċina, f'Novembru 2019 [1]. L-ewwel mutazzjoni skoperta, D614G, ħadet id-dinja f'Lulju 2020 [2]. F'Settembru tal-istess sena, bl-ewwel skoperta tal-varjant B.1.1.7 (Alpha) fir-Renju Unit [3], l-istorja evoluzzjonarja tal-COVID-19 bdiet kompletament, u l-gwerra bejn il-bnedmin u l-COVID -19 varjanti bdew uffiċjalment. Bl-iskoperta tal-varjant B.1.351 (Beta) fl-Afrika t'Isfel [4], il-ħarba immuni saret tħassib globali [5]. Madankollu, id-dominanza tar-razez Beta dalwaqt ġiet sostitwita mir-razza B.1.617.2 (Delta) [6]. Eżatt meta ħsibna li r-razza Delta kienet laħqet il-quċċata tal-evoluzzjoni tal-virus SARS-CoV-2, ġiet sostitwita malajr mir-razza B.1.1.529 (Omicron), li għandha kemm trażmissjoni akbar kif ukoll kapaċità ta' ħarba immuni [ 7–11]. Matul l-evoluzzjoni tas-subvarjanti Omicron, kien hemm titjib kemm fil-kapaċità ta 'trażmissjoni kif ukoll fil-kapaċità ta' evażjoni immuni tas-subvarjanti Omicron [12,13]. BA.4/5, jiġifieri, subvarjant wieħed Omicron, l-ewwel identifikat fl-Afrika t'Isfel, issa huwa r-razza dominanti mad-dinja kollha minħabba l-vantaġġ tagħha tal-kompetizzjoni [14,15]. Il-kompetizzjoni bejn ir-razez hija komuni fid-dinja reali [16–18]. Patoġeni bħall-influwenza A, dengue, u meninġite huma eżempji ta 'infezzjonijiet b'diversi razez li jġibu ruħhom b'mod kompetittiv f'popolazzjoni jew f'ospitant wieħed. Ir-relazzjoni kompetittiva teżisti wkoll f'varjanti ta' SARS-CoV-2 [19–21]. Varjanti ta' SARS-CoV-2 jrażżnu lil xulxin permezz ta' mġiba kompetittiva, u varjanti b'vantaġġ kompetittiv jiddominaw, li jaffettwa d-dinamika ta' trażmissjoni ta' SARS-CoV-2. Il-kompetizzjoni bejn razez ħafna drabi tirriżulta fl-emerġenza ta 'razez mutanti, u dawn ir-razez ġodda għandhom vantaġġ kompetittiv f'termini ta' trasmissjoni, li jwassal għal tifqigħat ta 'epidemija fuq skala globali [22,23]. L-imġiba kompetittiva bejn ir-razez mhux biss taffettwa l-evoluzzjoni tal-patoġenu nnifsu fuq skala mikroskopika iżda wkoll għandha rwol importanti ħafna fit-tixrid tal-marda fil-popolazzjoni fuq skala makroskopika [24-27].

Ekoloġikament, il-kompetizzjoni bejn ir-razez hija mmexxija minn cross-immunity, li twassal għal dinamika ta 'trażmissjoni kumplessa ta' epidemiji, bħall-emerġenza ta 'mewġ epidemiku perjodiku [28-30]. L-epidemija globali attwali tas-SARS-CoV-2 turi xejra b'ħafna mewġ minħabba mutazzjonijiet ta' razez. Individwi bi storja ta' infezzjoni SARS-CoV-2- 2 x'aktarx li jerġgħu jiġu infettati bil-varjant il-ġdid minħabba cross-immunity parzjali [31]. Il-protezzjoni trans-immuni miksuba wara l-infezzjoni bir-razza Omicron hija ħafna aktar b'saħħitha minn dik miksuba wara l-infezzjoni bir-razza Delta [32-36]. Madankollu, mhuwiex ċar li kif il-mekkaniżmu kompetittiv immexxi minn cross-immunity jaffettwa d-dinamika tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2. Barra minn hekk, b'kuntrast mal-istudju ekoloġiku tal-kompetizzjoni bejn ir-razez, għandna bżonn nistudjaw il-mekkaniżmu matematiku tal-kompetizzjoni bejn ir-razez. Intużaw diversi mudelli matematiċi biex jistudjaw l-effett tal-kompetizzjoni bejn ir-razez fuq id-dinamika tal-epidemija. Per eżempju, Newman et al. wera l-limitu li fih żewġ patoġeni li jikkompetu għall-istess ospitanti jistgħu jinfirxu t-tnejn f'popolazzjoni [37]. Girvan et al. wera li erba 'dinamiċi epidemjoloġiċi bħal tifqigħat epidemiċi perjodiċi ġew osservati waqt il-mutazzjoni ta' patoġeni [38]. L-istudju ta' Poletto et al. indirizza r-rwol tal-mobilità ospitanti kif ukoll l-immunità inkroċjata fit-tiswir ta' reġimi ta' dominanza possibbli [39]. Mudelli matematiċi preċedenti, madankollu, mhumiex applikabbli għall-istadju attwali ta 'trażmissjoni pandemika minħabba xi karatteristiċi speċjali ta' varjanti li jikkompetu SARS CoV-2, bħall-kapaċità ta 'ħarba super immuni u livelli ta' immunità trasversali żbilanċjati.

Kienu jeżistu wkoll mudelli matematiċi preċedenti ffukati fuq il-karatteristiċi speċifiċi tas-SARS-CoV-2, li ħafna minnhom kienu bbażati fuq varjanti u vaċċini. Pereżempju, Barreiro et al. żviluppa mudell ta’ intervall estiż li jinkludi diversi varjanti u strateġiji ta’ tilqim, li jippermetti l-istudju tal-emerġenza u d-dinamika ta’ varjanti ġodda ta’ COVID-19 [40]. Diversi studji mmudellaw l-impatt tal-varjanti u l-vaċċini tas-SARS-CoV-2 fuq it-tixrid tal-COVID-19 [41–43]. Morris et al. studja kif iż-żmien tal-għoti tat-tieni doża jaffettwa r-riżultati epidemjoloġiċi u evoluzzjonarji varjanti futuri [44]. Madankollu, ma studjawx l-impatt tal-kompetizzjoni bejn il-varjanti fuq id-dinamika tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2. Għalhekk, hemm nuqqas ta' mudell epidemjoloġiku li jiffoka fuq l-effett tal-kompetizzjoni bejn il-varjanti fuq id-dinamika tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2. L-artikolu huwa inkwadrat kif ġej. Fit-Taqsima 3.1, ipproponejna mudell epidemiku ta' kotrażmissjoni tar-razza biex tifformalizza l-kompetizzjoni bejn ir-razez tas-SARS-CoV-2. It-Taqsima 3 ppreżentat ir-riżultati tat-twaħħil tad-dejta reali għal xi pajjiżi sabiex tiġi vvalidata l-eżattezza tal-mudell tagħna. Fit-Taqsima 4, studjajna l-fatturi ewlenin li jaffettwaw ir-riżultat tal-kompetizzjoni bejn ir-razez tas-SARS-CoV-2. It-Taqsima 5 kkwantifikat l-impatt tal-kompetizzjoni bejn ir-razez fuq id-dinamika tat-trażmissjoni u żvelat żewġ possibbiltajiet ġodda għad-dinamika futura tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2. Fl-aħħarnett, fit-Taqsima 6, aħna kkonkludejna s-sejbiet tagħna kif ukoll il-limitazzjonijiet u ppreżentajna l-perspettiva tagħna.

cistanche tubulosa-titjib tas-sistema immuni

2. Mudell matematiku ta' ko-trasmissjoni ta' razez li jikkompetu

Aħna żviluppajna mudell matematiku li ħa kont tal-immunità inkroċjata u l-ħarba immuni. Dan il-mudell iddeskriva r-relazzjoni kompetittiva bejn ir-razez Omicron u mhux Omicron f'din il-pandemija, fejn razez mhux Omicron u razez Omicron kienu indikati b'razza 1 u razza 2, rispettivament. Is-suppożizzjonijiet tal-mudell huma elenkati kif ġej.

• Il-punt tat-tluq għal kull pajjiż kien meta l-ewwel każ ikkonfermat ta' Omicron kien irrappurtat f'dak il-pajjiż, f'liema punt ir-razez Delta jammontaw għal aktar minn 99% tar-razez mhux Omicron fil-pajjiżi kollha [45,46], għalhekk, injorajna razez oħra u assumiet li razez Delta u Omicron qed jikkompetu ma 'kull wieħed

• oħra. Peress li s-subvarjant Omicron BA.4/5 għandha differenza akbar mill-varjanti Omicron preċedenti, il-kompetizzjoni ġiet sostitwita b'kompetizzjoni bejn is-subvarjanti Omicron meta deher il-BA.4/5 •. Studji wrew li l-effettività taż-żewġ dożi preċedenti ta 'vaċċin kontra r-razza Omicron hija negliġibbli [47,48]. Għalhekk, aħna assumejna li d-doża booster biss affettwat b'mod sinifikanti t-trażmissjoni tar-razez Omicron, filwaqt li ż-żewġ dożi preċedenti llimitaw biss it-trażmissjoni tar-razza mhux Omicron. Minħabba t-telf tal-immunità, pazjenti li rkupraw mir-razez Delta u Omicron jerġgħu jsiru suxxettibbli. Pazjenti li rkupraw minn razez Delta se jiksbu ftit immunità għal razez Omicron u immunità kważi sħiħa għal razez Delta [32,33]. Pazjenti li rkupraw minn razez Omicron se jiksbu immunità inkroċjata qawwija għal razez Delta u immunità qawwija ħafna għal razez Omicron [34-36]. Pazjenti li jirkupraw minn razez Omicron se jirċievu immunità permanenti wara l-isparatura booster minħabba l-immunità ibrida [35,49].

Id-dijagramma tat-trasferiment kienet rappreżentata mis-sistema li ġejja ta 'ekwazzjonijiet differenzjali ordinarji:

Il-popolazzjoni totali 𝑁(𝑡) kienet definita fi 11-il stat. Fig. 1 turi l-fluss tal-popolazzjoni bejn dawk il-kompartimenti. 𝑆(𝑡): Nies suxxettibbli li ma rċevewx booster shots; 𝑆1 (𝑡): Nies suxxettibbli li rċevew dożi booster; 𝐸0 (𝑡): Nies esposti għal strain 1; 𝐼0 (𝑡): Nies li huma infettati bir-razza 1 u li huma infettivi; 𝐿0 (𝑡): Nies li reċentement ġew infettati bir-razza 1 iżda m'għadhomx infettivi; 𝑆0 (𝑡): Nies li huma suxxettibbli għar-razza 2 u li l-aktar infezzjoni reċenti tagħhom kienet minn razza 1; 𝐸𝑉 (𝑡): Nies esposti għal strain 2; 𝐼𝑉 (𝑡): Nies li huma infettati bir-razza 2 u li huma infettivi; 𝐿𝑉 (𝑡): Nies li reċentement ġew infettati bir-razza 2 iżda m'għadhomx infettivi; 𝑆𝑉 (𝑡): Nies li huma suxxettibbli għar-razza 1 u li l-aktar infezzjoni reċenti tagħhom kienet minn razza 2; 𝐷(𝑡): Nies li mietu kkawżati minn infezzjoni b'razza 1 jew razza 2. Ir-relazzjoni bejn il-popolazzjoni totali u kull popolazzjoni tal-istat hija:

fejn 𝛼1 tindika r-rata ta' tilqim booster; 𝛽 huwa l-koeffiċjent tat-trażmissjoni tal-popolazzjoni infettata mir-razza 1; 𝛽1 huwa l-koeffiċjent ta' trażmissjoni relattiv tal-popolazzjoni infettata minn razza 2 mingħajr tilqim booster; 𝛽2 huwa l-koeffiċjent ta' trażmissjoni relattiv tal-popolazzjoni infettata mir-razza 2 bit-tilqim booster; 𝑘1 hija r-rata li biha individwi esposti ta' razza 1 isiru infettivi; 𝑘2 hija r-rata li biha individwi esposti ta' razza 2 isiru infettivi; 𝛿1 hija r-rata tal-mewt tal-popolazzjoni infettata tar-razza 1; 𝛿2 hija r-rata tal-mewt tal-popolazzjoni infettata tar-razza 2;

Fig. 1. Dijagramma tat-trasferiment tal-mudell.

Tabella 1 Valuri medji tal-parametri tal-mudell li jikkorrispondu mas-sitwazzjoni tal-Korea t'Isfel.

𝛾1 hija r-rata ta' telf infettiv fil-popolazzjoni infettata mir-razza 1;

𝛾2 hija r-rata ta' telf infettiv fil-popolazzjoni infettata mir-razza 2;

𝜂1 hija r-rata ta' telf ta' cross-immunity għar-razza 1;

𝜂2 hija r-rata ta' telf ta' cross-immunity għar-razza 2.

Il-koeffiċjent ta' trażmissjoni relattiv 𝛽1 jirreferi għar-relazzjoni multiplikattiva mal-koeffiċjent ta' trażmissjoni 𝛽. Pereżempju, razza 1 hija 2–4 ​​darbiet aktar trasmissiva minn razza 2, jiġifieri, 𝛽1 ∈ [2𝛽, 4𝛽]. 𝛽2 huwa l-koeffiċjent ta' trażmissjoni relattiv ta' 𝛽1. Pereżempju, jekk l-effettività tad-doża booster hija 40%–6{0%, allura 𝛽2 ∈ [0.4𝛽1, 0.6𝛽1 ]. 𝜂𝑖 (𝑖=1, 2) hija l-abbiltà ta' cross-immunity ta' razza waħda għal razza oħra. 𝜂𝑖=0 tindika immunità sħiħa għal razza oħra filwaqt li 𝜂𝑖=1 tindika l-irkupru minn razza waħda mhux se tikseb protezzjoni kontra razza oħra. 𝜂𝑖 ∈ (0, 1) tfisser cross-immunity limitata għal razza oħra. Fl-ekwazzjoni 𝜂𝑖=1 (1−𝜓𝑖 )−1𝑇𝑖, fejn 𝜂𝑖 tindika r-rata ta' telf ta' immunità għal razza oħra. 𝜓𝑖 hija l-cross-immunity limitata għal razza oħra miksuba wara l-irkupru minn infezzjoni, filwaqt li 𝑇𝑖 hija t-tul ta’ żmien ta’ telf ta’ cross-immunity għal razza oħra. 𝜓𝑖 u 𝑇𝑖 intgħażlu mir-referenzi ċċitati fit-Tabella 1.

3. Ivvalida l-eżattezza tal-mudell

3.1. Stima tal-parametri

Id-dettalji tal-proċess ta 'twaħħil tagħna huma kif ġej.

• Aħna noqogħdu l-każijiet ġodda ta 'kuljum, il-każijiet kumulattivi ta' kuljum, u l-proporzjon ta 'varjanti li jikkompetu, simultanjament. Punt tad-dejta wieħed huwa għall-proporzjon ta' varjanti li jikkompetu f'kull intervall ta' 14-jum, għalhekk aħna noqogħdu mal-proporzjon ta' varjanti li jikkompetu għal dan il-perjodu fl-intervalli ta' 14-jiem. It-twaħħil finali huwa meħtieġ li jikkorrispondi tajjeb mat-tliet indikaturi kollha, jiġifieri, każijiet ġodda ta' kuljum, każijiet kumulattivi ta' kuljum, u l-proporzjon ta' varjanti li jikkompetu f'intervalli ta' 14-jum.

• Il-metodu ta' twaħħil tal-kurva ta' l-inqas kwadri mhux lineari jintuża biex jinkisbu l-valuri ottimali tal-parametri f'medda raġonevoli, fejn il-valuri ta' dawn il-parametri (𝛼1, 𝛽, 𝛽1, 𝛽2, 𝛿1, 𝛿2, 𝛾1, 𝜾1, 𝛜2, 𝛼1, 𝛽1,) jinkisbu bit-twaħħil. Il-firxa raġonevoli tirreferi għall-firxa tal-varjazzjoni tal-parametru definita skont ir-referenzi. Aħna nagħmlu restrizzjonijiet fuq il-firxa tal-valuri tal-parametri matul il-proċess ta 'twaħħil, jiġifieri, il-firxa tal-valuri tal-parametri hija konsistenti mad-dinja reali. Fl-eżempju tal-parametri tal-Korea t'Isfel, il-parametri huma murija fit-Tabella 1. Barra minn hekk, il-parametri għal pajjiżi oħra huma murija fit-Tabella A.2 tal-Appendiċi.

• F'kull pajjiż, il-punt tat-tluq huwa l-ġurnata qabel ma ġie rrappurtat l-ewwel każ Omicron. In-numru tal-popolazzjoni ta' inkubazzjoni infettata mir-razza Delta f'dan il-ħin jista' jiġi kkalkulat minn 𝐼{{0}} (𝑡)=𝑘1𝐸0 (𝑡 − 1). Il-valur inizjali ta' 𝐿0 huwa n-numru kumulattiv ta' individwi rkuprati minn razez preċedenti. Dawn l-individwi jkunu kkonvertiti għal suxxettibilità għal razez Omicron b'ċerta rata meta ħarġet ir-razza Omicron. Varjant ġdid (razza Omicron) jidher l-għada, għalhekk inkunu nafu li 𝐼𝑉=1 għal għada, u nistgħu nikkalkulaw ukoll 𝐸𝑉 għal-lum. Għall-valur inizjali ta' 𝑆1, aħna nikkunsidraw li l-pajjiżi jibdew itlaqqmu b'booster shots għar-razza Omicron mill-ewwel każ Omicron irrappurtat, jiġifieri, 𝑆1=1 meta dehret ir-razza Omicron. Il-valur inizjali ta' D huwa n-numru kumulattiv ta' mwiet f'kull pajjiż f'dik il-ġurnata, u 𝑁 hija l-popolazzjoni totali ta' kull pajjiż. Il-valuri inizjali ta' 𝑆𝑉, 𝐿𝑉, u 𝑆0 huma kollha 0 minħabba li huma ġġenerati minn drajv ta' strain ġdid (strain Omicron), filwaqt li r-razza l-ġdida mhix preżenti f'dan il-ħin.

Fig. 2. Tqabbil tar-riżultati tal-mudell tagħna ma 'dejta reali dwar l-epidemija fil-Korea t'Isfel. (a) turi l-adegwatezza tal-mudell għall-każijiet ġodda ta' kuljum. (b) juri l-adegwatezza tal-mudell mal-każijiet kumulattivi. (c) juri t-twaħħil tal-mudell mal-proporzjon ta 'razez Omicron u mhux Omicron.

Fig. 3. Tqabbil tar-riżultati tal-mudell tagħna ma 'dejta reali dwar l-epidemija fid-Danimarka. (a) turi l-adegwatezza tal-mudell għall-każijiet ġodda ta' kuljum. (b) juri l-adegwatezza tal-mudell mal-każijiet kumulattivi. (c) juri t-twaħħil tal-mudell mal-proporzjon ta 'razez Omicron u mhux Omicron.

Fig. 4. Tqabbil tar-riżultati tal-mudell tagħna ma 'dejta reali dwar l-epidemija fi Spanja. (a) turi l-adegwatezza tal-mudell għall-każijiet ġodda ta' kuljum. (b) juri l-adegwatezza tal-mudell mal-każijiet kumulattivi. (c) juri t-twaħħil tal-mudell mal-proporzjon ta 'razez Omicron u mhux Omicron.

3.2. Fitting reali data mill-Korea t'Isfel, id-Danimarka, u Spanja

Ir-riżultati ta’ simulazzjoni numerika għal tliet pajjiżi, il-Korea t’Isfel, id-Danimarka u Spanja, huma murija fil-Fig. 2,3,4. Is-simulazzjonijiet jinkludu l-proporzjon ta 'pazjenti totali infettati bir-razza Omicron, każijiet ta' kuljum kif ukoll każijiet kumulattivi. Ir-riżultati juru li l-mudell tagħna huwa mwaħħal sew mad-dejta reali rrappurtata, li tivvalida l-eżattezza tal-mudell. Id-dejta nkisbet minn GISAID, Our World In Data, u Worldometer [53–55]. Il-punt tat-tluq fiż-żmien għal kull simulazzjoni ta' pajjiż kien mill-ewwel każ Omicron irrappurtat f'dak il-pajjiż. Id-data tat-tmiem tas-simulazzjoni għal Spanja kienet l-1 ta’ Mejju, 2022, bi skala ta’ żmien ta’ 155 jum. Id-data tat-tmiem tas-simulazzjoni għall-Korea t'Isfel u d-Danimarka kienet it-3 ta' Lulju 2022, bi skala ta' żmien ta' 230 jum.

3.3. It-twaħħil tad-dejta reali tal-BA.4/5 fl-Afrika t'Isfel

BA.4/5 malajr issostitwixxa s-subvarjant preċedenti ta 'Omicron fl-Afrika t'Isfel u kkawża mewġa oħra ta' tifqigħat filwaqt li pajjiżi oħra kienu għadhom iddominati minn BA.1, BA.2. Imwaħħal id-dejta rrappurtata fl-Afrika t'Isfel mill-mudell tagħna biex nistmaw il-piż ta 'BA.4/5 fuq l-Afrika t'Isfel. Ir-riżultati tajbin jivvalidaw l-eżattezza tal-mudell tagħna. Mill-kurva ta 'simulazzjoni għall-Afrika t'Isfel, nistgħu naraw li mingħajr l-invażjoni ta' BA.4/5, l-epidemija fl-Afrika t'Isfel kienet tkun stabbilizzata fil-biċċa l-kbira sa nofs Marzu 2022. Madankollu, BA.4/5 estenda t-tul ta ' l-epidemija fl-Afrika t'Isfel b'madwar 4 xhur, u l-epidemija ma stabbilizzatx sa nofs Lulju. Kif muri fil-Fig. 5(b), ir-riżultati tas-simulazzjoni tagħna jissuġġerixxu li mingħajr l-invażjoni ta 'BA.4/5, id-daqs finali tal-epidemija tal-Afrika t'Isfel kien ikun ta' madwar 3.7 miljun, madankollu, l-emerġenza ta 'BA.4/5 għolla d-daqs totali tal-epidemija tal-Afrika t'Isfel għal aktar minn 4.1 miljun. Aħna pproġettajna li BA.4/5 eventwalment jikkawża madwar 400,000 infezzjoni żejda fl-Afrika t'Isfel. Kif jidher mill-Fig. 5(c), iż-żmien meħud biex ir-razza Omicron tissostitwixxi r-razza mhux Omicron hija rapida, bis-sekwenza Omicron tieħu madwar 14-il jum biex tikber minn 5% għal 50%, li hija appoġġjata minn l-istudju ta 'Elliott et al. [56]. Madankollu, is-sekwenza BA.5 marret minn 5% għal 50% f'madwar 28 jum.

Fig. 5. Tqabbil tar-riżultati tal-mudell tagħna ma 'dejta reali dwar l-epidemija fl-Afrika t'Isfel. (a) u (b) juru l-adattament tal-mudell tagħna għal każijiet ġodda ta’ kuljum kif ukoll każijiet kumulattivi, rispettivament. Il-linja b'sing ħamra tindika l-kurva simulata tad-daqs finali li kien jirriżulta mingħajr l-invażjoni tal-varjant ġdid BA.4/5. Il-linja solida ħadra skura tindika l-piż fuq l-Afrika t'Isfel minħabba l-invażjoni BA.4/5. varjant. (c) u (d) juru l-evoluzzjoni tar-razza Omicron kif ukoll BA.4/5, rispettivament. (Għal interpretazzjoni tar-referenzi għall-kulur f'din il-leġġenda tal-figura, il-qarrej huwa riferut għall-verżjoni web ta 'dan l-artikolu.)

Fig. 6. Influwenza tal-kapaċità relattiva tat-trażmissjoni u l-ħarba immuni fuq ir-riżultat kompetittiv tar-razez. (a), (b), u (c) juru d-daqs finali tar-razza 2 f'10%, 50%, u 90% tal-kapaċità ta 'ħarba immuni, rispettivament. Il-bar tal-kulur hija madwar 0%, jiġifieri, iż-żona vjola tindika li r-razza 2 mhux se tifqigħa, li jfisser li r-rebbieħ tal-kompetizzjoni bejn ir-razez huwa r-razza 1. Iż-żoni l-oħra jindikaw li r-razza 2 hija r-rebbieħa tal-kompetizzjoni bejn ir-razez. .

4. Fatturi li jaffettwaw il-vantaġġ kompetittiv bejn ir-razez

4.1. Impatt ta 'trażmissjoni relattiva u kapaċità ta' ħarba immuni fuq razza b'vantaġġ kompetittiv

Biex tinvestiga l-impatt tat-trażmissjoni relattiva u l-kapaċità ta 'ħarba immuni fuq ir-riżultat tal-kompetizzjoni bejn ir-razez, għandna bżonn biss li nevalwaw il-bidla fid-daqs finali tar-razza b'vantaġġ kompetittiv (razza 2). Nistgħu naraw minn Fig. 6(a), (b), u (c) li l-abbiltà tat-trażmissjoni hija ogħla, iktar ma jkun kbir id-daqs finali kkawżat minn strain 2, jiġifieri iktar ikun kbir il-vantaġġ kompetittiv. Madankollu, razza b'kapaċità ta 'trażmissjoni akbar minn razza oħra ma jfissirx li se tirbaħ mill-kompetizzjoni, dan huwa minħabba n-numru inizjali akkumulat mir-razza preċedenti. Madankollu, hekk kif ir-razza l-ġdida żżid il-kapaċità ta 'ħarba immuni tagħha, il-kapaċità ta' trażmissjoni meħtieġa biex tirbaħ qed tonqos. Minn (a) sa (c) f'Fig. 6, il-parti vjola tkompli tonqos, li jfisser li s-sempliċi fatt li razza waħda hija aktar b'saħħitha minn oħra f'termini ta 'kapaċità ta' trasmissjoni ma jfissirx neċessarjament li se tirbaħ peress li r-razza preċedenti diġà teżisti f'ċertu daqs fil-popolazzjoni. Razez bi kemm trażmissjoni relattiva ogħla kif ukoll kapaċità ta 'ħarba immuni huma aktar probabbli li jirbħu l-kompetizzjoni. Barra minn hekk, peress li l-kapaċità ta 'ħarba immuni ta' razez ġodda tvarja, razza ġdida b'ħarba immuni akbar se jkollha ċans akbar li tirbaħ kontra razez preċedenti taħt l-istess kundizzjonijiet ta 'kapaċità ta' trażmissjoni.

Fig. 7. Effett tad-differenzi fil-kapaċità tat-trażmissjoni fuq il-ħin tas-sostituzzjoni tar-razza. Il-mapep tas-sħana (a), (b), u (c) jindikaw iż-żmien meħtieġ biex razza tilħaq 5%, 50%, u 95% tas-sekwenza tagħha fil-proċess li tissostitwixxi razza oħra rispettivament. In-nuqqas ta' sostituzzjoni ifisser li r-razza l-ġdida mhux se tissostitwixxi l-qadima matul il-proċess tal-kompetizzjoni.

Fig. 8. Effett tar-rata ta' telf ta' cross-immunity fuq id-daqs żejjed ikkawżat mir-razza 2. Id-daqs żejjed jirrappreżenta n-numru ta' infezzjonijiet miżjud man-numru inizjali ta' mard. (a), (b), u (c) juru l-impatt tar-rata tat-telf tal-immunità inkroċjata fuq il-kompetizzjoni bejn ir-razez, jiġifieri d-daqs żejjed tat-tifqigħa kkawżata mir-razza 2, fix-xenarju reali kif ukoll f' iż-żewġ xenarji futuri possibbli, rispettivament. Xenarju ta 'realtà: Id-daqs tal-immunità inkroċjata parzjali miksuba wara l-irkupru minn infezzjoni biż-żewġ razez huwa differenti ħafna, u l-protezzjoni miksuba tinżamm għal perjodu itwal. Xenarju futur I: Id-differenza fid-daqs tal-cross-immunity parzjali miksuba wara l-irkupru minn infezzjoni biż-żewġ razez mhijiex kbira u l-protezzjoni miksuba tinżamm għal perjodu itwal. Xenarju futur II: Id-differenza fid-daqs tal-cross-immunity parzjali miksuba wara l-irkupru mill-infezzjoni biż-żewġ razez hija żgħira, iżda l-protezzjoni miksuba tinżamm għal perjodu iqsar. In-naħa tax-xellug tal-linja b'sing bajda turi li s-subplot (b) hija parti minnha.

4.2. Impatt tal-kapaċità relattiva ta 'trasmissjoni fuq il-ħin ta' sostituzzjoni bejn razez li jikkompetu

Il-kapaċità ta 'trasmissjoni relattiva taffettwa l-intensità tal-kompetizzjoni bejn ir-razez billi tinfluwenza l-ħin ta' sostituzzjoni bejn ir-razez. Fig. 7 turi li s-saħħa tal-kapaċità ta 'trażmissjoni relattiva tiddetermina l-ħin għal razza waħda biex tissostitwixxi l-oħra, fi kliem ieħor, l-intensità tal-kompetizzjoni bejn iż-żewġ razez. Hekk kif tiżdied il-kapaċità ta 'trasmissjoni relattiva, il-ħin tas-sostituzzjoni tagħhom jonqos kontinwament, li jfisser li razza waħda hija aktar b'saħħitha fil-kompetizzjoni. Mit-tliet mapep tas-sħana, nistgħu naraw li mhux ir-razez kollha eventwalment isiru r-razza dominanti meta s-sekwenza tikber għal 5%, filwaqt li razez li jilħqu 50% sekwenza eventwalment se jikbru għal 95% sekwenza, li jfisser li eventwalment se jissostitwixxu oħra. razza għal kollox. Din tista 'tkun ir-raġuni għaliex fir-realtà xi varjanti jidhru biss għal ftit żmien, filwaqt li oħrajn dejjem jikbru biex isiru razez dominanti.

4.3. Impatt tal-livell ta' immunità inkroċjata fuq tensjoni bil-vantaġġ kompetittiv

Ir-rata ta' telf ta' cross-immunity hija wkoll fattur importanti li jinfluwenza l-kompetizzjoni bejn ir-razez. Fig. 8 turi l-impatt ta 'livelli ta' immunità inkroċjata fuq ir-razza 2 permezz tal-mekkaniżmu ta 'kompetizzjoni bejn ir-razez. Il-livelli ta' cross-immunity possibbli ta' razez li jikkompetu taħt xenarji differenti kemm fil-preżent kif ukoll fil-ġejjieni ġew evalwati wkoll minna. Xenarju ta 'realtà jfisser li taħt kundizzjonijiet kompetittivi bejn razez Omicron u mhux Omicron, il-protezzjoni mogħtija minn infezzjoni preċedenti hija inqas kontra razez Omicron, iżda l-protezzjoni kontra razez oħra wara infezzjoni b'razez Omicron hija b'saħħitha [32,36]. Xenarji futuri jindikaw il-firxa ta' livelli ta' immunizzazzjoni inkroċjata possibbli ta' razez futuri.

cistanche tubulosa-titjib tas-sistema immuni

Fig. 8(a) turi li d-daqs żejjed tar-razza 2 jiżdied b'𝜂2 u huwa ddeterminat kważi kompletament minn 𝜂2, indipendenti minn 𝜂1. Ir-raġuni għal dan hija li fi żmien qasir, in-nies bi storja ta 'infezzjoni b'razez oħra x'aktarx jerġgħu jinfettaw b'razez Omicron, filwaqt li nies li jirkupraw minn infezzjoni tar-razza Omicron ma tantx jinfettaw mill-ġdid bir-razza Omicron, li hija konsistenti mar-realtà.

Fig. 8(b) turi l-ewwel xenarju fil-futur fit-tul, jekk ir-razza emerġenti għandha kapaċità ta 'ħarba aktar b'saħħitha għall-immunità naturali u l-immunità miksuba hija fl-istess ordni ta' kobor kemm jekk infettata minn razez preċedenti jew waħedha, allura id-daqs żejjed ta 'din ir-razza huwa ddeterminat miż-żewġ 𝜂1, 𝜂2 flimkien. Ir-raġuni għal dan ir-riżultat tista’ tkun li żieda fl-ordni tal-kobor ta’ 𝜂1 tfisser li se jiddaħħlu aktar individwi infettati ta’ razza 1, u hekk kif dawn l-individwi infettati jirkupraw, jerġgħu jsiru suxxettibbli għar-razza 2. Għalhekk 𝜂1 jinfluwenza indirettament id-daqs żejjed tar-razza 2. Fig. 8(c) turi t-tieni xenarju fiż-żmien twil li ġej, fejn ir-razza l-ġdida għandha l-abbiltà l-aktar b'saħħitha li taħrab mill-protezzjoni preċedenti jew awto-infettata. Notevolment, insibu li Fig. 8(c) tippreżenta r-riżultat eżatt oppost għal Fig. 8(a), jiġifieri, dan il-fenomenu ta 'qlib interessanti fejn il-fattur li jiddetermina d-daqs żejjed tar-razza 2 jinbidel minn 𝜂2 għal 𝜂1. Il-parti tax-xellug tal-linja b'sing bajda hija wkoll is-subplot Fig. 8(b). Ir-raġuni għal dan il-fenomenu hija li n-numru ta 'irkupri minn razza 1 huwa ħafna inqas min-numru ta' rkupri prodotti minn razza 2 taħt kundizzjonijiet fit-tul, u għalhekk in-numru ta 'rkupri minn razza 1 li huma għal darb'oħra suxxettibbli għal razza 2 huwa limitat ħafna . Barra minn hekk, minħabba r-rata għolja ta 'rkupru tar-razza 2, l-effett tar-razza 1 fuq id-daqs totali tar-razza 2 fl-istadji ta' wara huwa minimu. B'kuntrast, numru kbir ta 'individwi rkuprati minn razza 2 se jerġgħu jiġu infettati bir-razza 2 minħabba l-kapaċità qawwija tagħhom ta' ħarba għall-immunità naturali.

Fig. 9. Tqabbil tal-livelli tat-tifqigħa kkawżati mill-varjant futur u l-varjant preċedenti tas-SARS-CoV-2. (a) juri d-daqs, il-quċċata, u t-tul tat-tifqigħa kkawżata mill-varjant futur meta mqabbel mal-varjant Omicron. Aħna ikkunsidrajna valuri differenti tal-protezzjoni trans-immuni kontra r-razza l-ġdida 𝜂2 miksuba wara infezzjoni minn razez preċedenti u valuri differenti tal-kapaċità ta 'trażmissjoni relattiva 𝛽1 tar-razza l-ġdida, kif ukoll punti ta' żmien differenti għall-emerġenza tar-razza l-ġdida. invażjoni tard tindika li r-razza l-ġdida se toħroġ tard fit-trażmissjoni tar-razez Omicron, b'dewmien ta '150 jum minn kundizzjonijiet ta' trasmissjoni oħra. (b) juri l-proporzjon tad-daqs finali tat-tifqigħa kkawżata mir-razza Omicron u r-razza l-ġdida. L-iskala tal-immunità tindika l-proporzjon tal-popolazzjoni bi storja ta 'infezzjoni u protezzjoni inkroċjata kontra r-razza l-ġdida. 𝜂2 hija l-intensità tal-immunizzazzjoni inkroċjata. (c) juri l-effett tal-ħin tal-invażjoni tar-razza l-ġdida, is-saħħa tal-immunità inkroċjata, u l-kapaċità ta 'trażmissjoni relattiva fuq il-ħin tas-sostituzzjoni tar-razza, fejn invażjoni bikrija, invażjoni ta' nofs it-terminu, u invażjoni tard jirrappreżentaw l-invażjoni ta 'ġdid razza f'20, 90, u 170 jum wara l-bidu tat-trażmissjoni tar-razza preċedenti, rispettivament, sadanittant jirrappreżentaw ukoll l-invażjoni tar-razza l-ġdida fil-bidu tat-trażmissjoni, madwar il-quċċata, u fl-aħħar tal-aħħar tifqigħa. (d) juri l-effett taż-żmien tal-emerġenza ta' varjant ġdid li jikkompeti u l-kapaċità relattiva tiegħu ta' trażmissjoni fuq id-dinamika tat-trażmissjoni tar-razza preċedenti.

5. Impatt tal-kompetizzjoni bejn razez fuq id-dinamika tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2

5.1. Tqabbil tal-livelli tat-tifqigħa kkawżati minn varjanti kompetituri qodma u ġodda

Ir-razez Omicron mhux se jkunu t-tmiem tal-evoluzzjoni tar-razza. Aħna simulajna varjanti ta 'tħassib (VOCs) li x'aktarx joħorġu fil-futur b'kapaċità akbar ta' trażmissjoni kif ukoll ħarba immuni. Qabbilna mar-razza Omicron għad-daqs, il-quċċata, u t-tul tat-tifqigħat. Barra minn hekk, qabbilna d-differenza fil-ħin meħtieġ għar-razza l-ġdida u r-razza Omicron biex tissostitwixxi r-razza preċedenti. Is-saħħa tal-immunità inkroċjata u ż-żmien tal-emerġenza ta 'varjanti ġodda nstabu li jinfluwenzaw b'mod sinifikanti d-dinamika tat-trażmissjoni ta' SARS-CoV-2 u r-riżultat tal-kompetizzjoni tar-razza. F'Fig. 9(a), meta 𝜂2=0 tfisser immunità permanenti għar-razza l-ġdida hija akkwistata wara infezzjoni bir-razza Omicron, għalhekk, id-daqs tat-tifqigħa tar-razza l-ġdida huwa minimu f'dan ix-xenarju. Hekk kif 𝜂2 jiżdied, id-daqs tat-tifqigħa, il-quċċata, u t-tul tar-razza l-ġdida jiżdiedu kontinwament. Il-kapaċità ta 'trażmissjoni relattiva bl-istess mod għandha effett sinifikanti fuq id-daqs finali u l-quċċata kkawżati mir-razza l-ġdida, madankollu, it-tul tat-tifqigħa jonqos maż-żieda ta' 𝛽1 minħabba r-rata mgħaġġla tat-tifqigħa. Barra minn hekk, Iż-żmien tal-invażjoni ta 'razza ġdida għandu effett sinifikanti fuq id-dinamika tat-tixrid tat-tifqigħa. meta razza ġdida tinvadi tard fit-trażmissjoni Omicron, id-daqs, u l-quċċata tat-tifqigħa kkawżata minnha huma sinifikament iżgħar minn meta tinvadi fil-bidu tat-trażmissjoni. Wieħed jista’ jara li meta r-razza l-ġdida tinvadi fil-bidu tat-trażmissjoni Omicron, taħt il-kundizzjoni 𝜂2=103, 𝛽1=2𝛽, id-daqs tat-tifqigħa li tikkawża jkun akbar mid-daqs tal- tifqigħa kkawżata mill-mewġa Omicron preċedenti. Meta 𝜂2 jonqos għal 3 × 10−4, id-daqs tat-tifqigħa ikkawżat minnha huwa inqas mid-daqs tat-tifqigħa kkawżat mir-razza Omicron. Fig. 9(b) turi l-proporzjon tad-daqs tat-tifqigħa preċedenti mad-daqs tat-tifqigħa li jmiss ikkawżata mir-razza l-ġdida. L-iskala tal-immunità tindika l-proporzjon tal-popolazzjoni bi storja ta’ razez preċedenti ta’ infezzjoni, 𝜂2 tindika protezzjoni trans-immuni kontra r-razza l-ġdida miksuba wara li tkun ġiet infettata minn razza preċedenti. Hekk kif 𝜂2 tiżdied, ir-razza l-ġdida se tikkawża tifqigħat dejjem akbar, madankollu, biss meta l-iskala tal-immunità taqbeż l-40% id-daqs tat-tifqigħa tar-razza l-ġdida jaqbeż dak ta 'razez preċedenti.

Fig. 10. Klassifikazzjoni tad-daqs finali tat-tifqigħa tal-pajjiżi taħt it-trażmissjoni ħielsa tal-varjant ġdid. L-iskala tal-immunità tirrappreżenta l-proporzjon tal-popolazzjoni f'kull pajjiż li kisbet protezzjoni cross-immune wara l-infezzjoni preċedenti, u d-daqs finali huwa l-proporzjon tal-infezzjonijiet finali li jirriżultaw mit-trażmissjoni ħielsa tal-varjant il-ġdid f'dan il-pajjiż. Id-daqs tal-bżieżaq jindika d-daqs relattiv tad-daqs finali f'kull pajjiż. Il-klassifikazzjoni tindika s-suxxettibbiltà ta’ pajjiż għal varjant ġdid, u minn fuq għal isfel tindika l-klassifika mill-aktar baxx għall-ogħla, fejn l-invażjoni ta’ varjant ġdid se tikkawża l-akbar daqs ta’ infezzjoni fiċ-Ċina filwaqt li l-iżgħar daqs ta’ infezzjoni fid-Danimarka.

Fig. 9(c) turi l-effetti tal-ħin ta 'invażjoni tar-razza l-ġdida, is-saħħa ta' l-immunità inkroċjata, u l-effett tat-trażmissjoni relattiva fuq il-ħin tas-sostituzzjoni tar-razza. Tliet linji solidi jindikaw li l-ħin biss tal-emerġenza tar-razza l-ġdida huwa differenti, il-kundizzjonijiet l-oħra kollha huma ugwali. Ir-razza l-ġdida tidher fl-aħħar tal-fażi ta 'trażmissjoni tar-razza preċedenti. Se tissostitwixxi r-razza preċedenti malajr peress li f'dan il-ħin hemm inqas sekwenzi tar-razza preċedenti. Għal razez preċedenti bħal Delta, Omicron, eċċ., Ir-razza l-ġdida toħroġ fi stadju aktar tard tat-trażmissjoni tagħhom, għalhekk il-ħin ta 'sostituzzjoni huwa relattivament qasir. Meta razza ġdida toħroġ fl-istadju bikri jew tan-nofs tat-trażmissjoni tar-razza preċedenti, se tieħu aktar żmien biex ir-razza l-ġdida tilħaq sekwenzi ta '5% minħabba l-effett kompetittiv qawwi tar-razza preċedenti. Meta mqabbel mal-emerġenza tar-razza l-ġdida fil-perjodu tan-nofs tat-trażmissjoni tar-razza preċedenti (perjodu tal-quċċata), l-emerġenza tar-razza l-ġdida fil-perjodu bikri tat-trażmissjoni tar-razza ta 'qabel (Invażjoni bikrija) se tilħaq 50% sekwenzi b'rata aktar mgħaġġla , minħabba l-fatt li fix-xenarju ta 'invażjoni bikrija, is-sekwenza tar-razza preċedenti tinsab fil-perjodu li qed jogħlew u l-bażi mhix kbira biżżejjed. Madankollu, fix-xenarju ta 'invażjoni ta' nofs it-terminu, ir-rata ta 'tkabbir tas-sekwenza tar-razza l-ġdida tonqos, peress li f'dan l-istadju in-numru ta' sekwenzi tar-razza preċedenti jilħaq il-quċċata tiegħu u għandu bażi massima. Ir-razza preċedenti hija l-aktar kompetittiva mar-razza l-ġdida f'dan il-perjodu.

Fig. 9(d) turi l-effett ta 'l-invażjoni ta' razza li tikkompeti fuq ir-razza preċedenti. Kif jidher, meta 𝛽1 żdied minn 1.5 𝛽 għal 2 𝛽, kien hemm effett sinifikanti fuq id-daqs tat-tifqigħa tar-razza preċedenti. Il-punt ta 'emerġenza tar-razza l-ġdida jaffettwa wkoll b'mod sinifikanti d-dinamika tat-trażmissjoni tar-razza preċedenti minħabba l-kompetizzjoni tagħhom. L-invażjoni tard ma ġietx ikkunsidrata għax ma affettwatx ir-razza preċedenti. Wieħed jista’ jara li meta ma kienx hemm kompetizzjoni bejn ir-razez, it-tul tar-razza preċedenti kien l-itwal. Meta kien hemm kompetizzjoni bejn ir-razez, iktar ma dehret ir-razza l-ġdida kmieni, iktar ikun iqsar it-tul tar-razza preċedenti. L-invażjoni ta 'razza ġdida taffettwa b'mod sinifikanti t-tul kif ukoll il-quċċata u d-daqs tat-tifqigħa tar-razza preċedenti. Dan jipprovdi gwida għall-kontroll tat-tifqigħat fil-futur billi jintervjeni ma 'waħda mir-razez li jikkompetu.

5.2. Klassifikazzjoni tas-suxxettibilità ta' pajjiżi differenti għal varjanti futuri 

Is-sensittività ta 'disa' pajjiżi għall-varjant futur ġiet simulata f'din it-taqsima. Assumina li infezzjonijiet biss b'razez Omicron mit-tifqigħa preċedenti jiksbu protezzjoni ta 'immunità inkroċjata kontra l-varjant il-ġdid. Infezzjonijiet preċedenti ma jipproteġux kontra l-varjant il-ġdid minħabba l-intervall ta 'żmien twil u l-ħarba immuni qawwija tal-varjant il-ġdid. Barra minn hekk, il-protezzjoni miksuba mill-popolazzjoni infettata hija l-istess għal kull pajjiż. Fig. 10 turi l-klassifikazzjoni tas-sensittività tagħhom. Sibna li d-daqs finali tal-varjant il-ġdid f'pajjiż kien korrelatat b'mod negattiv mal-iskala tal-cross-immunity preċedenti. Dan għaliex in-nies infettati se jiksbu porzjon ta 'protezzjoni kontra l-varjant il-ġdid minħabba l-immunità inkroċjata, u b'hekk id-daqs finali tal-varjanti futuri kkawżati f'dan il-pajjiż huwa korrelatat b'mod qawwi man-numru ta' nies infettati fl-aħħar mewġa tat-tifqigħa. L-ewwel klassifikazzjoni taċ-Ċina tfisser li hija l-aktar sensittiva għall-invażjoni li jmiss ta 'varjant ġdid, li jkollha konsegwenzi serji jekk titħalla tinfirex liberament. L-aħħar klassifika fid-Danimarka tfisser li jekk joħroġ varjant ġdid fid-Danimarka, mhux se jikkawża daqs kbir meta mqabbel ma’ pajjiżi oħra. Ir-raġuni għal differenza daqshekk kbira bejn il-pajjiżi hija dovuta għal differenzi fl-iskala tal-immunizzazzjoni inkroċjata preċedenti, bid-Danimarka jkollha persentaġġ kbir tal-popolazzjoni infettata bir-razza Omicron matul il-perjodu Omicron, għalhekk kellha immunizzazzjoni inkroċjata kbira. skala. Fiċ-Ċina, madankollu, 0.03% biss tal-popolazzjoni kellha l-protezzjoni tal-immunità inkroċjata miksuba mir-razza Omicron minħabba kontroll aktar strett. Dan ir-riżultat huwa gwida għall-implimentazzjoni tal-interventi futuri mhux farmaċewtiċi (NPI) tagħna u miżuri oħra. Pajjiżi li huma aktar sensittivi għal varjant ġdid għandhom jiġu imposti NPIs aktar b'saħħithom meta mqabbla ma' dawk li mhumiex sensittivi.

cistanche tubulosa-titjib tas-sistema immuni

5.3. Żewġ xenarji futuri kkawżati minn kompetizzjoni bejn ir-razez

5.3.1. Tifqigħat rikorrenti ta 'razez omicron ikkawżati minn immunità mhux permanenti

Tifqigħat rikorrenti ta 'l-istess nisel huma kkawżati minn telf ta' immunità. Il-plots Fig. 11(a) u (b) jindikaw li l-emerġenza ta 'tifqigħat rikorrenti hija dovuta għall-valur ta' 𝜂1. Nistgħu naraw li meta 𝜂1 < 6𝑒 - 4, tifqigħat rikorrenti ma jseħħux. Iż-żona blu tindika t-tifqigħa rikorrenti tar-razza Omicron f'xenarju reali, il-firxa ta' 𝜂1 hija adattata għall-perjodu tar-razza Omicron. Iż-żona bajda hija għal razza futura b'kapaċità aktar b'saħħitha li taħrab kontra l-immunità naturali. Għalhekk, għandha 𝜂1 ogħla. Id-daqs u l-quċċata tat-tifqigħa rikorrenti wrew relazzjoni lineari ma' 𝜂1 f'din iż-żona. Fig. 11(c) turi l-effett ta’ 𝜂1 u 𝜂2 fuq it-tifqigħat rikorrenti tar-razza. F'𝜂2=0, dan ifisser li infettat mir-razza preċedenti se jakkwista immunità sħiħa għar-razza l-ġdida, f'liema punt l-infezzjoni rikorrenti tar-razza l-ġdida hija derivata kompletament mit-tnaqqis immuni tagħha. Madankollu, hekk kif 𝜂2 tiżdied, se taffettwa l-infezzjonijiet rikorrenti tar-razza l-ġdida sa ċertu punt, iżda minħabba n-numru limitat ta’ individwi infettati tar-razza preċedenti, l-infezzjonijiet rikorrenti tar-razza l-ġdida se joriġinaw prinċipalment minn fading tal-awto-immunità. għal perjodu itwal, f'liema punt, Fig. 11(c) tirrappreżenta l-istess tifsira bħal Fig. 11(a). Fig. 11(d) turi l-intervall tal-ħin bejn it-tifqigħa mill-ġdid u t-tifqigħa preċedenti. Il-ħin tat-tifqigħa jirreferi għall-intervall ta' żmien minn meta l-każ inizjali rrappurtat ta' din ir-razza kien disponibbli. Iż-żona ħamra skura, jiġifieri, meta 𝜂1 < 6𝑒 - 4, tindika li din ir-razza mhux se jkollha tifqigħa rikorrenti. Meta 𝜂1 ikun akbar mil-limitu tat-tifqigħa, l-intervall tal-ħin tat-tifqigħa jonqos hekk kif 𝜂1 jiżdied. Ir-riżultati tas-simulazzjoni fil-Fig. 12 jindikaw il-possibbiltà ta 'tifqigħat rikorrenti mingħajr l-invażjoni ta' razza ġdida. Sibna li f'infezzjonijiet rikorrenti bl-istess nisel meta r-razza se sseħħ ripetutament, hemm xejra perjodika ta 'tifqigħat fuq perjodu itwal. Hekk kif 𝜂1 jiżdied, bi protezzjoni immuni kostanti, jiġifieri, hekk kif it-tul tal-protezzjoni immuni 𝑇 jonqos, li jirriżulta f'perjodu iqsar ta 'rikorrenza għal razez rikorrenti, u l-perjodiċità tikkorrelata mar-rata ta' telf ta 'cross-immunity. Fig. 12(a) turi xenarju realistiku tat-tul tal-protezzjoni immuni taħt il-perjodu Omicron attwali [35,57]. Il-perjodu qasir ta 'tifqigħat rikorrenti u d-daqs akbar ta' kull tifqigħa jistgħu jidhru meta jkunu taħt kundizzjonijiet ta 'immunizzazzjoni għal żmien qasir. Fig. 12(b) turi aktar il-perjodiċità ta’ tifqigħat rikorrenti taħt il-ħinijiet kollha possibbli ta’ protezzjoni immuni 𝑇 u kapaċità ta’ protezzjoni immuni 𝜓, li hija influwenzata b’mod sinifikanti minn 𝜂1 u mhux sensittiva għal 𝜂2, u nsemmu r-raġunijiet għal dan ir-riżultat fl-ispjegazzjoni ta’ Fig. 11.

Fig. 11. Kundizzjonijiet tal-limitu għal tifqigħat rikorrenti tal-istess nisel u l-fatturi li jinfluwenzawhom. Subplots (a), (b) jirrappreżentaw l-effett tar-rata ta’ telf ta’ cross-immunity fuq id-daqs finali tat-tifqigħa tat-tifqigħa rikorrenti tal-istess nisel, fejn 𝜂1=6𝑒 - 4 hija l-kundizzjoni tal-limitu għall- tifqigħa rikorrenti tal-istess nisel. Il-mili blu jindika l-firxa ta' valuri 𝜂1 għall-istadju attwali tal-Omicron, f'liema każ tifqigħat rikorrenti ta' razez Omicron se jirriżultaw fid-daqs finali. Il-mili abjad jindika x-xenarju possibbli ta' tifqigħat rikorrenti f'razez futuri. (c), (d) juru l-effett tar-rata tat-telf tal-immunità fuq id-daqs finali tat-tifqigħa u ż-żmien speċifiku tat-tifqigħat rikorrenti tal-istess nisel. Non-qawmien mill-ġdid jirrappreżenta li l-istess razza nisel mhux se terġa 'titqajjem. (Għal interpretazzjoni tar-referenzi għall-kulur f'din il-leġġenda tal-figura, il-qarrej huwa riferut għall-verżjoni web ta 'dan l-artikolu.)

Fig. 12. Perjodiċità ta 'tifqigħat rikorrenti ta' l-istess nisel taħt żmien fit-tul. Tliet kurvi fis-subplot (a) jindikaw il-perjodiċità ta' tifqigħat rikorrenti taħt tilqim għal żmien qasir (𝑇=15 𝑤𝑒𝑒𝑘𝑠, 𝑖.𝑒. 𝑏𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑛𝑖 𝑎𝑛𝑛𝑖 𝑤𝑒𝑒𝑘𝑠, 𝑖.𝑒. 𝑟𝑒𝑑 𝑙𝑖𝑛𝑒.) u fit-tul tilqim (𝑇=90 𝑤𝑒𝑒𝑘𝑠, 𝑖.𝑒. 𝑔𝑟𝑒𝑒𝑛 𝑙𝑖𝑛𝑒.). is-subplot (b) turi l-effett tar-rata tat-telf tal-immunità (kemm il-protezzjoni 𝜓 kif ukoll it-tul tal-immunizzazzjoni 𝑇 ) fuq il-perjodiċità tat-tifqigħat rikorrenti. Ineżistenti jindika li se jkun hemm assenza ta 'tifqigħat rikorrenti tal-istess nisel.

Fig. 13. Impatt tar-rata ta 'telf ta' immunità inkroċjata fuq it-tifqigħa mill-ġdid tar-razza preċedenti. (a) juri l-effett tar-rata ta’ telf ta’ cross-immunity fuq id-daqs finali ta’ tifqigħat mill-ġdid minn razez preċedenti. (b) juri l-effett tar-rata tat-telf tal-immunità inkroċjata fuq l-intervall tal-ħin tal-qawmien ta 'razez preċedenti. Non-qawmien mill-ġdid jirrappreżenta r-razza ta 'qabel mhux se jerġa' jqajjem.

5.3.2. Qawmien mill-ġdid tan-nisel preċedenti minħabba immunizzazzjoni inkroċjata parzjali

Taħt il-kundizzjoni fejn 𝛼1 huwa qrib 0, li jfisser li l-vantaġġ kompetittiv taż-żewġ razez mhuwiex relatat mal-kapaċità li jaħarbu l-immunità għall-vaċċin, nistgħu naraw li l-kundizzjoni tal-limitu li għaliha n-nisel preċedenti se terġa -tifqigħa b'𝜂1 hija bejn wieħed u ieħor 2e-3 f'Fig. 13. Barra minn hekk, meta 𝜂2 tkun f'medda minima, ir-rifaċċar tan-nisel preċedenti se jkun affettwat peress li 𝜂2 għandu biss effett għal żmien qasir fuq in-nisel preċedenti. Meta 𝜂2 ikun fil-bqija tal-medda, id-daqs finali tat-tifqigħa rikorrenti jiżdied b'𝜂1 jiżdied. Il-ħin tal-qawmien mill-ġdid huwa definit bħala l-intervall ta 'żmien mill-1 ta' Awwissu, 2022, sa data futura. Ir-riżultati tas-simulazzjonijiet tagħna juru li n-nisel preċedenti (razza Delta) se jerġa 'jqajjem wara 250 jum meta 𝜂1 ikun kbir biżżejjed. Taħt il-limitu, il-kundizzjoni mhux se sseħħ it-tifqigħa mill-ġdid tan-nisel preċedenti. Il-possibbiltajiet kollha tal-valuri 𝜂1 huma esplorati bil-għan ta’ għarfien aħjar dwar id-dinamika futura tat-trażmissjoni tal-pandemija.

6. Konklużjoni u diskussjoni 

Aħna pproponejna mudell epidemiku dwar il-ko-trasmissjoni ta 'razez biex tifformalizza l-kompetizzjoni bejn razez kompetituri tas-SARS-CoV-2. Taqbel b'mod preċiż max-xejriet tal-epidemija fit-tul f'seba 'pajjiżi, inklużi l-Korea t'Isfel, id-Danimarka, Spanja u l-Afrika t'Isfel, kif ukoll ix-xejriet tal-varjanti. Meta mqabbel ma 'mudelli ta' trażmissjoni tradizzjonali bħal mudelli SEIR u tekniki ta 'tagħlim fil-fond, juri vantaġġi sinifikanti fit-tbassir ta' serje ta 'żmien fit-tul. Ir-riżultati huma murija fl-Appendiċi A.4. Il-vantaġġ kompetittiv tal-VOC bħalissa u l-fatturi li jinfluwenzaw il-vantaġġ kompetittiv fost ir-razez ġew kwantifikati mill-mudell tagħna. Permezz tal-mekkaniżmu kompetittiv bejn ir-razez, dawn il-fatturi għandhom impatt sinifikanti fuq id-dinamika tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2 fil-futur. Hawn huma żewġ fenomeni futuri potenzjali tar-razez SARS-CoV-2 maqbuda mill-mudell tagħna. Huma l-invażjoni ta 'razza ġdida u l-qawmien mill-ġdid tar-razza preċedenti, rispettivament. Fl-ewwel fenomenu, differenzi fil-livell ta 'immunità inkroċjata u l-ħin ta' l-invażjoni ta 'razza futura se jirriżultaw f'differenzi kbar fid-daqs, il-quċċata, u t-tul tar-razza futura kif ukoll il-ħin ta' sostituzzjoni li tikkompeti. Barra minn hekk, Ir-riżultati ta 'dan l-istudju jissuġġerixxu għal invażjoni futura ta' razza ġdida, li tippermettilha li tinfirex b'mod ħieles jista 'jirriżulta fl-akbar daqs ta' infezzjoni fiċ-Ċina u l-iżgħar fid-Danimarka minħabba d-differenza kbira fl-iskala ta 'cross-immunization preċedenti bejn il- żewġ pajjiżi. Din is-sejba tista' tgħin biex tiggwida l-implimentazzjoni ta' NPIs futuri, pereżempju, l-NPIs jistgħu jiġu rilassati f'pajjiżi li mhumiex suxxettibbli għal razez ġodda. Fit-tieni fenomenu, il-qawmien mill-ġdid tal-istess nisel u n-nisel differenti kien osservat mill-mudell tagħna. Għall-qawmien mill-ġdid tal-istess nisel, SARS-CoV-2 probabbilment se jidħol f'ċirkolazzjoni regolari. Il-perjodu taċ-ċiklu jiddependi fuq it-tul tal-immunizzazzjoni. Barra minn hekk, il-kundizzjonijiet tal-limitu miksuba mis-simulazzjonijiet numeriċi u mbagħad, il-fenomeni ta' transizzjoni tal-fażi osservati huma kkwantifikati fit-Taqsima 5.3.1. Għall-qawmien mill-ġdid tan-nisel differenti, il-qawmien mill-ġdid tal-varjant preċedenti bħall-varjant Delta probabbilment se jseħħ fil-futur jekk ma jibqgħux joħorġu varjanti ġodda. Bl-istess mod, il-kundizzjonijiet tal-limitu għall-qawmien mill-ġdid tar-razza preċedenti u l-ħin probabbli tal-okkorrenza ġew evalwati fit-Taqsima 5.3.2. Ir-riżultati tas-simulazzjoni ta’ żewġ fenomeni mhux biss se jibbenefikaw minna biex nifhmu l-konsegwenzi ta’ invażjoni ta’ varjant ġdid kif ukoll biex nagħżlu NPIs aħjar iżda jgħinuna wkoll biex niddeterminaw id-dinamika futura ta’ trażmissjoni tas-SARS-CoV-2

cistanche benefiċċji-ssaħħaħ is-sistema immuni

Il-qawmien mill-ġdid perjodiku ta 'tifqigħat minħabba telf ta' immunità inkroċjata intwera li huwa preżenti fil-koronavirus uman [58,59]. Madankollu, il-livell ta’ cross-immunity tar-razez ta’ SARS-CoV-2 ivarja b’mod sinifikanti mill-cross-immunity preċedenti tal-koronavirus [32,60]. Għalhekk, għamilna delineazzjoni komprensiva ħafna tal-livell ta' cross-immunity fost ir-razez tas-SARS-CoV-2 u qiesna l-livell futur possibbli ta' cross-immunity fis-simulazzjonijiet tagħna. Għalkemm dan ix-xenarju ma ġiex osservat fost ir-razez ta' SARS-CoV-2, ġie osservat ukoll f'xi studji permezz ta' simulazzjonijiet [61,62]. Madankollu, il-fenomenu tal-qawmien mill-ġdid tan-nisel differenti preċedenti qatt ma ġie osservat fl-istudji tal-immudellar tas-SARS-CoV-2. Ir-raġuni għaliex dan il-fenomenu ma seħħx fir-realtà tista 'tkun li l-emerġenza ta' varjant ġdid jipprevjeni l-qawmien mill-ġdid tan-nisel differenti preċedenti. Ninsabu f'era ta' wara l-epidemija fejn varjanti ta' SARS-CoV-2 għadhom evolvew biex jgħixu. Eżatt meta konna f'moħħna dwar il-veloċità tal-evoluzzjoni tagħha, injorajna li hekk kif il-varjanti tas-SARS-CoV-2 evolvew, ir-rati ta 'virulenza u mortalità tiegħu laħqu livelli aktar baxxi meta mqabbla ma' razez preċedenti. Għandna nieħdu ħarsa aktar djalettika tal-evoluzzjoni tal-varjanti, li żiedu l-kapaċità tagħhom li jittrasmettu u jaħarbu immuni għal għoli inkredibbli, filwaqt li t-theddida tagħhom għalina naqset [63,64]. Ir-riżultati tal-mudell tagħna għal simulazzjonijiet futuri jagħtuna xi ħarsa li jekk ma jitfaċċawx aktar varjanti li jikkompetu, il-qawmien mill-ġdid tar-razza b'patoġeniċità ogħla, bħar-razza Delta, tkun aktar frustranti. Għalhekk, id-dehra ta 'subvarjanti Omicron tista' tkun qed tipprevjeni l-qawmien mill-ġdid tal-varjant preċedenti.

Il-mudell tagħna għandu diversi limitazzjonijiet. L-ewwel, ma nqisux l-eteroġeneità tal-popolazzjoni. Pereżempju, l-effett tal-grupp ta 'età fuq id-dinamika tat-trażmissjoni mhuwiex ikkunsidrat mill-mudell tagħna. Barnard et al. qiesu l-grupp ta' età fis-simulazzjoni tagħhom tad-dinamika ta' żmien medju tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2 fl-Ingilterra fl-era Omicron [65]. Din il-konsiderazzjoni tista 'tressaq il-mudell eqreb lejn id-dinja reali. It-tieni, xi parametri mhumiex f'forma li tvarja fil-ħin jew funzjonali, li jistgħu jkunu sottorappreżentati għal avvenimenti estremi matul iż-żmien twil ta 'twaħħil. It-tielet, aħna ma nqisux l-effett ta 'miżuri ta' intervent mhux farmaċewtiċi fuq il-kompetizzjoni bejn ir-razez. Ir-raba ', is-sejbiet tagħna għal xi fenomeni huma magħmula permezz ta' riżultati ta 'simulazzjoni numerika aktar milli provi matematiċi rigorużi. Pereżempju, il-kundizzjonijiet tal-limitu li ksibna għall-qawmien mill-ġdid ta 'razez preċedenti huma solvuti numerikament aktar milli analitikament. Fl-aħħar nett, ikkunsidrajna biss iż-żewġ razez li jikkompetu l-aktar dominanti f'kull perjodu tal-proċess ta 'trażmissjoni tal-kompetizzjoni tar-razez. Madankollu, fl-era ta 'wara l-epidemija, xi razez oħra inqas dominanti jistgħu wkoll jinfluwenzaw il-proċess kollu ta' trażmissjoni kompetittiva, u għalhekk il-karatteristiċi epidemjoloġiċi ta 'kull varjant għandhom jiġu mmudellati b'mod aktar bir-reqqa fix-xogħol futur.

Referenzi

[1] Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. Karatteristiċi kliniċi ta 'pazjenti infettati bil-koronavirus ġdid tal-2019 fi Wuhan, iċ-Ċina. Lancet 2020;395(10223):497–506.

[2] Haas EJ, Angulo FJ, McLaughlin JM, Anis E, Singer SR, Khan F, et al. Impatt u effettività tal-vaċċin mRNA BNT162b2 kontra infezzjonijiet SARS-CoV-2 u każijiet COVID{-19, dħul fl-isptar, u mwiet wara kampanja ta 'tilqim nazzjon kollu fl-Iżrael: Studju ta' osservazzjoni li juża data ta 'sorveljanza nazzjonali. Lancet 2021;397(10287):1819–29.

[3] Abdool Karim SS, de Oliveira T. Varjanti ġodda ta' SARS-CoV-2-implikazzjonijiet kliniċi, tas-saħħa pubblika u tat-tilqim. N Engl J Med 2021;384(19):1866–8.

[4] Mwenda M, Saasa N, Sinyange N, Busby G, Chipimo PJ, Hendry J, et al. Sejbien ta' B. 1.351 SARS-CoV-2 variant strain-Żambja, Diċembru 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70(8):280.

[5] Harvey WT, Carabelli AM, Jackson B, Gupta RK, Thomson EC, Harrison EM, et al. Varjanti ta' SARS-CoV-2, mutazzjonijiet ta' spike, u ħarba immuni. Nat Rev Microbiol 2021;19(7):409–24.

[6] Tegally H, Wilkinson E, Althaus CL, Giovanetti M, San JE, Giandhari J, et al. Sostituzzjoni rapida tal-varjant beta bil-varjant delta fl-Afrika t'Isfel. 2021, MedRxiv, Cold Spring Harbour Laboratory Press.

[7] Ren SY, Wang WB, Gao RD, Zhou AM. Varjant Omicron (B. 1.1. 529) ta' SARS-CoV-2: Mutazzjoni, infettività, trasmissjoni, u reżistenza għall-vaċċin. World J Clin Cases 2022;10(1):1.

[8] Kumar R, Murugan NA, Srivastava V. L-affinità mtejba tal-irbit tal-proteina spike ta 'Omicron għar-riċettur 2 tal-enżima li tikkonverti l-angiotensin uman hija ċ-ċavetta wara ż-żieda fil-virulenza tagħha. Int J Mol Sci 2022;23(6):3409.

[9] Willett BJ, Grove J, MacLean OA, Wilkie C, De Lorenzo G, Furnon W, et al. SARS-CoV-2 Omicron huwa varjant ta' ħarba immuni b'passaġġ ta' dħul taċ-ċelluli mibdul. Nat Microbiol 2022;1–19.

[10] Zhang X, Wu S, Wu B, Yang Q, Chen A, Li Y, et al. SARS-CoV-2 Ir-razza Omicron turi kapaċitajiet qawwija għall-evażjoni immuni u d-dħul virali. Terapija mmirata tat-Transduct tas-Sinjal 2021;6(1):1–3.

[11] Tian D, Sun Y, Xu H, Ye Q. L-emerġenza u l-karatteristiċi epidemiċi tal-varjant Omicron SARS-CoV-2 b'mutazzjoni kbira. J Med Virol 2022;94(6):2376–83.

[12] Cao Y, Yisimayi A, Jian F, Song W, Xiao T, Wang L, et al. BA. 2.12. 1, BA. 4 u BA. 5 antikorpi ta 'ħarba suscitati mill-infezzjoni Omicron. Natura 2022;1–3.

[13] Ai J, Wang X, He X, Zhao X, Zhang Y, Jiang Y, et al. Evażjoni ta' antikorpi ta' SARS-CoV-2 Omicron BA. 1, BA. 1.1, BA. 2, u BA. 3 sotto-nisel. Mikrobu Ospitanti taċ-Ċelluli 2022.

[14] Zhou Y, Zhi H, Teng Y. It-tifqigħa ta' SARS-CoV-2 nisa Omicron, ħarba immuni, u effettività tal-vaċċin. J Med Virol 2022.

[15] Wang Q, Guo Y, Iketani S, Nair MS, Li Z, Mohri H, et al. Evażjoni ta' antikorpi minn subvarjanti ta' SARS-CoV-2 Omicron BA. 2.12. 1, BA. 4,& BA. 5. Natura 2022;1–3.

[16] Nuño M, Feng Z, Martcheva M, Castillo-Chavez C. Dinamika ta' influwenza b'żewġ razez b'iżolament u cross-immunity parzjali. SIAM J Appl Math 2005;65(3):964–82.

[17] Alford MA, Mann S, Akhoundsadegh N, Hancock RE. Il-kompetizzjoni bejn Pseudomonas aeruginosa u Staphylococcus aureus hija dipendenti fuq is-sinjalar interċellulari u regolata mis-sistema b'żewġ komponenti NtrBC. Sci Rep 2022;12(1):1–14.

[18] Qiao JQ, Li L. Analiżi ta 'mard infettiv kompetittiv bi razez multipli. Chaos Solitons Fractals 2017;104:215–21.

[19] Gaudreault NN, Cool K, Trujillo JD, Morozov I, Meekins DA, McDowell C, et al. Suxxettibilità tan-nagħaġ għal koinfezzjoni sperimentali man-nisel antenati tas-SARS-CoV-2 u l-varjant alfa tiegħu. Emerg Microbes Infect 2022;11(1):662–75.

[20] Popovic M. Strain wars 3: Differenzi fl-infettività u l-patoġeniċità bejn ir-razez delta u Omicron ta' SARS-CoV-2 jistgħu jiġu spjegati permezz ta' parametri termodinamiċi u kinetiċi ta' rbit u tkabbir. Microb Risk Anal 2022;100217.

[21] Layton AT, Sadria M. Nifhmu d-dinamika tal-varjanti ta 'tħassib SARS-CoV-2 f'Ontario, il-Kanada: Studju ta' mudellar. Sci Rep 2022;12(1):1–16.

[22] Genné D, Rossel M, Sarr A, Battilotti F, Rais O, Rego RO, et al. Kompetizzjoni bejn razez ta' Borrelia afzelii fit-tessuti ospitanti u konsegwenzi għat-trażmissjoni għall-qurdien. ISME J 2021;15(8):2390–400.

[23] Chen J, Wang R, Wei GW. Reviżjoni tal-mekkaniżmi tal-evoluzzjoni u t-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2. 2021, arXiv.

[24] Rohani P, Wearing HJ, Vasco DA, Huang Y, et al. Nifhmu sistemi multipatoġeniċi ospitanti: immudellar tal-interazzjoni bejn l-ekoloġija u l-immunoloġija. Fi: Ekoloġija tal-mard infettiv: effetti tal-ekosistemi fuq il-mard u tal-mard fuq l-ekosistemi. Princeton University Press Princeton, New Jersey, l-Istati Uniti; 2008, p. 48–70.

[25] Zhan J, McDonald BA, et al. Miżuri sperimentali tal-kompetizzjoni tal-patoġenu u saħħa relattiva. Annu Rev Phytopathol 2013;51(1):131–53.

[26] Nickbakhsh S, Mair C, Matthews L, Reeve R, Johnson PC, Thorburn F, et al. L-interazzjonijiet tal-virus-virus għandhom impatt fuq id-dinamika tal-popolazzjoni tal-influwenza u l-kesħa komuni. Proc Natl Acad Sci 2019;116(52):27142–50.

[27] Makau DN, Lycett S, Michalska-Smith M, Paploski IA, Cheeran MC-J, Craft ME, et al. Dinamika ekoloġika u evoluttiva ta 'viruses RNA b'ħafna razez. Nat Ecol Evol 2022;1–9.

[28] Recker M, Pybus OG, Nee S, Gupta S. Il-ġenerazzjoni ta' tifqigħat ta' influwenza minn netwerk ta' risponsi immuni ospitanti kontra sett limitat ta' tipi antiġeniċi. Proc Natl Acad Sci 2007;104(18):7711–6.

[29] Bhattacharyya S, Gesteland PH, Korgenski K, Bjørnstad ON, Adler FR. L-immunità inkroċjata bejn ir-razez tispjega l-mudell dinamiku tal-paramixoviruses. Proc Natl Acad Sci 2015;112(43):13396–400.

[30] Andreasen V. Epidemiji fil-kompetizzjoni: Cross-immunity parzjali. Bull Math Biol 2018;80(11):2957–77.

[31] Pulliam JR, van Schalkwyk C, Govender N, von Gottberg A, Cohen C, Groome MJ, et al. Riskju akbar ta' infezzjoni mill-ġdid tas-SARS-CoV-2 assoċjata mal-emerġenza ta' Omicron fl-Afrika t'Isfel. Xjenza 2022;376(6593):eabn4947.

[32] Altarawneh HN, Chemaitelly H, Hasan MR, Ayoub HH, Qassim S, AlMukdad S, et al. Protezzjoni kontra l-varjant Omicron minn infezzjoni preċedenti tas-SARS-CoV-2. N Engl J Med 2022;386(13):1288–90.

[33] Dejnirattisai W, Huo J, Zhou D, Zahradník J, Supasa P, Liu C, et al. SARS-CoV- 2 Omicron-B. 1.1. 529 iwassal għal ħarba mifruxa minn reazzjonijiet ta 'antikorpi newtralizzanti. Ċellula 2022;185(3):467–84.

[34] Reynolds CJ, Pade C, Gibbons JM, Otter AD, Lin KM, Muñoz Sandoval D, et al. It-tisħiħ tal-immunità minn b. 1.1. 529 (Omicron) jiddependi fuq espożizzjoni preċedenti għal SARS-CoV-2. Xjenza 2022;377(6603):eabq1841.

[35] Stegger M, Edslev SM, Sieber RN, Ingham AC, Ng KL, Tang M-HE, et al. L-okkorrenza u s-sinifikat ta 'Omicron BA. 1 infezzjoni segwita minn BA. 2 infezzjoni mill-ġdid. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbour Laboratory Press.

[36] Rössler A, Knabl L, von Laer D, Kimpel J. Profil ta' newtralizzazzjoni wara l-irkupru minn infezzjoni ta' SARS-CoV-2 Omicron. N Engl J Med 2022;386(18):1764–6.

[37] Newman ME. Effetti ta' limitu għal żewġ patoġeni li jinfirxu fuq netwerk. Phys Rev Lett 2005;95(10):108701.

[38] Girvan M, Callaway DS, Newman ME, Strogatz SH. Mudell sempliċi ta 'epidemiji b'mutazzjoni ta' patoġenu. Phys Rev E 2002;65(3):031915.

[39] Poletto C, Meloni S, Van Meter A, Colizza V, Moreno Y, Vespignani A. Karatterizzazzjoni ta' kompetizzjoni bejn żewġ patoġeni f'ambjenti strutturati spazjalment. Sci Rep 2015;5(1):1–9.

[40] Barreiro N, Govezensky T, Ventura C, Núñez M, Bolcatto P, Barrio R. Immudellar tal-interazzjoni tal-varjanti tas-SARS-CoV-2 fir-Renju Unit. Sci Rep 2022;12(1):1–8.

[41] de León UA-P, Avila-Vales E, Huang Kl. Immudellar dinamiku ta' COVID-19 bl-użu ta' mudell ta' żewġ razez bit-tilqim. Chaos Solitons Fractals 2022;157:111927.

[42] Tchoumi S, Rwezaura H, Tchuenche J. Dinamika ta' mudell COVID-19 b'żewġ razez bit-tilqim. Rizultati Phys 2022;105777.

[43] Ramos AM, Vela-Pérez M, Ferrández MR, Kubik A, Ivorra B. Immudellar tal-impatt tal-varjanti u l-vaċċini tas-SARS-CoV-2 fuq it-tixrid tal-COVID-19. Commun Nonlinear Sci Number Simul 2021;102:105937.

[44] Saad-Roy CM, Morris SE, Metcalf CJE, Mina MJ, Baker RE, Farrar J, et al. Konsiderazzjonijiet epidemjoloġiċi u evoluzzjonarji ta' reġimi ta' dożaġġ tal-vaċċini SARS-CoV-2. Xjenza 2021;372(6540):363–70.

[45] Hamill V, Noll L, Lu N, Tsui WNT, Porter EP, Gray M, et al. Sejbien molekulari ta' razez ta' SARS-CoV-2 u differenzjazzjoni ta' razez varjanti delta. Transbound Emerg Dis 2021.

[46] Islam MR, Hossain MJ. L-iskoperta tal-varjant Omicron SARS-CoV-2 (B. 1.1. 529) ħoloq paniku fost in-nies madwar id-dinja: X'għandna nagħmlu bħalissa? J Med Virol 2022;94(5):1768–9.

[47] Andrews N, Stowe J, Kirsebom F, Toffa S, Rickeard T, Gallagher E, et al. L-effettività tal-vaċċin Covid-19 kontra l-varjant Omicron (B. 1.1. 529). N Engl J Med 2022;386(16):1532–46.

[48] ​​Altarawneh HN, Chemaitelly H, Ayoub H, Tang P, Hasan MR, Yassine HM, et al. Effett ta 'infezzjoni preċedenti, tilqim, u immunità ibrida kontra BA sintomatika. 1 u BA. 2 Infezzjonijiet Omicron u COVID severi-19 fil-Qatar. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbour Laboratory Press.

[49] Lapointe HR, Mwimanzi F, Cheung PK, Sang Y, Yaseen F, Kalikawe R, et al. Infezzjoni serjali bis-SARS-CoV-2 Omicron BA. 1 u BA. 2 wara tilqim bi tliet dożi COVID-19. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbour Laboratory Press.

[50] Grant R, Charmet T, Schaeffer L, Galmiche S, Madec Y, Von Platen C, et al. Impatt tal-varjant delta tas-SARS-CoV-2 fuq l-inkubazzjoni, is-settings tat-trażmissjoni, u l-effettività tal-vaċċin: Riżultati minn studju ta' kontroll ta' każ fuq livell nazzjonali fi Franza. Lancet Regional Health-Europe 2022;13:100278.

[51] Tanaka H, ​​Ogata T, Shibata T, Nagai H, Takahashi Y, Kinoshita M, et al. Perjodu iqsar ta' inkubazzjoni fost il-każijiet COVID-19 mal-BA. 1 varjant Omicron. Int J Environ Res Public Health 2022;19(10):6330.

[52] Del Águila-Mejía J, Wallmann R, Calvo-Montes J, Rodríguez-Lozano J, Valle Madrazo T, Aginagalde-Llorente A. Rata ta' attakk sekondarju, perjodi ta' trażmissjoni u inkubazzjoni, u intervall serjali ta' SARS-CoV{{6 }} Varjant Omicron, Spanja. Emerg Infect Diseases 2022;28(6):1224.

[53] GISAID. Traċċar tal-varjanti. 2022, https://gisaid.org/. [Aċċess fl-1 ta' April 2022].

[54] Data OWI. Każijiet. 2022, https://ourworldindata.org/covid-cases. [Aċċess fl-1 ta' April 2022].

[55] worldometer. COVID-19 Pandemija tal-koronavirus. 2022, https://www. worldometers.info/coronavirus/. [Aċċess fl-1 ta' April 2022].

[56] Elliott P, Eales O, Steyn N, Tang D, Bodinier B, Wang H, et al. Twin peaks: l-Omicron SARS-CoV-2 BA. 1 u BA. 2 epidemiji fl-Ingilterra. Xjenza 2022;eabq4411.

[57] Kubale J, Gleason C, Carreño JM, Srivastava K, Gordon A, Krammer F, et al. Lonġevità ta' l-antikorpi li torbot l-ispike ta' SARS-CoV-2 u protezzjoni minn infezzjoni mill-ġdid b'varjanti ta' SARS-CoV-2 antiġenikament simili. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbour Laboratory Press.

[58] Killerby ME, Biggs HM, Haynes A, Dahl RM, Mustaquim D, Gerber SI, et al. Ċirkolazzjoni tal-koronavirus uman fl-Istati Uniti 2014–2017. J Clin Virol 2018;101:52–6.

[59] Callow K, Parry H, Surġent M, Tyrrell D. Il-kors taż-żmien tar-rispons immuni għall-infezzjoni sperimentali tal-koronavirus tal-bniedem. Epidemiol Infect 1990;105(2):435–46.

[60] Chan KH, Chan JF-W, Tse H, Chen H, Lau CC-Y, Cai JP, et al. Antikorpi reattivi inkroċjati fis-serum ta' pazjenti konvalexxenti tas-SARS kontra l-koronavirus uman ġdid emerġenti EMC (2012) kemm permezz ta' testijiet ta' antikorpi immunofluworexxenti kif ukoll newtralizzanti. J Infect 2013;67(2):130–40.

[61] Kissler SM, Tedijanto C, Goldstein E, Grad YH, Lipsitch M. Jipproġettaw id-dinamika tat-trażmissjoni ta' SARS-CoV-2 matul il-perjodu ta' wara l-pandemija. Science 2020;368(6493):860–8.

[62] Cohen LE, Spiro DJ, Viboud C. Il-proġettazzjoni tat-tranżizzjoni tas-SARS-CoV-2 minn pandemija għal endemiċità: Konsiderazzjonijiet epidemjoloġiċi u immunoloġiċi. PLoS Pathog 2022;18(6):e1010591.

[63] Alizon S, Hurford A, Mideo N, Van Baalen M. Evoluzzjoni tal-virulenza u l-ipoteżi tal-kompromess: Storja, l-istat attwali tal-affarijiet u l-futur. J Evol Biol 2009;22(2):245–59.

[64] Fan Y, Li X, Zhang L, Wan S, Zhang L, Zhou F. SARS-CoV-2 Varjant Omicron: Progress reċenti u perspettivi futuri. Sinjal Transduct Target Therapy 2022;7(1):1–11.

[65] Barnard RC, Davies NG, Jit M, Edmunds WJ. Immudellar tad-dinamika ta' żmien medju tat-trażmissjoni tas-SARS-CoV-2 fl-Ingilterra fl-era Omicron. Nature Commun 2022;13(1):1–15.