Karatteristiċi Kliniċi, Dijanjosi, Riżultati U Analiżi tal-Mikrobijoma tal-Pulmun Ta' Asperġillosi Pulmonari Invażiva fil-Pazjenti bil-Pnewmonja Akkwiżita mill-Komunità

ASTRATT

Sfond

Asperġillosi pulmonari invażiva (IPA) għadha sottovalutata f'pazjenti bi pnewmonja miksuba fil-komunità (CAP). Dan l-istudju għandu l-għan li jiddeskrivi l-karatteristiċi kliniċi u r-riżultati tal-IPA f'pazjenti tal-CAP, jivvaluta l-prestazzjoni dijanjostika tas-sekwenzjar metaġenomika tal-ġenerazzjoni li jmiss (mNGS) għall-IPA u janalizza l-mikrobijoma tal-pulmun permezz ta 'dejta mNGS.

Riċentement, l-epidemija ġdida tal-pnewmonja tal-koronavirus ġibdet attenzjoni mifruxa madwar id-dinja. Ħafna nies bdew joqogħdu attenti jekk l-immunità tagħhom hijiex b'saħħitha biżżejjed minħabba li l-immunità hija l-ewwel linja ta 'difiża tal-ġisem kontra l-mard. F'dan l-artikolu, nesploraw ir-relazzjoni bejn il-pnewmonja u l-immunità.

Il-pnewmonja hija infezzjoni respiratorja serja u marda infjammatorja kkawżata minn bosta kawżi. Viruses bħall-riħ komuni, l-influwenza, u l-koronavirus ġdid jistgħu kollha jikkawżaw pnewmonja. L-enfasi ta 'din il-marda hija li tikkawża ħsara irriversibbli lis-sistema respiratorja u tista' twassal għal insuffiċjenza respiratorja.

Madankollu, jekk l-immunità tiegħek hija adegwata, ġismek ikun mgħammar aħjar biex jiġġieled kontra virus u batterji. Dan huwa prinċipalment minħabba ċelluli bojod tad-demm - waħda mill-aktar ċelluli immuni importanti fil-ġisem. Iċ-ċelloli bojod tad-demm jistgħu jagħrfu l-patoġeni li jinvaduhom u jattakkawhom direttament, u jistgħu wkoll inixxu antikorpi biex jiddefendu kontra l-invażjoni tal-patoġeni.

Minbarra ċ-ċelluli bojod tad-demm, xi komponenti importanti oħra tas-sistema immuni jinkludu limfoċiti u fagoċitosi. Il-limfoċiti jattivaw is-sistema immuni billi jagħrfu l-patoġeni barranin, filwaqt li l-fagoċitosi hija meta ċerti tipi ta’ ċelluli bojod tad-demm jaħarbu u jkissru patoġeni bħal batterji li jinvaduh.

Għalhekk, iż-żamma tas-sistema immuni tiegħek b'saħħitha hija mod effettiv biex tipprevjeni infezzjonijiet respiratorji bħall-pnewmonja. Tista 'ttejjeb l-immunità tiegħek billi tiekol ikel rikk f'vitamini, proteini u antiossidanti, bħal ħut tal-baħar fond, ġewż, fażola, frawli, blueberries, u aktar. Barra minn hekk, iż-żamma ta 'saħħa tajba hija wkoll importanti ħafna, inkluż li ma tipjipx, li tagħmel aktar eżerċizzju, li żżomm irqad tajjeb, u tnaqqas l-istress.

Fil-qosor, biex jiġu evitati infezzjonijiet respiratorji bħall-pnewmonja, huwa essenzjali li tinżamm immunità tajba. Għandna bżonn intejbu l-immunità tal-ġisem permezz ta 'dieta sana, eżerċizzju xieraq, u drawwiet ta' rqad. Ippjana b'mod raġonevoli l-istil tal-ħajja tiegħek sabiex ġismek ikollu mekkaniżmu ta 'difiża aħjar u jibqa' 'l bogħod minn mard bħall-pnewmonja. Minn dan il-lat, jeħtieġ li ntejbu l-immunità tagħna. Cistanche jista 'jtejjeb b'mod sinifikanti l-immunità, minħabba li l-irmied tal-laħam fih varjetà ta' komponenti bijoloġikament attivi, bħal polisakkaridi, żewġ faqqiegħ, Huang Li, eċċ Dawn il-komponenti jistgħu jistimulaw is-sistema immuni Diversi tipi ta 'ċelluli fis-sistema, iżidu l-attività immuni tagħhom.

Ikklikkja benefiċċji għas-saħħa ta 'cistanche

Metodi

Dan l-istudju retrospettiv ta’ koorti inkluda pazjenti tal-CAP mit-22 ta’ April 2019 sat-30 ta’ Settembru 2021. Ġiet analizzata dejta klinika u mikrobijoloġika. Il-prestazzjoni dijanjostika ta 'mNGS tqabbel ma' metodi ta 'skoperta tradizzjonali. Il-mikrobijoma tal-pulmun misjub mill-mNGS ġie kkaratterizzat u l-assoċjazzjoni tiegħu mal-karatteristiċi kliniċi ġiet evalwata.

Riżultati ewlenin

L-IPA ġiet iddijanjostikata f'26 (23.4 fil-mija) minn 111-il pazjent CAP. Pazjenti bl-IPA wrew immunità dipressa, mortalità ogħla fl-isptar (30.8 fil-mija vs 11.8 fil-mija), u mortalità fl-unità tal-kura intensiva (42.1 fil-mija vs 17.5 fil-mija) meta mqabbla ma 'pazjenti mingħajr IPA. It-test tal-antiġen tal-galactomannan (GM) kellu l-ogħla sensittività (57.7 fil-mija) fl-iskoperta tal-Aspergillus spp, segwit minn mNGS (42.3 fil-mija), kultura (30.8 fil-mija) u smear (7.7 fil-mija). Il-mugs, il-kultura u t-tiċrit kellhom 100 fil-mija speċifiċità, filwaqt li t-test GM kellu 92.9 fil-mija speċifiċità. L-istruttura mikrobjali tal-IPA kienet differenti b'mod sinifikanti minn pazjenti mhux IPA (p<0.001; Wilcoxon test). Nineteen different species were significantly correlated with clinical outcomes and laboratory biomarkers, particularly for Streptococcus salivarius, Prevotella timonensis, and Human betaherpesvirus 5.

Konklużjonijiet

Ir-riżultati tagħna juru li l-pazjenti b'infezzjoni ta 'Aspergillus għandhom it-tendenza li jkollhom rata ta' mortalità bikrija ogħla. L-NGS jista' jiġi ssuġġerit bħala kumpliment għal testijiet mikrobijoloġiċi ta' rutina fid-dijanjosi ta' pazjenti f'riskju ta' infezzjoni ta' Aspergillus. Il-mikrobijota tal-pulmun hija assoċjata ma 'kundizzjonijiet infjammatorji, immuni, u metaboliċi tal-IPA, u għalhekk tinfluwenza r-riżultati kliniċi.

INTRODUZZJONI

L-asperġillosi pulmonari invażiva (IPA) hija kawża importanti ta’ morbożità u mortalità, li tipikament taffettwa lill-ospiti immunokompromessi, bħal pazjenti b’infezzjoni bl-HIV kif ukoll pazjenti li qed jirċievu terapija b’kortikosterojdi, riċevituri ta’ trapjant, jew kanċer ematoloġiku.1 Bosta każijiet ta’ dijanjosi ħażina jew dijanjosi mitlufa u dijanjostikati biss wara l-mewt minħabba nuqqas ta’ riżorsi mediċi u fatturi ta’ riskju ġodda huma sottovalutati.2 Id-dijanjosi klinika tal-IPA tinkludi fatturi ospitanti, karatteristiċi kliniċi, u evidenza mikoloġika. fatturi ospitanti tradizzjonali u n-nuqqas ta’ sejbiet kliniċi u radjoloġiċi tipiċi jwasslu għal dijanjosi mdewma u mitlufa f’pazjenti IPA.4 Il-linji gwida tal-prattika klinika tal-American Thoracic Society ippubblikati reċentement għad-dijanjosi ta’ infezzjoni fungali jenfasizzaw it-testijiet dijanjostiċi indipendenti mill-kultura, b’rakkomandazzjonijiet qawwija mogħtija lil l-iskoperta ta 'Aspergillus DNA fil-fluwidu tal-ħasil tal-bronkoalveolari (BALF) permezz ta' PCR.5.

Fl-aħħar għaxar snin, l-iżvilupp fil-metodi molekulari għall-kwantifikazzjoni u s-sekwenzjar tad-DNA patoġeniku ffaċilita ħafna l-iskoperta ta 'diversi mikro-organiżmi. Is-sekwenzjar metaġenomic tal-ġenerazzjoni li jmiss (NGS) issa ġie applikat b'mod wiesa' għad-dijanjosi ta' mard infettiv f'ambjenti kliniċi, speċjalment b'patoġeni speċifiċi jew mhux identifikati jew imħallta f'approċċ mhux immirat. ir-rata ta 'skoperta għal mycobacterium tuberculosis complex7 u tiffaċilita s-sejbien ta' patoġeni mħallta f'pazjenti immunokompromessi b'pulmonite severa miksuba mill-komunità (CAP).8 Sal-lum, il-prestazzjoni dijanjostika ta 'NGS għall-iskoperta ta' infezzjoni ta 'Aspergillosis tal-pulmun ma kinitx ċara.

Riċentement, varjazzjonijiet fil-kompożizzjoni u d-diversità tal-mikrobijomi tal-pulmun ġew deskritti f'ħafna mard respiratorju, li pprovdew sights ġodda għal dijanjosi preċiża. Pazjenti b'tuberkulożi ikkonfermata b'mod batterjoloġiku urew żieda konsiderevoli fl-ispeċi batterjali meta mqabbla ma 'pazjenti b'tuberkulożi negattiva.9 L-iżbilanċ tal-komunità pulmonari mmexxi minn arrikkiment mal-patoġenu potenzjali huwa korrelatat ma' riżultati f'pazjenti intubati/ventilati mekkanikament.10 Hérivaux et al skoprew pazjenti bl-IPA. urew abbundanza differenzjali ta’ taxa batterjali speċifika.11

B'tekniki dijanjostiċi aktar ġodda disponibbli, huwa fattibbli li jiġu evalwati l-karatteristiċi kliniċi u l-mikrobijoma tal-pulmun tal-IPA minn perspettiva ġdida għal fehim komprensiv tal-marda. Dan l-istudju kien iddisinjat biex jiddeskrivi l-karatteristiċi kliniċi u r-riżultati tal-IPA f'pazjenti bil-PAK, jevalwa l-prestazzjoni dijanjostika tal-mNGS għall-IPA u jiżvela r-relazzjoni bejn il-karatteristiċi kliniċi u l-mikrobijoma tal-pulmun fl-IPA.

METODI

Disinn tal-istudju u parteċipanti

Dan kien studju ta’ koorti retrospettiv li kien jikkonsisti f’pazjenti rikoverati fl-isptar (Età akbar minn jew ugwali għal 18-il sena) iddijanjostikati bħala CAP fl-Ewwel Sptar Affiljat tal-Università Medika ta’ Chongqing bejn it-22 ta’ April 2019 u t-30 ta’ Settembru 2021. Pazjenti rreġistrati f’dan l-istudju għandhom jiltaqgħu il-kriterji inklużivi li ġejjin: (1) iddijanjostikati bil-PAK li jissodisfaw il-linji gwida IDSA/ATS tal-200712, (2) għaddejjin minn lavage bronkoalveolari, (3) ebda espożizzjoni għall-antibijotiċi fl-aħħar ġimagħtejn qabel il-ġbir tal-kampjuni u (4) wara test tal-galactomannan (GM), smear, kultura u BALF mNGS riżultati ta 'BALF. Każijiet b’IPA probabbli jeħtieġu l-preżenza ta’ mill-inqas fattur ospitanti wieħed, manifestazzjoni klinika, u evidenza mikoloġika f’BALF, skont il-kriterji tal-2019 mill-Grupp ta’ Studju tal-Organizzazzjoni Ewropea għar-Riċerka u t-Trattament tal-Kanċer/Mycoses (EORTIC/MSG).3 F'dan l-istudju, modifika fil-kriterji dijanjostiċi kienet iż-żieda ta 'NGS bħala wieħed mill-metodi ta' ttestjar mikoloġiku inkluż test GM, smear, u kultura. Każijiet mingħajr IPA probabbli inkludew pazjenti mingħajr evidenza ta' evidenza klinika jew radjoloġika jew il-preżenza ta' Aspergillus spp fil-BALF. Il-pazjenti kollha rreġistrati ġew segwiti bit-telefon biex jistaqsu dwar is-sopravivenza jew id-data tal-mewt.

Ġbir tad-dejta u ttestjar mikrobijoloġiku

Informazzjoni klinika ġiet estratta mir-rekords mediċi elettroniċi bl-użu ta 'formola ta' ġbir ta 'dejta standardizzata, li kienet tinkludi informazzjoni demografika, dejta klinika, sejbiet tal-laboratorju, CT tas-sider, trattamenti antifungali u riżultati. Id-dejta kollha ġiet riveduta minn żewġ investigaturi b'mod indipendenti biex tiġi vverifikata l-eżattezza tad-dejta. L-{0}}skala ordinali tal-kategorija13 ġiet modifikata abbażi tad-disinn tal-istudju, li kien jikkonsisti f'kategoriji esklussivi reċiprokament kif ġej: kategorija 7, mewt; kategorija 6, li teħtieġ ventilazzjoni invażiva u appoġġ addizzjonali għall-organi (eż. terapija ta' sostituzzjoni tal-kliewi kontinwa jew ossiġenazzjoni extrakorpora tal-membrana); kategorija 5, li teħtieġ ventilazzjoni mekkanika invażiva; kategorija 4, li teħtieġ ventilazzjoni mhux invażiva jew ossiġnu ta 'fluss għoli; kategorija 3, li teħtieġ ossiġnu supplimentari b'maskra jew prongs nażali; kategorija 2, l-isptar, l-ebda ossiġnu; kategorija 1, mormija. It-titjib fl-istatus kliniku kien definit bħala tnaqqis ta' 2 kategoriji evalwati mill-iskala ordinali tal-livell 7-f'punti ta' ħin fissi (jiem 1, 7, 14, 21, u 28).
L-ittestjar għall-antiġenu GM fis-serum u l-GM f'BALF ġeneralment isir fil-pazjenti kollha rreġistrati. Riżultat kien ikkunsidrat pożittiv meta l-valuri tal-indiċi ottiku kienu akbar minn jew ugwali għal 1.0 fis-serum jew akbar minn jew ugwali għal 1.0 f'BALF jew akbar minn jew ugwali għal 0 .7 fis-serum u Akbar minn jew ugwali għal 0.8 f'BALF. Il-kampjuni BALF kienu soġġetti għal mNGS, smear bil-mikroskopija, u kultura fungali ordinarja.

Metagenomics sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss

Ġie miġbur 1.5–3mL ta’ BALF minn kull pazjent skont proċeduri standard.14 Tubu mikroċentrifugu ta’ 1.5mL li kien fih 0.6mL kampjun BALF, enzima, u 1g ta’ 0.5mm żibeġ tal-ħġieġ ġie mħawwad minn mixer vortex, u kampjun ta' 0.3mL ġie separat f'tubu mikroċentrifugu ta' 1.5mL u d-DNA ġie estratt bl-użu tat-TIANamp Micro DNA Kit (DP316, Tiangen Biotech) wara l-manwal tal-manifattur.15-il librerija tad-DNA nbnew permezz tad-DNA frammentazzjoni, tiswija tat-tarf, ligazzjoni tal-adapter, u amplifikazzjoni tal-PCR. Imbagħad, libreriji bi kwalità konfermata ġew sekwenzati mill-pjattaforma Illumina NextSeq 550 b’qari wieħed ta’ 75bp (Illumina, San Diego, California, USA).16

Il-kontroll intern, imsejjaħ unique molekulari spiked-in (UMSI), ġie miżjud mal-kampjun qabel l-estrazzjoni tad-DNA. Is-sekwenza tal-UMSI varjat f'kampjuni differenti. Kull ġirja tal-assaġġ NGS inkludiet kontroll negattiv estern li dam b'mod parallel mal-kampjuni kliniċi. Matul l-analiżi, il-kontaminazzjoni bejn il-kampjuni tista 'tinstab jekk is-sekwenza UMSI kienet l-istess jew il-qari ta' xi patoġeni fil-kontroll estern kien għoli ħafna.

Dejta ta’ sekwenzar ta’ kwalità għolja ġiet iġġenerata billi tneħħi qari ta’ kwalità baxxa, segwit minn tnaqqis komputazzjonali ta’ sekwenzi ospitanti umani mmappjati mal-ġenoma ta’ referenza tal-bniedem (hg19) bl-użu tal-allinjament Burrows-Wheeler.17 Id-data li kien fadal bit-tneħħija ta’ qari ta’ kumplessità baxxa ġiet ikklassifikata billi fl-istess ħin tallinja ma 'erba' databases tal-ġenoma mikrobjali (batterji, fungi, viruses, u parassiti), li ġew imniżżla miċ-Ċentru Nazzjonali għall-Informazzjoni dwar il-Bijoteknoloġija (ftp://ftp.ncbi. nlm.nih.gov/genomes/). L-interpretazzjoni tar-riżultati tiegħi tista' tidher f'metodi supplimentari onlajn.

Involviment tal-pazjent u tal-pubbliku

Il-pazjenti u l-pubbliku ma kinux involuti fit-tfassil u t-tmexxija ta 'dan l-istudju, l-għażla tal-miżuri tar-riżultat, jew ir-reklutaġġ. Ir-riżultati ta' dan l-istudju mhux se jiġu mxerrda lill-parteċipanti u lill-komunitajiet marbuta.

Analiżi statistiċi

Varjabbli kontinwi ġew espressi bħala medjan (IQR) u mqabbla mat-test Mann-Whitney U. Varjabbli kategoriċi ġew espressi bħala numri ( fil-mija ) u mqabbla bit-test χ2 jew it-test eżatt ta' Fisher. It-tabelli ta 'kontinġenza 2 × 2 ġew stabbiliti biex jiddeterminaw is-sensittività, l-ispeċifiċità, il-valur ta' tbassir pożittiv (PPV), u l-valur ta 'tbassir negattiv (NPV). Żewġ naħat ta' inqas minn 0.05 kien ikkunsidrat statistikament sinifikanti. Analiżi statistiċi saru bl-użu tal-IBM SPSS Statistics, V.23.0 sakemm ma jkunx indikat mod ieħor.

Il-qari ta 'kwalità għolja ġew l-ewwel immappjati mal-ġenoma ta' referenza tal-bniedem (hg19) u mbagħad qari mhux umani ġew allinjati ma 'erba' databases tal-ġenoma mikrobjali (batterji, fungi, viruses u parassiti). Wara li tneħħiet il-mikrobi fl-isfond li deher fil-kontrolli negattivi (tabella supplimentari onlajn 1), intużat stima mill-ġdid Bayesjana tal-abbundanza biex tiġi stmata l-abbundanza relattiva tal-ispeċi (tabella supplimentari onlajn 2). L-indiċi tad-diversità alfa għal kull kampjun ġie kkalkulat abbażi tal-indiċi ta 'Shannon u Simpson, u d-diversità beta ġiet ikkalkulata abbażi tad-distanza UniFrac peżata u d-distanza Bray-Curtis. Il-valuri P għall-analiżi alfa u beta ġew ikkalkulati bl-użu tat-test Wilcoxon rank-sum. Id-daqs tal-effett tal-analiżi diskriminanti lineari (LDA) intuża biex jinstabu speċijiet differenti b'mod sinifikanti bejn il-gruppi, b'limiti ta' log10 Punteġġ LDA akbar minn jew ugwali għal 2 u valur p Inqas minn jew ugwali għal 0.05. Il-korrelazzjoni bejn il-mikrobijota rappreżentattiva u d-dejta klinika ġiet evalwata minn Spearman.

RIŻULTATI

Reklutaġġ tal-pazjenti u karatteristiċi kliniċi

Total ta' 123 pazjent b'128 kampjun BALF ġew riveduti u 111-il pazjent ġew irreġistrati f'dan l-istudju.

Sitta u għoxrin pazjent ġew iddijanjostikati b'IPA probabbli (imsemmi IPA) u 85 kontroll mingħajr IPA (kontroll imsemmi) (figura 1). It-tqabbil tal-karatteristiċi demografiċi u kliniċi bejn il-grupp IPA u l-grupp ta 'kontroll ġew miġbura fil-qosor fit-Tabella 1. Il-popolazzjoni tal-istudju kellha età medjana ta' 60 (IQR, 53-73) sena, u 66.7 fil-mija kienu irġiel. B'mod ġenerali, 33 pazjent (29.7 fil-mija) kellhom storja ta' tipjip. Tnejn u għoxrin pazjent (19.8 fil-mija) kellhom mard pulmonari ostruttiv kroniku. Ħmistax-il pazjent (13.5 fil-mija) kienu rċevew kortikosterojdi u 36 pazjent (32.4 fil-mija) kienu kkunsidrati bħala immunokompromessi (tabella supplimentari onlajn 3). Pazjenti b'IPA probabbli kellhom rata ogħla b'mod sinifikanti ta' fatturi ta' riskju magħrufa għall-asperġillosi minn dawk mingħajr IPA, inkluż trattament b'kortikosterojdi għal aktar minn 28 jum (38.5 fil-mija vs 5.9 fil-mija, p=0.000) u immunokompromessi status (53.8 fil-mija vs 25.9 fil-mija , p=0.008). Ma nstabu l-ebda differenzi sinifikanti fil-punteġġ tal-valutazzjoni tal-insuffiċjenza tal-organi sekwenzjali u l-konfużjoni, l-urea, ir-rata respiratorja, il-pressjoni tad-demm, u l-punteġġ tal-età 65 tal-pazjenti bejn iż-żewġ gruppi mad-dħul.

Mikrobijoloġiċi, immaġini CT, u sejbiet tal-laboratorju....

L-iżolati ta 'Aspergillus fumigatus inkisbu għal 6 minn 26 (23.1 fil-mija) każijiet IPA probabbli, segwiti minn Aspergillus flavus għal 3 minn 26 (11.5 fil-mija) u Aspergillus ustus għal 1 minn 26 (3.8 fil-mija) (tabella 2). It-tħaxxin tal-ħajt tal-bronki kien muri aktar spiss fuq CT tas-sider fl-IPA (44.0 fil-mija vs 12.8 fil-mija, p=0.000) (tabella 2). Pazjenti IPA għandhom livelli sinifikament aktar baxxi ta' għadd totali ta' limfoċiti (774.1 vs 1088.9, p=0.{009) u sottopopolazzjoni ta' limfoċiti, inkluż CD3 flimkien ma' għadd ta' limfoċiti T (553.0 vs 782.6, p=0.016), CD4 flimkien ma' għadd ta' limfoċiti T (287.9 ​​vs 409.5, p=0.031) u għadd ta' limfoċiti CD4− CD8− T (25.9 vs 45.0, p{=0.007) ) milli pazjenti tal-kontroll (tabella supplimentari onlajn 4), li tindika l-funzjoni immuni kompromessa tal-pazjenti bl-IPA.

Tqabbil tal-prestazzjoni dijanjostika

Biex tqabbel il-prestazzjoni dijanjostika ta 'BALF mNGS u testijiet konvenzjonali biex tiddistingwi każijiet b'IPA probabbli minn każijiet mingħajr IPA probabbli, ir-riżultati ġew murija fil-Figura 2. It-test GM (57.7 fil-mija) kellu l-ogħla sensittività fl-iskoperta tal-Aspergillus spp, segwit minn mNGS (42.3 fil-mija ), kultura (30.8 fil-mija ), u smear (7.7 fil-mija ). Meta mqabbel mat-tiċrit, mNGS kellu sensittività ogħla b'mod sinifikanti 42.3 fil-mija vs 7.7 fil-mija, p=0.{{30}}1). L-mNGS, kultura, u smear kellhom 100 fil-mija speċifiċità, filwaqt li t-test GM kellu 92.9 fil-mija speċifiċità, b'differenza sinifikanti bejn mNGS (jew kultura jew smear) u t-test GM (p{ {18}}.029). Il-PPV ta 'mNGS, kultura, u smear għall-identifikazzjoni ta' Aspergillus spp kien 100 fil-mija, filwaqt li t-test GM kien 71.4 fil-mija. L-NPV kklassifikat bħala test GM (87.8 fil-mija), mNGS (85.0 fil-mija), kultura (82.5 fil-mija), u smear (78.0 fil-mija), mingħajr ebda differenza sinifikanti fost dawn il-metodi. Aħna analizzajna differenzi fis-sensittività/speċifiċità/PPV/NPV ta’ GM fuq serum kontra BALF, billi użaw indiċi GM fluwidu BAL ta’ Ikbar minn jew ugwali għal 1.0 jew indiċi GM tas-serum ta’ Greater minn jew ugwali għal 1.0 bħala pożittiv, skont 2019 EORTIC /MSG. Kienet ogħla b'mod sinifikanti fis-sensittività iżda aktar baxxa fl-ispeċifiċità tal-GM BALF minn dik tas-serum MĠ (57.7 fil-mija vs 26.9 fil-mija, p=0.048, 92.9 fil-mija vs 100 fil-mija, 0.029, rispettivament), li kienet murija f' Tabella supplimentari onlajn 5. Ma kien hemm l-ebda differenzi fil-PPV u NPV.

Riżultati kliniċi

Ma kien hemm l-ebda differenzi sinifikanti fil-mortalità ta' 28-jum, 60-jum, u 90-jum bejn iż-żewġ gruppi (tabella 3). Il-mortalità fl-isptar (30.8 fil-mija vs 11.8 fil-mija, p=0.021) u r-rati tal-mortalità tal-unità tal-kura intensiva (ICU) (42.1 fil-mija vs 17.5 fil-mija, p=0.029) kienu ogħla b'mod sinifikanti fil-grupp tal-IPA milli fil-grupp ta' kontroll. Id-distribuzzjoni tal-pazjenti li jaqgħu f'kull kategorija tal-iskala ta' 7-kategorija wriet differenza statistika bejn iż-żewġ gruppi sa jum 28 (p=0.017); madankollu, is-sinifikat bl-ittestjar statistiku ma ntlaħaqx fl-{20}}skala ordinali tal-kategorija mill-ġranet 1, 7, u 14 (figura 3). Drogi antifungali multipli ġew amministrati għal 23.1 fil-mija tal-pazjenti b'IPA probabbli, meta mqabbla ma '5.9 fil-mija tal-pazjenti mingħajr IPA probabbli (p=0.01). Il-proporzjon ta' pazjenti li rċevew voriconazole kien notevolment ogħla f'każijiet b'IPA probabbli (53.9 fil-mija vs 8.2 fil-mija, p=0.000). Ma kien hemm l-ebda differenza sinifikanti fl-użu ta 'amphotericin B u caspofungin bejn iż-żewġ gruppi (tabella 3).

Analiżi tal-mikrobijoma tal-pulmun

Biex tqabbel il-kompożizzjoni ġenerali u d-diversità tal-firma tal-mikrobi tal-pulmun f'pazjenti b'IPA u l-kontroll, aħna analizzajna kampjuni BALF miġbura minn 109 pazjent CAP, inklużi 24 każ (nieqsa 2 pazjenti minħabba telf ta 'dejta mNGS) dijanjostikati b'IPA probabbli (imsemmi IPA) u 85 każ mingħajr IPA probabbli (kontroll imsemmi). Aħna vvalutajna d-diversità tal-komunitajiet tal-pulmun bl-użu tal-indiċi tad-diversità Shannon u Simpson. Kien hemm tnaqqis fid-diversità kemm fl-indiċi tad-diversità ta 'Shannon kif ukoll ta' Simpson f'pazjenti IPA meta mqabbla ma 'pazjenti mhux IPA minkejja differenzi sinifikanti (figura 4A, B). Bl-użu tal-metrika UniFrac peżata u l-metrika ta’ Bray-Curtis, osservajna li d-diversità ta’ pazjenti IPA kienet differenti b’mod sinifikanti minn pazjenti mhux IPA (p<0.001; Wilcoxon test), suggesting that lung community structure of patients diagnosed with probable IPA differed substantially from those without probable IPA (figure 4C, D). Based on the average relative abundance, we plotted the top 10 phyla, genera, and species among 2 groups. 

Fil-koorti ġenerali, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, u Ascomycota kienu l-aktar phyla abbundanti, filwaqt li Prevotella, Streptococcus, Acinetobacter, u Pneumocystis kienu l-aktar ġeneri komuni (figura 5A, B). L-abbundanza relattiva ta 'l-aqwa 10 fl-ispeċi kklassifikati bħala Pneumocystis jirovecii, Acinetobacter baumannii, Lautropia mirabilis, Streptococcus oralis, Corynebacterium striatum, Betaherpesvirus uman 5, Rothia mucilaginosa, Staphylococcus aureus, Prevotella mal-Harpesigeninica, Notella biss mal-Harpes. differenti b'mod sinifikanti bejn żewġ gruppi (figura 5C). Filwaqt li niffokaw fuq l-ispeċi differenzjali fl-IPA meta mqabbla mal-kontrolli tagħhom, sibna 21 speċi bi Score LDA akbar minn jew ugwali għal 2 u p<0.05, which H. betaherpesvirus 5, A. fumigatus, Aspergillus niger, Citrobacter braakii, Bacillus thermoamylovorans, Helcococcus kunzite, Lactobacillus delbrueckii, Burkholderia dolosa, Marinobacter hydrocarbonoclasticus, Riemerella anatipestifer, Corynebacterium halotolerant, and Lactobacillus plantarum were significantly abundant in the cases diagnosed with probable IPA, and Streptococcus salivarius, Citrobacter freundii, Paraburkholderia fungorum, Dolosigranulum program, Prevotella timonensis, Sphingobium yanoikuyae, Serratia marcescens, and Corynebacterium oculi were enriched in cases without probable IPA (figure 5D, online supplemental figure 1).

Biex tinvestiga aktar il-korrelazzjoni bejn id-dejta klinika u l-mikrobijota tal-pulmun tal-IPA, wettaqna t-test ta 'korrelazzjoni bbażat fuq il-grad ta' Spearman fuq il-21 speċi differenti b'mod sinifikanti b'riżultati kliniċi u sejbiet tal-laboratorju (figura 6A). Aħna osservajna 19-il speċi differenti kienu korrelatati b'mod sinifikanti ma '7 riżultati kliniċi u 22 bijomarkatur tal-laboratorju, partikolarment S. salivarius, P. Sinensis, u H. betaherpesvirus 5. S. salivarius kien primarjament korrelatat b'mod pożittiv ma' tmien bijomarkaturi tal-laboratorju, inklużi ċelluli ħomor tad-demm, totali limfoċiti, limfoċiti T, ċelluli T helper, limfoċiti T ċitotossiċi, limfoċiti B, potassju fis-serum, u albumina, u relattivament negattiv ma 'aspartate aminotransferase, bilirubin dirett, u D-dimer. Billi, S. salivarius kien prinċipalment assoċjat b'mod negattiv ma' 11-il riżultat kliniku, inkluż il-mortalità fl-ICU, it-tul tal-waqfa fl-ICU, il-mortalità fl-isptar, il-mortalità fit-28 jum, u l-ħin għall-indipendenza tal-ossiġnu supplimentari fi żmien 28 jum, u korrelata b'mod pożittiv mat-tul tal-mortalità tal-waqfa fl-isptar. fit-28 jum, ġranet mingħajr ventilatur fi żmien 28 jum u żmien għal titjib fl-istatus kliniku. Simili għal S. salivarius, P. timonensis kien primarjament pożittiv relattiv għal sitt bijomarkaturi tal-laboratorju, inklużi limfoċiti totali, limfoċiti T, ċelluli T helper, ċelluli CD4− CD8− T, limfoċiti B, u potassju fis-serum, u korrelata b'mod negattiv ma 'procalcitonin.

Bl-istess mod, P. timonensis kien assoċjat prinċipalment b'mod negattiv mat-tul taż-żmien tal-waqfa fl-ICU u l-mortalità fl-isptar, iżda b'mod pożittiv ma' ġranet mingħajr ventilatur fi żmien 28 jum. Oppost għal S. salivarius u P. Sinensis, H. betaherpesvirus 5 kien assoċjat b'mod negattiv ma 'sitt bijomarkaturi tal-laboratorju, inklużi limfoċiti totali, limfoċiti T, ċelluli helper T, CD4 flimkien ma' ċelluli CD8 plus T, limfoċiti B u potassju fis-serum, u relattiv pożittiv ma ' nitroġenu urea fid-demm. Sadanittant, H. betaherpesvirus 5 kien prinċipalment korrelatat b'mod negattiv mat-tul tal-waqfa fl-ICU u l-ħin għall-indipendenza supplimentari tal-ossiġnu fi żmien 28 jum. Dawn l-osservazzjonijiet issuġġerew li d-disbiożi tal-komunitajiet mikrobjali fil-pulmun hija assoċjata mal-kundizzjonijiet patofiżjoloġiċi tal-pazjent u għalhekk tista 'tinfluwenza r-riżultati kliniċi.

Biex tinvestiga aktar l-impatt kliniku ta '21 speċi differenti b'mod sinifikanti, għamilna l-analiżi tas-sopravivenza billi plottajna l-kurva tal-probabbiltà kumulattiva. Kif muri fil-Figuri 6B, u C, l-iskoperta ta 'A. fumigatus u H. betaherpesvirus 5 kienet tbassir b'mod sinifikanti ta' riżultati agħar tal-ICU (p=0.045, 0.032) . Filwaqt li fil-Figura 6D, E, sibna li l-iskoperta ta 'S. salivarius u P. timonensis kienet estremament sinifikanti tbassir ta' riżultati ICU mtejba (p=0.0031, 0.0054). Aħna għalhekk ikkonkludejna li fil-mikrobijota tal-pulmun tal-CAP, ir-riżultati tal-ICU jistgħu jiġu mbassra mill-kompożizzjoni tal-komunità, speċifikament A. fumigatus, H. betaherpesvirus 5, S. salivarius, u P. Sinensis.

DISKUSSJONI

F'dan l-istudju retrospettiv tal-koorti, eżaminajna l-karatteristiċi kliniċi tal-IPA. Interessanti, aħna nnutaw li pazjenti kkategorizzati bħala li għandhom infezzjoni probabbli ta 'Aspergillus kellhom mortalità fl-isptarijiet ogħla b'mod sinifikanti (30.8 fil-mija) u mortalità ICU (42.1 fil-mija) meta mqabbla mal-kontroll. Il-mortalità fit-28 jum, għalkemm mhux statistikament sinifikanti, kienet numerikament ogħla f'pazjenti bl-IPA milli fil-kontroll. Din id-dejta ssuġġeriet li pazjenti b'infezzjoni ta' Aspergillus għandhom it-tendenza li jkollhom rata ta' mortalità bikrija ogħla. Studju preċedenti rrapporta stmat 45 fil-mija tal-mortalità tal-ICU u 26 fil-mija tal-mortalità tal-isptar18 Fost asperġillosi trakeobronkiali invażiva, entità rari ta' IPA, rati ta' mortalità ta' 30-jum u 90-jum kienu t-tnejn għoljin sa 90 fil-mija. 19 Loughlin et al irrappurtaw li l-mortalità ta 'l-ICU f'pazjenti b'infezzjoni probabbli ta' Aspergillus ma kinitx ogħla b'mod sinifikanti minn dawk mingħajr infezzjoni ta 'Aspergillus,4 li possibbilment hija dovuta għal status kritiku ġeneralment fil-koorti ta' pazjenti b'pnewmonja assoċjata mal-ventilatur fl-issettjar ta 'l-ICU. F'dan l-istudju, il-kundizzjoni ġenerali tal-pazjenti rreġistrati b'CAP kienet relattivament ħafifa, li tista' tiġi aggravata b'mod notevoli minn infezzjoni ta' Aspergillus u potenzjalment ta' theddida għall-ħajja.

Cornillet et al ssuġġerew li l-karatteristiċi kliniċi mhux speċifiċi tal-pazjenti bl-IPA u d-diffikultajiet dijanjostiċi partikolarment meta pazjenti mingħajr newtropenja faċilment iwasslu għal ġestjoni subottimali u dewmien fil-bidu tat-trattament, li jirriżulta f’mortalità għolja u morbidità.20 Minħabba r-rati devastanti ta’ mortalità ta’ pazjenti b’IPA, f’waqtu u dijanjosi preċiża hija enfasizzata u meħtieġa b'mod urġenti għal trattament antifungali effettiv biex titnaqqas ir-rata ta 'morbożità u mortalità. Fl-aħħar għaxar snin, l-iskoperta tal-GM intuża ħafna fid-dijanjosi tal-IPA.21 Madankollu, l-ittestjar tal-GM għal kampjuni tas-serum għandu sensittività limitata fid-dijanjosi tal-IPA f'hosts mhux newtropeniċi.22 Minflok, is-sejbien tal-GM f'kampjuni ta 'fluwidu BAL ta' pazjenti f'riskju ta 'IPA għandu preċiżjoni dijanjostika eċċellenti,23 24 minħabba li l-GM jiġi rilaxxat aktar kmieni u f'konċentrazzjonijiet ogħla fil-fluwidu BAL meta mqabbel mas-serum.25 Riċentement, mNGS qed ikollu rwol dejjem aktar importanti fid-dijanjosi ta' mard fungali. Ding et al wrew li s-sensittività ta 'mNGS kienet ogħla b'mod sinifikanti mill-kultura fl-iskoperta ta' Candida albicans. 9 F'dan l-istudju, BALF inġabret direttament mill-passaġġ respiratorju t'isfel, li evita l-kontaminazzjoni mill-mikrobijota orali. Aspergillus f'BALF ġew skoperti minn mNGS, kultura, smear, u test GM. Ir-riżultati wrew li NGS kellhom speċifiċità komparabbli u PPV għall-kultura fl-iskoperta ta 'Aspergillus. Għalkemm is-sensittività ta 'mNGS kienet inqas mit-test GM, mNGS wera aktar sensittività mill-smear u aktar speċifiċità mit-testijiet tas-serum u BALF GM. Dawn ir-riżultati indikaw li l-mNGS jaġixxi bħala test utli mhux ibbażat fuq il-kultura għall-iskoperta ta 'Aspergillus, li jissuġġerixxi komplement għal testijiet mikrobijoloġiċi ta' rutina fid-dijanjosi ta 'pazjenti f'riskju ta' IPA.

L-istudju tagħna skopra li pazjenti CAP b'Aspergillus kienu aktar probabbli li jkunu koinfettati b'infezzjoni batterjali jew (u) virali minħabba l-istatus immunokompromess u t-trattament tal-kortikosterojdi. Pazjenti bl-influwenza li kienu immunokompromessi kienu rrappurtati li kellhom inċidenza ta' IPA għolja sa 32 fil-mija, filwaqt li, fil-grupp ta' każi ta' influwenza mhux immunokompromess, l-inċidenza kienet ta' 14 fil-mija .18 Bl-emerġenza tal-pandemija COVID-19 u l-użu ta’ kortikosterojdi f’pazjenti b’aspergillosi pulmonari assoċjata ma’ COVID{-19,26 COVID-19-assoċċjata (CAPA) ġiet irrappurtata f’diversi rapporti ta’ każijiet.27–29 F’meta-analiżi, l-inċidenza u l-mortalità ta’ CAPA fl-ICU kienu stmati li kienu 10.2 fil-mija u 54.9 fil-mija, rispettivament.30

Minħabba l-qari mikrobjali vast fid-dejta mNGS li tista 'tintuża biex tanalizza firem mikrobjali f'bosta mard, l-istudju tagħna pprova jesplora d-differenza fl-istruttura u l-kompożizzjoni tal-mikrobijoma bejn pazjenti IPA u pazjenti CAP mhux IPA billi janalizza d-dejta mNGS. L-istudju preżenti tagħna kien jinkludi l-mikrobijota tal-pulmun ta '24 pazjent IPA u 85 pazjent CAP mhux IPA. Ir-relazzjoni bejn mikrobijota differenti u data klinika għall-109 pazjent CAP kollha ġiet investigata. Għad-diversità alfa, ma kien hemm l-ebda differenzi sinifikanti fl-indiċi Shannon u l-indiċi Simpson tal-mikrobijota f'pazjenti IPA u pazjenti CAP mhux IPA, li juru li d-diversità fi ħdan il-kampjun tal-komunitajiet kienet simili bejn pazjenti IPA u pazjenti mhux IPA.

Għad-diversità beta, ir-riżultati tagħna wrew differenza drammatika fid-distanza UniFrac peżata (p{0}}.1 × 10−6) u d-distanza Bray-Curtis (p{5}}.033) bejn IPA u mhux IPA Pazjenti CAP, li jindika effett potenzjali ta' Aspergillus spp fuq l-istruttura tal-mikrobijota tal-pulmun f'pazjenti dijanjostikati b'IPA. Studji simili wrew differenzi sinifikanti fid-diversità beta tal-mikrobijota bejn l-IPA u l-kontrolli.11 Dan jista’ jkun minħabba li l-aġenti kawżattivi fil-kontrolli kienu kumplessi, li jistgħu jkunu kwalunkwe patoġenu tal-PAK (bħal batterji, viruses, fungi, parassiti, u anke patoġeni atipiċi) ħlief Aspergillus. Għalhekk l-eteroġeneità mikrobjali tal-pulmun fil-kontroll kienet ogħla mill-IPA. Sadanittant, dawn l-istudji wrew li Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, u Bacteroidetes kienu l-aktar phyla abbundanti fil-koorti IPA.11 Madankollu, lil hinn mill-batterji, l-istudju tagħna sab li l-abbundanza relattiva ta 'Ascomycota kienet għolja wkoll fil-livell ta' phylum, għal il-metagenomics jistgħu jaħsdu kważi l-aċidu nuklei kollu tal-mikrobijota, inklużi batterji, fungi, viruses, u parassiti.

L-ispeċi differenti b'mod sinifikanti, partikolarment S. salivarius, P. Sinensis, u H. betaherpesvirus 5 kienu relatati b'mod qawwi mad-dejta klinika. S. salivarius u P. timonensis kienu relatati b'mod pożittiv ma 'bijomarkaturi tal-laboratorju bħal limfoċiti T u relatati b'mod negattiv ma' riżultati kliniċi bħall-mortalità fl-isptar. Billi, H. betaherpesvirus 5 kien relatat b'mod negattiv ma 'bijomarkaturi tal-laboratorju bħal limfoċiti T u relatat b'mod pożittiv ma' riżultati kliniċi bħall-mortalità fl-isptar. Studji preċedenti wrew li S. salivarius huwa batterju probijotiku li jista 'jinibixxi l-aderenza pnewmokokkali ma' ċelluli epiteljali farinġi.31 Ukoll, studju ieħor wera li l-iżolati ta 'S. salivarius kellhom kapaċità superjuri li jinibixxu t-tkabbir ta' Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Streptococcus, pneumonia, Streptococcus pyogenes, u Staphylococcus aureus. 32 Dawn l-istudji kollha kkoinċidew mal-istudju tagħna li S. salivarius kien korrelatat b'mod pożittiv mar-riżultat kliniku aħjar tal-pazjenti.

Il-mekkaniżmu possibbli ta 'S. salivarius ikkorrelata b'mod pożittiv mar-riżultat imtejjeb tal-pazjenti jista' jkun li jistgħu jinibixxu t-tkabbir tal-patoġenu potenzjali u jattivaw is-sistema immuni ospitanti. Għal P. Sinensis, studju preċedenti wera li P. timonensis jista 'jwassal b'mod drammatiku l-espressjoni ta' mucins assoċjati mal-membrana fil-mudell ta 'ċelluli epiteljali endometrijali tridimensjonali u ffurmat il-bijofilm fil-wiċċ epiteljali, li mbagħad jinfluwenza l-adeżjoni ta' batterji oħra. .33 Ir-raġuni għall-korrelazzjoni pożittiva mar-riżultat kliniku aħjar tal-pazjenti tista 'tkun ir-reżistenza għall-kolonizzazzjoni ta' P. Sinensis fil-pulmun u l-attivazzjoni tas-sistema immuni ospitanti. F'ambjenti kliniċi, H. betaherpesvirus 5 jista 'jibni infezzjonijiet moħbija tul il-ħajja f'nies b'saħħithom. Madankollu, ladarba immunokompromess, H. betaherpesvirus 5 jista 'jiġi attivat mill-ġdid, pereżempju, riċevituri ta' trapjant ta 'organi solidi u pazjenti pożittivi għall-HIV.34 Għalhekk, ir-riattivazzjoni tal-H. betaherpesvirus 5 indikat is-sistema immuni mdgħajfa u r-riżultati kliniċi fqar ta' pazjenti IPA .

L-istudju tagħna għandu diversi limitazzjonijiet. L-ewwel, l-istudju retrospettiv kien iddisinjat biex janalizza d-dejta miġbura u kien limitat għal daqs relattivament żgħir ta 'kampjun, li jista' jippredisponih biex jintroduċi preġudizzju minn informazzjoni mhux kompluta. It-tieni, dan kien l-istudju ta 'osservazzjoni. Għalkemm sibna xi korrelazzjonijiet interessanti bejn il-mikrobijota tal-pulmun u d-dejta klinika, ir-relazzjoni kawżali jeħtieġ li tiġi solvuta bi studju ta 'koorti prospettiv jew esperiment ta' mekkaniżmu, bħal esperiment fuq l-annimali, li se jkun il-pass li jmiss tal-istudju tagħna. Inkella, l-istudju identifika pazjenti b'infezzjoni probabbli ta 'Aspergillus ibbażata strettament fuq kriterji dijanjostiċi ġodda EORTIC/MSG 2019 u għalhekk ftit każijiet ma setgħux jissodisfaw il-kriterji għal dijanjosi IPA probabbli minħabba n-nuqqas ta' fatturi ospitanti klassiċi.

Kontributuri

Kunċett u disinn ta 'studju: YL, ZA, u HX. Akkwist ta' data: ZA, ML, HL, u MD. Analiżi u interpretazzjoni tad-dejta: ZA u HX. Abbozzar tal-manuskritt: ZA, HX, u YL. Reviżjoni kritika tal-manuskritt għal kontenut intellettwali importanti: HX, ZA, u YL. Analiżi statistika: ZA, HL, u HX. Appoġġ amministrattiv, tekniku jew materjali: HX, HL, u YL. L-awturi kollha kkontribwew għall-artiklu u approvaw il-verżjoni sottomessa.

Finanzjament

Proġett ta 'riċerka xjentifika medika ta' Chongqing (Proġett konġunt tal-Kummissjoni tas-Saħħa ta 'Chongqing u l-Uffiċċju tax-Xjenza u t-Teknoloġija (2022GDRC010)).

Interessi li jikkompetu

Xejn iddikjarat.

Involviment tal-pazjent u tal-pubbliku

Il-pazjenti u/jew il-pubbliku ma kinux involuti fid-disinn, it-tmexxija, ir-rappurtar jew il-pjanijiet ta’ tixrid ta’ din ir-riċerka.

Kunsens tal-pazjent għall-pubblikazzjoni

Ma japplikax.

Approvazzjoni etika

Dan l-istudju jinvolvi parteċipanti umani. Dan l-istudju ġie approvat mill-kumitat etiku tal-Ewwel Sptar Affiljat tal-Isptar Mediku ta 'Chongqing (numru approvat 2021-301). Il-parteċipanti taw il-kunsens infurmat biex jipparteċipaw fl-istudju qabel ma ħadu sehem.

Provenjenza u reviżjoni minn pari

Mhux ikkummissjonat; evalwat minn pari esternament.

Dikjarazzjoni tad-disponibbiltà tad-dejta

Id-dejta kollha rilevanti għall-istudju hija inkluża fl-artiklu jew imtella’ bħala informazzjoni supplimentari onlajn.

Materjal supplimentari

Dan il-kontenut ġie fornut mill-awtur(i). Ma ġiex ivverifikat minn BMJ Publishing Group Limited (BMJ) u jista' ma kienx ġie evalwat mill-pari. Kwalunkwe opinjoni jew rakkomandazzjoni diskussa huma biss dawk tal-awtur(i) u mhumiex approvati mill-BMJ. BMJ tiċħad kull responsabbiltà u responsabbiltà li tirriżulta minn kwalunkwe dipendenza fuq il-kontenut. Fejn il-kontenut jinkludi kwalunkwe materjal tradott, BMJ ma jiġġustifikax l-eżattezza u l-affidabbiltà tat-traduzzjonijiet (inklużi iżda mhux limitati għal regolamenti lokali, linji gwida kliniċi, terminoloġija, ismijiet tad-droga, u dożaġġi tad-droga), u mhux responsabbli għal kwalunkwe żball u// jew ommissjonijiet li jirriżultaw mit-traduzzjoni u l-adattament jew mod ieħor.

Aċċess miftuħ

Dan huwa artikolu b'aċċess miftuħ imqassam mil-liċenzja ta' Attribuzzjoni Mhux Kummerċjali Creative Commons (CC BY-NC 4.0), li tippermetti lil oħrajn iqassmu, remix, jadattaw, jibnu fuq dan ix-xogħol b'mod mhux kummerċjali, u liċenzja x-xogħlijiet derivattivi tagħhom fuq termini differenti, sakemm ix-xogħol oriġinali jiġi kkwotat kif suppost, jingħata kreditu xieraq, kwalunkwe tibdil li jkun sar indikat, u l-użu ma jkunx kummerċjali. Ara http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/.

REFERENZI

1 Taccone FS, Van den Abeele AM, Bulpa P, et al. Epidemjoloġija ta 'aspergillosis invażiva f'pazjenti morda b'mod kritiku: preżentazzjoni klinika, kundizzjonijiet sottostanti, u riżultati. Crit Care 2015;19:7.

2 Danion F, Rouzaud C, Duréault A, et al. Għaliex huma tant każijiet ta 'aspergillosis invażiva mitlufa? Mikoloġija Medika 2019;57:S94–103.

3 Donnelly JP, Chen SC, Kauffman CA, et al. Reviżjoni u aġġornament tad-definizzjonijiet ta' kunsens ta' mard fungali invażiv mill-Organizzazzjoni Ewropea għar-Riċerka u t-Trattament tal-Kanċer u l-Mycoses Study Group Education and Research Consortium. Clin Infect Dis 2020;71:1367–76.

4 Loughlin L, Hellyer TP, White PL, et al. Aspergillosi pulmonari f'pazjenti bi pnewmonja assoċjata mal-ventilatur suspettata fl-ICUs tar-Renju Unit. Am J Respir Crit Care Med 2020;202:1125–32.

5 Hage CA, Carmona EM, Evans SE, et al. Sommarju għall-kliniċisti: ittestjar mikrobijoloġiku fil-laboratorju fid-dijanjosi ta 'infezzjonijiet fungali fil-prattika tal-kura pulmonari u kritika. Annali ATS 2019;16:1473–7.

6 Mitchell SL, Simner PJ. Sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss fil-mikrobijoloġija klinika: għadna hemm? Clin Lab Med 2019;39:405–18.

7 Liu X, Chen Y, Ouyang H, et al. Dijanjosi tat-tuberkulożi permezz ta' sekwenzar metaġenomika tal-ġenerazzjoni li jmiss fuq fluwidu tal-ħasil tal-bronkoalveolari: analiżi trasversali. Int J Infect Dis 2021;104:50–7.

8 Sun T, Wu X, Cai Y, et al. Sekwenzar metaġenomika tal-ġenerazzjoni li jmiss għal dijanjosi patoġenika u ġestjoni antibijotika ta 'pnewmonja severa miksuba mill-komunità f'adulti immunokompromessi. Front Cell Infect Microbiol 2021;11:661589.

9 Ding L, Liu Y, Wu X, et al. Il-metaġenomika tal-patoġenu tiżvela firem distinti tal-mikrobijota tal-pulmun bejn pazjenti b'tuberkulożi ikkonfermati b'mod batterjoloġiku u negattivi. Front Cell Infect Microbiol 2021;11:708827.

10 Dickson RP, Schultz MJ, van der Poll T, et al. Il-mikrobijota tal-pulmun tbassar riżultati kliniċi f'pazjenti morda b'mod kritiku. Am J Respir Crit Care Med 2020;201:555–63.

11 Hérivaux A, Willis JR, Mercier T, et al. Il-mikrobijota tal-pulmun tbassar asperġillosi pulmonari invażiva u r-riżultat tagħha f'pazjenti immunokompromessi. Toraċi 2022;77:283–91.

12 Mandell LA, Wunderink RG, Anzueto A, et al. Mard infettiv soċjetà ta 'l-Amerika / linji gwida ta' kunsens tas-soċjetà toraċika Amerikana dwar il-ġestjoni tal-pnewmonja miksuba mill-komunità fl-adulti. Clin Infect Dis 2007;44 Suppl 2:S27–72.

13 Wang Y, Fan G, Horby P, et al. Riżultati komparattivi ta' adulti rikoverati fl-isptar b'infezzjoni tal-virus ta' l-influwenza staġjonali A jew B: applikazzjoni ta' l-iskala ordinali tal-kategorija 7-. Open Forum Infect Dis 2019;6:ofz053.

14 Chen X, Ding S, Lei C, et al. Demm u fluwidu tal-ħasil tal-bronkoalveolari metagenomic sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss fil-pnewmonja. Can J Infect Dis Med Microbiol 2020;2020:6839103.

15 Long Y, Zhang Y, Gong Y, et al. Dijanjosi ta 'sepsis b'DNA mingħajr ċelluli minn teknoloġija ta' sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss f'pazjenti ICU. Arch Med Res 2016;47:365–71.

For more information:1950477648nn@gmail.com